251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HY04AAS1_1230 on replicon NC_011126
Organism: Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011126  HY04AAS1_1230  RNA chaperone Hfq  100 
 
 		 69 aa  137  3.9999999999999997e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1308  RNA chaperone Hfq  52.46 
 
 		 62 aa  70.5  0.000000000007  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.628596  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  45.16 
 
 		 76 aa  61.6  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0871  host factor-I protein, putative  47.76 
 
 		 79 aa  58.9  0.00000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.942463  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1389  RNA chaperone Hfq  46.77 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1363  RNA chaperone Hfq  46.77 
 
 		 77 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000865539  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  38.46 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  38.46 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  49.15 
 
 		 90 aa  56.6  0.0000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  49.15 
 
 		 90 aa  56.2  0.0000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  38.46 
 
 		 78 aa  56.6  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  40.98 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  40.98 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  37.88 
 
 		 96 aa  56.2  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  40.98 
 
 		 80 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 109 aa  55.8  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3018  RNA chaperone Hfq  40.91 
 
 		 85 aa  55.5  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  48.39 
 
 		 88 aa  54.7  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  48.28 
 
 		 82 aa  55.1  0.0000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  48.33 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  45.76 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  45.76 
 
 		 80 aa  54.3  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 83 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 84 aa  54.3  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  41.27 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  44.83 
 
 		 80 aa  53.9  0.0000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 83 aa  53.9  0.0000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  37.5 
 
 		 79 aa  53.5  0.0000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 84 aa  53.5  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  40.98 
 
 		 106 aa  53.9  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  39.34 
 
 		 84 aa  52.8  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1537  host factor-I protein  50.82 
 
 		 64 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  39.34 
 
 		 83 aa  53.1  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1656  host factor-I protein  50.82 
 
 		 64 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.406982  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 193 aa  53.1  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  35.94 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 77 aa  53.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  41.38 
 
 		 85 aa  53.1  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  37.31 
 
 		 82 aa  52.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 77 aa  52.8  0.000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  37.7 
 
 		 79 aa  52.8  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  43.33 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1502  host factor protein  49.18 
 
 		 64 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.820367  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  41.38 
 
 		 80 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  37.7 
 
 		 98 aa  52.4  0.000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1801  host factor-I protein  50.82 
 
 		 64 aa  52  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  36.92 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3655  host factor-I protein  46.67 
 
 		 62 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  34.38 
 
 		 92 aa  52  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1744  host factor-I protein  49.18 
 
 		 78 aa  51.6  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1542  RNA chaperone Hfq  45 
 
 		 62 aa  52  0.000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  40.98 
 
 		 83 aa  52  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1691  host factor-I protein  45 
 
 		 62 aa  52  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  39.66 
 
 		 86 aa  52  0.000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  37.5 
 
 		 82 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  42.62 
 
 		 86 aa  51.6  0.000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2980  RNA-binding protein Hfq  44.83 
 
 		 78 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0447  RNA-binding protein Hfq  43.55 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1589  RNA-binding protein Hfq  43.55 
 
 		 81 aa  51.6  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000194767 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1511  host factor protein  47.54 
 
 		 64 aa  51.2  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  36.07 
 
 		 175 aa  51.2  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1723  host factor-I protein  47.54 
 
 		 62 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  51.2  0.000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 89 aa  50.8  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3978  RNA chaperone Hfq  39.06 
 
 		 83 aa  50.8  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3238  RNA chaperone Hfq  37.5 
 
 		 77 aa  51.2  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1877  RNA-binding protein Hfq  41.94 
 
 		 89 aa  51.2  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.542624  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  44.83 
 
 		 78 aa  51.2  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  39.06 
 
 		 83 aa  50.8  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 80 aa  50.8  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  38.98 
 
 		 160 aa  50.4  0.000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2192  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 81 aa  50.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5014  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 83 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0484733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1429  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 83 aa  50.4  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.180806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1095  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00649  RNA-binding protein Hfq  39.06 
 
 		 82 aa  50.4  0.000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0803651  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2302  host factor Hfq  41.94 
 
 		 82 aa  50.4  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.232756  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  38.33 
 
 		 82 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1175  RNA chaperone Hfq  41.94 
 
 		 83 aa  50.4  0.000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.843427  normal  0.622907 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  37.7 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  38.33 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  44.83 
 
 		 89 aa  50.1  0.000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  38.33 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  37.7 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  37.7 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  38.33 
 
 		 82 aa  50.4  0.000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 74 aa  50.1  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>