253 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acid345_4341 on replicon NC_008009
Organism: Candidatus Koribacter versatilis Ellin345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008009  Acid345_4341  host factor Hfq  100 
 
 		 96 aa  198  1.9999999999999998e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.118221 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1116  RNA-binding protein Hfq  51.43 
 
 		 84 aa  80.9  0.000000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000000543156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1286  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 80 aa  79.3  0.00000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.519898  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1361  RNA chaperone Hfq  51.47 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000362594  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1174  RNA chaperone Hfq  51.47 
 
 		 80 aa  78.6  0.00000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1762  RNA chaperone Hfq  44.68 
 
 		 175 aa  78.2  0.00000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.683558  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3740  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000182671  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3763  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.00000000632531  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3559  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538882  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3458  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000205772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3472  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000000100846  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1490  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000000177401  normal  0.0133073 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3478  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000029119  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3842  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000757377  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3812  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000446161  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3722  RNA-binding protein Hfq  55.56 
 
 		 74 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.2599e-36 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0669  RNA chaperone Hfq  48.81 
 
 		 80 aa  77.4  0.00000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4685  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 86 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0277  RNA-binding protein Hfq  51.95 
 
 		 85 aa  77  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0264829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2610  RNA-binding protein Hfq  47.22 
 
 		 82 aa  77  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.279445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0251  RNA-binding protein Hfq  54.79 
 
 		 160 aa  77  0.00000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222579  normal  0.069598 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2390  RNA-binding protein Hfq  53.97 
 
 		 74 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000174663  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4894  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 86 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.249233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2139  RNA chaperone Hfq  50.75 
 
 		 109 aa  76.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.154446  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0482  RNA chaperone Hfq  50.7 
 
 		 98 aa  76.6  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.393175  hitchhiker  0.000910775 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1819  RNA-binding protein Hfq  52.31 
 
 		 80 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798062  normal  0.0504163 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1613  RNA-binding protein Hfq  50.75 
 
 		 82 aa  76.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4770  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 86 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1632  RNA-binding protein Hfq  52.31 
 
 		 80 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0614603  normal  0.460004 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1983  hfq protein  51.52 
 
 		 82 aa  75.5  0.0000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.562833  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0635  RNA-binding protein Hfq  45.68 
 
 		 86 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0651031 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2729  RNA chaperone Hfq  48.53 
 
 		 83 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  4.943710000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4946  RNA-binding protein Hfq  48.15 
 
 		 86 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0125907 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2244  RNA-binding protein Hfq  55.07 
 
 		 77 aa  75.5  0.0000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0488883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0431  RNA-binding protein Hfq  46.99 
 
 		 102 aa  75.9  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000376356  unclonable  0.0000000212811 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1095  RNA-binding protein Hfq  52.31 
 
 		 80 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.455176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0821  RNA chaperone Hfq  46.74 
 
 		 201 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.301843  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1111  RNA-binding protein Hfq  49.25 
 
 		 78 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3653  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.588771  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0921  RNA-binding protein Hfq  43.75 
 
 		 183 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0699  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3799  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 101 aa  75.1  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00202048  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1272  RNA-binding protein Hfq  52.86 
 
 		 196 aa  75.1  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.192237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1070  RNA-binding protein Hfq  49.25 
 
 		 78 aa  75.1  0.0000000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2208  RNA-binding protein Hfq  49.25 
 
 		 78 aa  75.1  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2758  RNA-binding protein Hfq  43.33 
 
 		 87 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269118  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1490  RNA chaperone Hfq  41.98 
 
 		 86 aa  74.7  0.0000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0924374  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0666  RNA chaperone Hfq  50 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0371951  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4703  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.7  0.0000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.912238  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1497  RNA chaperone Hfq  48.57 
 
 		 92 aa  74.7  0.0000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00847366  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0980  hypothetical protein  47.62 
 
 		 82 aa  74.7  0.0000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000000714494  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002259  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 87 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.912109  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0075  RNA chaperone Hfq  49.38 
 
 		 84 aa  74.7  0.0000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04039  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0456989  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3821  RNA chaperone Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000750776  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2590  host factor Hfq  44.71 
 
 		 90 aa  74.3  0.0000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.104665  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4643  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4414  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112271  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3841  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0120982  unclonable  0.00000000853498 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04001  hypothetical protein  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0345418  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4730  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.528458  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5688  RNA-binding protein Hfq  45.78 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0502195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0355  RNA-binding protein Hfq  41.58 
 
 		 103 aa  73.9  0.0000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0252672  hitchhiker  0.00389143 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0325  host factor-I protein  46.91 
 
 		 83 aa  73.9  0.0000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1881  RNA chaperone Hfq  39.51 
 
 		 80 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.318606  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3385  RNA-binding protein Hfq  54.93 
 
 		 78 aa  73.9  0.0000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0573  RNA chaperone Hfq  46.67 
 
 		 89 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.174076  hitchhiker  0.000000000517763 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3124  RNA chaperone Hfq  46.38 
 
 		 82 aa  73.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.344226 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5942  RNA chaperone Hfq  47.22 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3721  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 99 aa  73.6  0.0000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000253579  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1356  RNA-binding protein Hfq  53.12 
 
 		 79 aa  73.6  0.0000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.950341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3919  RNA-binding protein Hfq  44.58 
 
 		 99 aa  73.6  0.0000000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0446304  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6544  RNA chaperone Hfq  47.22 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4124  RNA-binding protein Hfq  53.12 
 
 		 77 aa  73.9  0.0000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.304133  normal  0.524604 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2942  RNA chaperone Hfq  43.75 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.621816  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00094  RNA-binding protein Hfq  46.25 
 
 		 87 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2824  RNA chaperone Hfq  43.75 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.171774 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1718  RNA-binding protein Hfq  51.14 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.607958 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1745  RNA-binding protein Hfq  51.14 
 
 		 80 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3051  RNA chaperone Hfq  43.75 
 
 		 84 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2222  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.388443  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4942  hfq protein  46.91 
 
 		 86 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0067  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0573116  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1493  RNA-binding protein Hfq  53.12 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.964703  normal  0.207081 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1340  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.256557  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0572  RNA-binding protein Hfq  46.91 
 
 		 86 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.753589 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1451  RNA-binding protein Hfq  53.12 
 
 		 77 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0310898 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4758  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5108  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.203051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1101  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.306857  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1251  RNA chaperone Hfq  43.42 
 
 		 87 aa  73.2  0.000000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1567  RNA-binding protein Hfq  53.12 
 
 		 92 aa  72.8  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.104021  normal  0.0520931 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2239  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.245195  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1831  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.781797  normal  0.415294 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4722  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4629  RNA-binding protein Hfq  50.77 
 
 		 102 aa  72.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1807  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4170  RNA chaperone Hfq  44.87 
 
 		 94 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0476291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4393  RNA chaperone Hfq  45.33 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.179173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1829  RNA-binding protein Hfq  51.22 
 
 		 79 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>