More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3353 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  100 
 
 		 439 aa  907    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  41.3 
 
 		 425 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  39.36 
 
 		 441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  38.27 
 
 		 444 aa  294  2e-78  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  39.31 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  39.15 
 
 		 436 aa  282  7.000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  38.12 
 
 		 445 aa  281  2e-74  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  36.53 
 
 		 437 aa  271  2e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  39.05 
 
 		 433 aa  269  7e-71  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  35.73 
 
 		 438 aa  266  5.999999999999999e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  38.35 
 
 		 447 aa  265  1e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  38.36 
 
 		 446 aa  263  4e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  35.8 
 
 		 447 aa  256  4e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  38.56 
 
 		 428 aa  254  3e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  37.19 
 
 		 439 aa  253  5.000000000000001e-66  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  37.15 
 
 		 437 aa  251  3e-65  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  37.22 
 
 		 451 aa  249  6e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  36.36 
 
 		 475 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  37.12 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  36.62 
 
 		 439 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  36.87 
 
 		 437 aa  243  7e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  37.5 
 
 		 442 aa  234  3e-60  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  36.59 
 
 		 437 aa  231  1e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  35.53 
 
 		 453 aa  230  3e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  35.78 
 
 		 426 aa  230  5e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  35.54 
 
 		 426 aa  229  7e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  35.81 
 
 		 440 aa  228  2e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  34.79 
 
 		 454 aa  223  7e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  34.94 
 
 		 439 aa  222  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  36.58 
 
 		 428 aa  221  1.9999999999999999e-56  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  36.83 
 
 		 428 aa  219  7e-56  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  36.36 
 
 		 467 aa  218  2e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  32.76 
 
 		 442 aa  216  4e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  35.75 
 
 		 426 aa  214  2.9999999999999995e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  33.73 
 
 		 445 aa  213  3.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  34.31 
 
 		 454 aa  212  1e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  33.09 
 
 		 441 aa  212  1e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  34 
 
 		 430 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  34.58 
 
 		 448 aa  209  6e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  33.41 
 
 		 447 aa  209  7e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  33.73 
 
 		 455 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  31.16 
 
 		 441 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  33.73 
 
 		 455 aa  208  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  36.02 
 
 		 434 aa  207  3e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.83 
 
 		 448 aa  207  4e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  34.23 
 
 		 430 aa  207  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  32.22 
 
 		 437 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  34.17 
 
 		 430 aa  207  4e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  32.43 
 
 		 437 aa  205  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  35.25 
 
 		 454 aa  205  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  31.54 
 
 		 440 aa  203  4e-51  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.42 
 
 		 441 aa  202  9.999999999999999e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  37.63 
 
 		 399 aa  199  7.999999999999999e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.17 
 
 		 441 aa  198  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  31.47 
 
 		 437 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  32.45 
 
 		 440 aa  197  3e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  33.66 
 
 		 434 aa  196  9e-49  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  31.3 
 
 		 444 aa  195  1e-48  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  33.76 
 
 		 427 aa  194  3e-48  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  32.13 
 
 		 430 aa  193  4e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  30.02 
 
 		 459 aa  193  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  30.96 
 
 		 446 aa  192  9e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  33.5 
 
 		 423 aa  189  8e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.17 
 
 		 423 aa  189  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.17 
 
 		 423 aa  189  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  33.17 
 
 		 423 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  33.17 
 
 		 423 aa  189  1e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  33.92 
 
 		 448 aa  189  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  30.51 
 
 		 434 aa  187  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  30.69 
 
 		 446 aa  187  3e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.25 
 
 		 423 aa  187  3e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.25 
 
 		 423 aa  187  4e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.42 
 
 		 441 aa  187  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  31.12 
 
 		 418 aa  186  6e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33 
 
 		 423 aa  186  6e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.25 
 
 		 423 aa  186  8e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.33 
 
 		 423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  32.53 
 
 		 441 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32 
 
 		 423 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.95 
 
 		 423 aa  185  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  31.62 
 
 		 427 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  31.25 
 
 		 422 aa  183  6e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.75 
 
 		 423 aa  183  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  0.0000000349756 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  31.16 
 
 		 422 aa  182  1e-44  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  30.23 
 
 		 435 aa  182  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.75 
 
 		 423 aa  181  2e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.5 
 
 		 423 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000806248 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  32.12 
 
 		 427 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  31.96 
 
 		 448 aa  179  7e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  32.68 
 
 		 420 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  32.17 
 
 		 420 aa  176  8e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  30.07 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  29.32 
 
 		 450 aa  170  5e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  28.94 
 
 		 444 aa  168  2e-40  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_10147  ABC(membrane) family transporter (Fe-S assembly/SufBCD system)  31.12 
 
 		 383 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0858982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  31.1 
 
 		 419 aa  167  2.9999999999999998e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  32.09 
 
 		 426 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  28.18 
 
 		 453 aa  166  5e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  30.32 
 
 		 425 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  29.02 
 
 		 424 aa  162  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>