More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3260 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3260  FeS assembly protein SufD  100 
 
 		 437 aa  894    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.854773 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1662  FeS assembly protein SufD  39.55 
 
 		 440 aa  287  2.9999999999999996e-76  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.1269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2488  FeS assembly protein SufD  42.37 
 
 		 446 aa  280  4e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5846  FeS assembly protein SufD  41.02 
 
 		 439 aa  278  1e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00798373  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3968  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  39.58 
 
 		 440 aa  277  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.287239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2838  FeS assembly protein SufD  37.86 
 
 		 459 aa  269  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0458271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5107  FeS assembly protein SufD  40.88 
 
 		 439 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0193182 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4467  FeS assembly protein SufD  40 
 
 		 446 aa  268  2e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1897  FeS assembly protein SufD  41.87 
 
 		 454 aa  267  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0086  FeS assembly protein SufD  39.08 
 
 		 446 aa  266  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.902249  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0100  FeS assembly protein SufD  36.87 
 
 		 444 aa  263  3e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.993052 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3311  FeS assembly protein SufD  41.47 
 
 		 430 aa  264  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0379424 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2571  FeS assembly protein SufD  39.28 
 
 		 447 aa  263  4e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.993498  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0845  FeS assembly protein SufD  42.29 
 
 		 437 aa  263  6e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.431893  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0891  FeS assembly protein SufD  42.08 
 
 		 439 aa  262  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2326  FeS assembly protein SufD  37.56 
 
 		 441 aa  262  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.254342  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4271  FeS assembly protein SufD  38.55 
 
 		 447 aa  259  8e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.707837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0895  FeS assembly protein SufD  41.83 
 
 		 437 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4347  FeS assembly protein SufD  39.61 
 
 		 440 aa  258  2e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.964279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3979  FeS assembly protein SufD  39.76 
 
 		 440 aa  257  3e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.557806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2458  FeS assembly protein SufD  38.19 
 
 		 437 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.833793  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0174  FeS assembly protein SufD  35.28 
 
 		 441 aa  253  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000908978 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4459  FeS assembly protein SufD  39.85 
 
 		 440 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.2712 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2744  FeS assembly protein SufD  37.44 
 
 		 437 aa  251  3e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2270  FeS assembly protein SufD  40.56 
 
 		 399 aa  246  4e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.197633  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1506  FeS assembly protein SufD  34.14 
 
 		 475 aa  246  4.9999999999999997e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.187123  normal  0.203513 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0697  SufBD protein  38.83 
 
 		 440 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0893866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5929  sufD, needed for fhuF Fe-S center production/stability  36.41 
 
 		 441 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0905  FeS assembly protein SufD  37.35 
 
 		 437 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.915641 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1446  SufD  35.99 
 
 		 426 aa  243  3.9999999999999997e-63  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1513  FeS assembly protein SufD  35.68 
 
 		 426 aa  243  3.9999999999999997e-63  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2024  FeS assembly protein SufD  35.55 
 
 		 444 aa  241  2e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.554026  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2991  FeS assembly protein SufD  37.97 
 
 		 437 aa  238  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.109505 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0654  hypothetical protein  35.94 
 
 		 428 aa  238  2e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0638  hypothetical protein  36.08 
 
 		 428 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0976  iron-regulated ABC transporter, membrane-spanning permease  33.56 
 
 		 425 aa  236  7e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.307053  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1235  FeS assembly protein SufD  35.09 
 
 		 445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.722398  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2358  SufBD  38.5 
 
 		 430 aa  232  9e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.14407 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5779  FeS assembly protein SufD  33.65 
 
 		 439 aa  230  4e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04460  FeS assembly protein SufD  32.2 
 
 		 437 aa  228  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.934772  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0990  FeS assembly protein SufD  36.21 
 
 		 434 aa  227  3e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1606  FeS assembly protein SufD  36.28 
 
 		 448 aa  227  3e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0238755 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0698  FeS assembly protein SufD  34.98 
 
 		 440 aa  227  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3353  FeS assembly protein SufD  36.59 
 
 		 439 aa  226  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.315462 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1237  FeS assembly protein SufD  31.24 
 
 		 433 aa  225  1e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1180  FeS assembly protein SufD  33.16 
 
 		 438 aa  221  9.999999999999999e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1416  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  33.49 
 
 		 439 aa  217  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.199083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2359  SufBD protein  34.77 
 
 		 427 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.421889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3038  FeS assembly protein SufD  30.05 
 
 		 436 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0292386 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2091  SufBD protein  35.25 
 
 		 427 aa  210  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.781657 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3967  SufBD protein  34.67 
 
