More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3038 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  100 
 
 		 436 aa  903    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  42.65 
 
 		 439 aa  362  1e-98  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  41.81 
 
 		 441 aa  348  1e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  43.73 
 
 		 425 aa  336  5.999999999999999e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  39.17 
 
 		 437 aa  303  4.0000000000000003e-81  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  39.68 
 
 		 433 aa  290  5.0000000000000004e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  37.8 
 
 		 438 aa  287  2e-76  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  36.57 
 
 		 439 aa  279  7e-74  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  38.88 
 
 		 439 aa  276  7e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  36.69 
 
 		 444 aa  274  2.0000000000000002e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  36.25 
 
 		 445 aa  266  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  36.63 
 
 		 447 aa  255  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  34.62 
 
 		 446 aa  249  6e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  34.31 
 
 		 426 aa  240  4e-62  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  34.31 
 
 		 426 aa  238  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  34.72 
 
 		 440 aa  237  3e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  36.2 
 
 		 437 aa  236  8e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  35.7 
 
 		 439 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  35.7 
 
 		 437 aa  234  3e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  32.73 
 
 		 441 aa  228  1e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  33.18 
 
 		 428 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  33.1 
 
 		 428 aa  225  1e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  34.68 
 
 		 437 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  33.41 
 
 		 428 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  31.84 
 
 		 442 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  32.18 
 
 		 447 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  30.05 
 
 		 437 aa  213  7e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  32.13 
 
 		 453 aa  207  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  32.24 
 
 		 447 aa  207  3e-52  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  33.83 
 
 		 451 aa  206  9e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  31.44 
 
 		 454 aa  202  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.43 
 
 		 442 aa  201  3e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  31.84 
 
 		 439 aa  199  6e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  30.05 
 
 		 475 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  29.81 
 
 		 445 aa  199  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  30.66 
 
 		 446 aa  197  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  31.16 
 
 		 455 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  31.16 
 
 		 455 aa  197  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  32.6 
 
 		 467 aa  196  9e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  31.19 
 
 		 437 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  30.17 
 
 		 437 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  30.77 
 
 		 441 aa  194  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  29.45 
 
 		 454 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  30.86 
 
 		 440 aa  190  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  34.02 
 
 		 399 aa  190  5e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  34.11 
 
 		 454 aa  189  5.999999999999999e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.05 
 
 		 453 aa  190  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  29.18 
 
 		 441 aa  189  8e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  33.83 
 
 		 448 aa  186  6e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  29.41 
 
 		 437 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  31.89 
 
 		 446 aa  185  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.38 
 
 		 441 aa  182  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 		 444 aa  181  2.9999999999999997e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.58 
 
 		 448 aa  180  4e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  30.17 
 
 		 439 aa  179  8e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  29.82 
 
 		 444 aa  179  9e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1005  FeS assembly protein SufD  28.73 
 
 		 435 aa  179  1e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.868893 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  31.28 
 
 		 450 aa  179  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  28.85 
 
 		 440 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.16 
 
 		 441 aa  178  1e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  29.68 
 
 		 434 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  29.59 
 
 		 434 aa  177  3e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  30.81 
 
 		 430 aa  177  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  28.87 
 
 		 419 aa  176  6e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.54 
 
 		 448 aa  176  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  29.4 
 
 		 459 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  31.33 
 
 		 430 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 		 430 aa  172  1e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  28.33 
 
 		 439 aa  171  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  29.65 
 
 		 426 aa  171  3e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  27.38 
 
 		 418 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  31.48 
 
 		 420 aa  167  2e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  29.37 
 
 		 440 aa  164  3e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  29.34 
 
 		 440 aa  163  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  28.89 
 
 		 440 aa  163  6e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  27.87 
 
 		 424 aa  163  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1744  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.25 
 
 		 441 aa  161  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000189062  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  29.43 
 
 		 423 aa  160  3e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  28.47 
 
 		 440 aa  160  3e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  29.85 
 
 		 434 aa  160  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_10147  ABC(membrane) family transporter (Fe-S assembly/SufBCD system)  30.92 
 
 		 383 aa  160  3e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0858982 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  30 
 
 		 422 aa  160  4e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  29.61 
 
 		 448 aa  159  7e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  29.53 
 
 		 422 aa  159  9e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01650  component of SufBCD complex  28.61 
 
 		 423 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000917299  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.4 
 
 		 423 aa  159  1e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.61 
 
 		 423 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1950  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.61 
 
 		 423 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0520002  hitchhiker  0.00000220398 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01640  hypothetical protein  28.61 
 
 		 423 aa  159  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000779694  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.11 
 
 		 423 aa  159  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.89 
 
 		 423 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  28.64 
 
 		 423 aa  157  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  30 
 
 		 427 aa  157  4e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  31.25 
 
 		 420 aa  157  4e-37  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  27.82 
 
 		 427 aa  157  4e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  28.4 
 
 		 448 aa  156  7e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4170  FeS assembly protein SufD  28.37 
 
 		 445 aa  156  8e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  30.86 
 
 		 430 aa  155  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.61 
 
 		 423 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  28.61 
 
 		 423 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>