More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5929 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  100 
 
 		 441 aa  888    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  58.16 
 
 		 446 aa  458  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  46.26 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  47.63 
 
 		 437 aa  368  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  46.71 
 
 		 440 aa  364  1e-99  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  47.54 
 
 		 459 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  47.07 
 
 		 441 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  47.29 
 
 		 437 aa  353  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  47.54 
 
 		 446 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  44.93 
 
 		 439 aa  340  2e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  44.07 
 
 		 440 aa  335  1e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  44.85 
 
 		 440 aa  334  2e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  43.81 
 
 		 440 aa  327  3e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  43.22 
 
 		 440 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  45.75 
 
 		 439 aa  326  5e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  41.51 
 
 		 444 aa  326  5e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  43.91 
 
 		 440 aa  326  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  45.22 
 
 		 448 aa  312  9e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  36.18 
 
 		 437 aa  253  4.0000000000000004e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  38.97 
 
 		 447 aa  245  9.999999999999999e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  35.81 
 
 		 424 aa  244  3e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  38.85 
 
 		 430 aa  243  5e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  38.11 
 
 		 425 aa  243  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  37.59 
 
 		 425 aa  240  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  37.35 
 
 		 425 aa  239  1e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  38.11 
 
 		 437 aa  237  4e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  35.29 
 
 		 425 aa  232  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  39.95 
 
 		 437 aa  231  3e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  35.14 
 
 		 424 aa  230  5e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  33.82 
 
 		 444 aa  228  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  36.15 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  39.68 
 
 		 437 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  35.18 
 
 		 445 aa  227  3e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  33.58 
 
 		 446 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  39.14 
 
 		 439 aa  226  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  37.59 
 
 		 430 aa  226  7e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  37.21 
 
 		 422 aa  226  8e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  34.39 
 
 		 427 aa  223  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  33.83 
 
 		 441 aa  222  9e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  37.72 
 
 		 399 aa  222  9e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  36.57 
 
 		 439 aa  221  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  35.92 
 
 		 424 aa  219  6e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  34.88 
 
 		 442 aa  218  1e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  36.07 
 
 		 448 aa  218  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  36.27 
 
 		 445 aa  218  1e-55  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  34.72 
 
 		 440 aa  218  2e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  32.41 
 
 		 428 aa  215  9.999999999999999e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  30.81 
 
 		 438 aa  215  9.999999999999999e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  32.28 
 
 		 433 aa  214  3.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  34.55 
 
 		 427 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  34.29 
 
 		 428 aa  212  7.999999999999999e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  35.68 
 
 		 427 aa  212  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  30.39 
 
 		 421 aa  211  2e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  30.73 
 
 		 428 aa  210  4e-53  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  35.32 
 
 		 426 aa  209  1e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  30.93 
 
 		 475 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  36.34 
 
 		 434 aa  204  2e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  30.77 
 
 		 436 aa  204  2e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  29.1 
 
 		 437 aa  204  3e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  30.64 
 
 		 425 aa  202  9.999999999999999e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  33.58 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  32.47 
 
 		 426 aa  197  2.0000000000000003e-49  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  32.73 
 
 		 426 aa  197  4.0000000000000005e-49  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  30.58 
 
 		 439 aa  195  1e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1194  FeS assembly protein SufD  32.31 
 
 		 426 aa  193  5e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0412715  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  32.69 
 
 		 441 aa  193  6e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  32.16 
 
 		 451 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.42 
 
 		 448 aa  190  5e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.82 
 
 		 448 aa  190  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  32.09 
 
 		 430 aa  187  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  31.49 
 
 		 439 aa  186  6e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  28.61 
 
 		 439 aa  185  1.0000000000000001e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  30.41 
 
 		 453 aa  186  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  33.25 
 
 		 418 aa  186  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  32.06 
 
 		 430 aa  185  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.84 
 
 		 442 aa  184  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  33.88 
 
 		 454 aa  183  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.95 
 
 		 423 aa  179  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  33.67 
 
 		 419 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1799  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.07 
 
 		 423 aa  176  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.024835  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1485  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.07 
 
 		 423 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000206713 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1697  FeS assembly protein SufD  31.86 
 
 		 434 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1504  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.92 
 
 		 423 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.429921  hitchhiker  0.0000000349756 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1970  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.02 
 
 		 423 aa  176  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000806248 
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  31.55 
 
 		 447 aa  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1469  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.67 
 
 		 423 aa  175  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.866432  normal  0.0690013 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  30.55 
 
 		 434 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  32.99 
 
 		 422 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  31.71 
 
 		 450 aa  172  7.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2592  SufBD protein  40.34 
 
 		 343 aa  172  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.956009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  32.23 
 
 		 422 aa  171  2e-41  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.52 
 
 		 441 aa  171  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  31.59 
 
 		 448 aa  169  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  31.27 
 
 		 441 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  29.88 
 
 		 423 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1882  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.35 
 
 		 423 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.077757  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  36.03 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1897  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.6 
 
 		 423 aa  164  3e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00143509  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0168  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  32.99 
 
 		 453 aa  164  3e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  30.51 
 
 		 455 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>