 		 448 aa  209  7e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.835948  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1626  sufD  36.18 
 
 		 427 aa  205  1e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443555 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0426  FeS assembly protein SufD  33.72 
 
 		 454 aa  204  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0816  ABC transporter membrane protein  35.48 
 
 		 422 aa  204  4e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2104  FeS assembly protein SufD  31.86 
 
 		 424 aa  203  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.111297 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0927  FeS assembly protein SufD  33.73 
 
 		 425 aa  202  9e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.859558  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0242  hypothetical protein  30.05 
 
 		 439 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0727  FeS assembly protein SufD  34.7 
 
 		 422 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01977  FeS assembly protein SufD  37.24 
 
 		 420 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.958218  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0933  hypothetical protein  33.41 
 
 		 425 aa  201  3e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.478935  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3443  FeS assembly protein SufD  32.76 
 
 		 451 aa  201  3e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  hitchhiker  0.0000000788125 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1897  FeS assembly protein SufD  31.76 
 
 		 424 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00363376 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2253  FeS assembly protein SufD  33.97 
 
 		 425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1466  FeS assembly protein SufD  33.56 
 
 		 425 aa  200  3.9999999999999996e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.269271  normal  0.0505489 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1246  SufBD  37.16 
 
 		 426 aa  200  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4731  FeS assembly protein SufD  30.57 
 
 		 454 aa  200  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2447  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.25 
 
 		 448 aa  199  7e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0918237  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3153  FeS assembly protein SufD  32.77 
 
 		 428 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2438  transport system  33.58 
 
 		 424 aa  196  6e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.629208  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0537  FeS assembly protein SufD  32.86 
 
 		 445 aa  194  2e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0798  FeS assembly protein SufD  30.68 
 
 		 448 aa  194  2e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0727  FeS assembly protein SufD  33.83 
 
 		 441 aa  194  4e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2592  SufBD protein  40.46 
 
 		 343 aa  193  7e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.956009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1862  FeS assembly protein SufD  33.09 
 
 		 442 aa  191  2e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2749  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  32.1 
 
 		 448 aa  189  9e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0636938  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0259  hypothetical protein  31.43 
 
 		 447 aa  188  1e-46  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1779  FeS assembly protein SufD  32.19 
 
 		 422 aa  188  2e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.377637  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0998  FeS assembly protein SufD  37.28 
 
 		 420 aa  186  7e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.364227  normal  0.129171 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01359  Cysteine desulfurase activator SufB  30.88 
 
 		 418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.043139  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1318  SufBD protein  39.29 
 
 		 342 aa  184  3e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0362341  normal  0.436939 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4357  FeS assembly protein SufD  29.41 
 
 		 453 aa  182  9.000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.352914 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0581  FeS assembly protein SufD  31.42 
 
 		 434 aa  182  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.19168  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0812  FeS assembly protein SufD  28.57 
 
 		 421 aa  182  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0156327  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1697  FeS assembly protein SufD  32.27 
 
 		 430 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294615  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3282  FeS assembly protein SufD  33.02 
 
 		 467 aa  179  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.534903  normal  0.136347 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1346  FeS assembly protein SufD  29.78 
 
 		 419 aa  177  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.641587  hitchhiker  0.00000000191252 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0417  FeS assembly protein SufD  31.53 
 
 		 455 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0428  FeS assembly protein SufD  31.53 
 
 		 455 aa  176  8e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1737  Iron-regulated ABC transporter permease protein SufD  33.5 
 
 		 442 aa  173  5e-42  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1850  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.62 
 
 		 441 aa  171  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0513191  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0781  FeS assembly protein SufD  29.37 
 
 		 444 aa  170  4e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0590112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2182  FeS assembly protein SufD  28.35 
 
 		 430 aa  170  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00372384  hitchhiker  0.000585375 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2591  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.37 
 
 		 441 aa  167  2.9999999999999998e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1763  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  30.79 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.182167  hitchhiker  0.0000315224 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0472  FeS assembly protein SufD  30.02 
 
 		 450 aa  167  5e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.337092  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1961  FeS assembly protein SufD  33.07 
 
 		 423 aa  164  4.0000000000000004e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0846147  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2916  SufBD protein  32.49 
 
 		 360 aa  163  6e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.672457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1515  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.07 
 
 		 423 aa  162  9e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.252227  hitchhiker  0.00000429728 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1762  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.16 
 
 		 423 aa  162  1e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0210181  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2395  cysteine desulfurase activator complex subunit SufD  33.07 
 
 		 423 aa  162  1e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.087197  hitchhiker  0.000115041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>