251 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0871 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0871  host factor-I protein, putative  100 
 
 		 79 aa  159  1e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.942463  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1389  RNA chaperone Hfq  81.08 
 
 		 77 aa  129  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1363  RNA chaperone Hfq  81.08 
 
 		 77 aa  129  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.000865539  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1223  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 74 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000846944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2103  RNA-binding protein Hfq  50.72 
 
 		 75 aa  75.5  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  55.17 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  54.24 
 
 		 74 aa  74.7  0.0000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  54.39 
 
 		 80 aa  72  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  54.39 
 
 		 80 aa  72  0.000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  52.63 
 
 		 84 aa  70.5  0.000000000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1921  RNA chaperone Hfq  46.77 
 
 		 85 aa  69.7  0.00000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  50.85 
 
 		 80 aa  68.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  45.76 
 
 		 86 aa  68.2  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0557  RNA chaperone Hfq  52.63 
 
 		 83 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0774  RNA chaperone Hfq  49.18 
 
 		 82 aa  68.2  0.00000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000911615  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2131  RNA chaperone Hfq  46.77 
 
 		 80 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.187321  normal  0.0262415 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1694  RNA chaperone Hfq  47.69 
 
 		 80 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0182098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  46.67 
 
 		 83 aa  65.5  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1614  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 86 aa  63.5  0.0000000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000077462  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0411  RNA chaperone Hfq  49.12 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.879276  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0395  RNA chaperone Hfq  49.12 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000648221  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  47.37 
 
 		 82 aa  63.5  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  44.83 
 
 		 82 aa  62.4  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0121  RNA chaperone Hfq  47.37 
 
 		 88 aa  62  0.000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000257179  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11580  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 76 aa  61.2  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  44.83 
 
 		 106 aa  61.2  0.000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  43.75 
 
 		 175 aa  60.8  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  39.71 
 
 		 96 aa  60.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  42.37 
 
 		 79 aa  60.8  0.000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  43.1 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2843  RNA-binding protein Hfq  43.1 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.736896  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  43.1 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  43.1 
 
 		 77 aa  60.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1448  RNA-binding protein Hfq  44.83 
 
 		 90 aa  60.5  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.581854  hitchhiker  0.000378907 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  41.67 
 
 		 109 aa  60.1  0.000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  40.68 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  40.68 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 92 aa  60.1  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  48.28 
 
 		 92 aa  59.7  0.00000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  42.37 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  42.37 
 
 		 80 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  40.68 
 
 		 78 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2867  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.648341  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  43.1 
 
 		 77 aa  60.1  0.00000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  40 
 
 		 98 aa  60.1  0.00000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  42.37 
 
 		 80 aa  60.1  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4073  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.613894 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  45.61 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1449  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.083877  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2878  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2582  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.233324  normal  0.226636 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2594  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.852993  normal  0.0249757 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1841  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 82 aa  59.3  0.00000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  42.37 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1230  RNA chaperone Hfq  47.76 
 
 		 69 aa  58.9  0.00000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1493  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 83 aa  58.2  0.00000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.579375  normal  0.208589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1499  RNA-binding protein Hfq  37.93 
 
 		 84 aa  58.5  0.00000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000130103 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1760  RNA chaperone Hfq  40.35 
 
 		 86 aa  57.8  0.00000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000103863  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0535  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 83 aa  57.4  0.00000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  38.98 
 
 		 196 aa  57.4  0.00000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1525  RNA chaperone Hfq  43.1 
 
 		 84 aa  57.4  0.00000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.396727  normal  0.381419 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0009  hypothetical protein  40.32 
 
 		 85 aa  57  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0009  hypothetical protein  40.32 
 
 		 85 aa  57  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  42.11 
 
 		 160 aa  56.6  0.0000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1931  RNA-binding protein Hfq  34.78 
 
 		 193 aa  56.2  0.0000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  33.33 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  33.33 
 
 		 86 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1684  RNA-binding protein Hfq  41.38 
 
 		 83 aa  55.8  0.0000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  40 
 
 		 85 aa  55.8  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1308  RNA chaperone Hfq  37.7 
 
 		 62 aa  55.1  0.0000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.628596  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  33.33 
 
 		 86 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0624  RNA-binding protein Hfq  35.59 
 
 		 79 aa  55.1  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00135703  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  37.5 
 
 		 82 aa  55.1  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1381  RNA chaperone Hfq  45.45 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.497044  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  36.71 
 
 		 201 aa  54.7  0.0000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  38.71 
 
 		 86 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0058  RNA-binding protein Hfq  35.48 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0070  RNA-binding protein Hfq  35.48 
 
 		 92 aa  54.3  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1086  host factor Hfq  39.73 
 
 		 89 aa  54.7  0.0000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.374835  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  32.05 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2632  RNA chaperone Hfq  32.93 
 
 		 81 aa  54.3  0.0000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.101159  unclonable  0.00000000000321627 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2603  RNA-binding protein Hfq  38.81 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0475975  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3205  host factor Hfq  37.1 
 
 		 89 aa  54.3  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148283  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  37.1 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  37.1 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  37.1 
 
 		 101 aa  53.9  0.0000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>