More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0384 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0384  FeS assembly protein SufD  100 
 
 		 415 aa  853    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0605  Fe-S cluster assembly ABC transporter permease  67.57 
 
 		 411 aa  575  1.0000000000000001e-163  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0238111  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2339  FeS assembly protein SufD  46.53 
 
 		 399 aa  330  3e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.187608 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21940  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  42.24 
 
 		 417 aa  323  4e-87  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1358  FeS assembly protein SufD  43.78 
 
 		 398 aa  323  4e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13350  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  43.56 
 
 		 429 aa  322  7e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1672  FeS assembly protein SufD  43.69 
 
 		 434 aa  319  5e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.286601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1141  FeS assembly protein SufD  41.56 
 
 		 407 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.303866  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2916  FeS assembly protein SufD  42.48 
 
 		 410 aa  313  4.999999999999999e-84  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.902273 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1846  FeS assembly protein SufD  43.75 
 
 		 413 aa  310  4e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000255437 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16140  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  41.38 
 
 		 389 aa  302  8.000000000000001e-81  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14630  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  40.38 
 
 		 440 aa  302  9e-81  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.981866  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11500  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  41.11 
 
 		 412 aa  301  1e-80  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.165027  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2104  FeS assembly protein SufD  43.75 
 
 		 416 aa  300  3e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2384  FeS assembly protein SufD  40.6 
 
 		 393 aa  298  9e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.426973  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5153  FeS assembly protein SufD  41.67 
 
 		 390 aa  296  4e-79  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3309  FeS assembly protein SufD  40.21 
 
 		 398 aa  295  8e-79  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000689429 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2443  FeS assembly protein SufD  39.8 
 
 		 389 aa  293  3e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.83747  normal  0.102174 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3676  FeS assembly protein SufD  43.75 
 
 		 399 aa  293  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2086  FeS assembly protein SufD  39.95 
 
 		 381 aa  293  5e-78  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.826381 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1971  FeS assembly protein SufD  40.99 
 
 		 372 aa  290  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.388896 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2734  FeS assembly protein SufD  41.93 
 
 		 399 aa  290  3e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.349775  normal  0.246631 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2508  FeS assembly protein SufD  42.34 
 
 		 392 aa  290  4e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.62478  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2065  FeS assembly protein SufD  40.94 
 
 		 440 aa  290  4e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2225  FeS assembly protein SufD  39.84 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000426532  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2277  FeS assembly protein SufD  40.64 
 
 		 405 aa  290  5.0000000000000004e-77  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000190634  normal  0.0281523 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3082  FeS assembly protein SufD  39.58 
 
 		 398 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0565637  normal  0.317622 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2551  FeS assembly protein SufD  40.27 
 
 		 401 aa  289  7e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5986  FeS assembly protein SufD  39.53 
 
 		 372 aa  288  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.207884  normal  0.24257 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1661  FeS assembly protein SufD  38.18 
 
 		 419 aa  285  8e-76  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.249285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11490  hypothetical protein  40.42 
 
 		 397 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.106141  normal  0.412126 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2264  FeS assembly protein SufD  39.52 
 
 		 407 aa  282  1e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.125188 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2473  FeS assembly protein SufD  40.75 
 
 		 397 aa  281  1e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.164077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2437  FeS assembly protein SufD  40.75 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2482  FeS assembly protein SufD  40.75 
 
 		 396 aa  281  2e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1136  FeS assembly protein SufD  38.44 
 
 		 407 aa  276  4e-73  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0309349 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1986  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  39.47 
 
 		 384 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2962  FeS assembly protein SufD  35.29 
 
 		 386 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  35 
 
 		 453 aa  135  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  33.79 
 
 		 434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  25.94 
 
 		 428 aa  130  6e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 		 445 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  25.88 
 
 		 428 aa  127  4.0000000000000003e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  29.68 
 
 		 439 aa  126  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  27.73 
 
 		 441 aa  124  4e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5393  FeS assembly protein SufD  33.03 
 
 		 420 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  31.79 
 
 		 467 aa  123  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  32.6 
 
 		 444 aa  123  6e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  27.73 
 
 		 439 aa  122  8e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  27.93 
 
 		 435 aa  123  8e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 		 440 aa  122  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  28.15 
 
 		 437 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  27.61 
 
 		 437 aa  122  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  32.39 
 
 		 450 aa  120  6e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  25.88 
 
 		 426 aa  119  7.999999999999999e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  25 
 
 		 453 aa  119  9e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  32.41 
 
 		 446 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  25.88 
 
 		 426 aa  119  9.999999999999999e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  34 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2391  FeS assembly protein SufD  30.59 
 
 		 455 aa  117  3e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  26.12 
 
 		 447 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  31.63 
 
 		 454 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  24.88 
 
 		 444 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  28.79 
 
 		 447 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  24.94 
 
 		 425 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  27.24 
 
 		 475 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.74 
 
 		 423 aa  114  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  26.7 
 
 		 451 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  27.59 
 
 		 437 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  29.72 
 
 		 448 aa  112  8.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  23.34 
 
 		 426 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  25.06 
 
 		 445 aa  112  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  26.04 
 
 		 437 aa  112  2.0000000000000002e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  24.44 
 
 		 439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  30.18 
 
 		 442 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  22.49 
 
 		 454 aa  110  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  26 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.15 
 
 		 423 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  30.84 
 
 		 430 aa  109  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  27.55 
 
 		 423 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000806248 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.15 
 
 		 423 aa  109  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  24.16 
 
 		 439 aa  108  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0959  FeS assembly protein SufD  31.34 
 
 		 404 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.15 
 
 		 423 aa  108  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  0.0000000349756 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.15 
 
 		 423 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0561  SufBD protein  27.48 
 
 		 393 aa  106  7e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  27.02 
 
 		 430 aa  106  8e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  26.58 
 
 		 436 aa  105  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  31.75 
 
 		 440 aa  105  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  29.1 
 
 		 454 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.57 
 
 		 441 aa  104  3e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  27.38 
 
 		 441 aa  103  5e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  26.29 
 
 		 437 aa  103  8e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  26.36 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  26.61 
 
 		 423 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  24.38 
 
 		 445 aa  102  2e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  25.96 
 
 		 423 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  29.15 
 
 		 446 aa  101  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  28.57 
 
 		 426 aa  101  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  31.66 
 
 		 440 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>