82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1478 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009075  BURPS668_A2873  putative lipoprotein  48.84 
 
 		 954 aa  825    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2720  beta-propeller repeat-containing protein  48.73 
 
 		 954 aa  819    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.501527  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1946  lipoprotein, putative  43.99 
 
 		 945 aa  715    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1478  hypothetical protein  100 
 
 		 991 aa  2032    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1107  putative lipoprotein  48.84 
 
 		 954 aa  825    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2303  hypothetical protein  43.99 
 
 		 945 aa  715    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0895  hypothetical protein  48.86 
 
 		 946 aa  854    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.387916  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5063  putative lipoprotein  43.06 
 
 		 961 aa  681    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6317  putative lipoprotein  39.87 
 
 		 963 aa  629  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6217  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  33.38 
 
 		 829 aa  332  3e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.597655  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2955  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.57 
 
 		 818 aa  308  4.0000000000000004e-82  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0137484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3053  hypothetical protein  28.47 
 
 		 916 aa  278  5e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.442693  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6216  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.78 
 
 		 911 aa  230  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4335  phosphoesterase  30.31 
 
 		 921 aa  222  3e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.284385  normal  0.290519 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3396  phosphoesterase  29.91 
 
 		 928 aa  206  2e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.220047 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0709  phosphoesterase  26.28 
 
 		 873 aa  180  9e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1921  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  26.71 
 
 		 962 aa  169  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2274  hypothetical protein  26.71 
 
 		 962 aa  169  2.9999999999999998e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3230  hypothetical protein  25.69 
 
 		 931 aa  167  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2833  SMP-30/Gluconolaconase/LRE domain protein  25.69 
 
 		 931 aa  167  1.0000000000000001e-39  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0370  hypothetical protein  38.76 
 
 		 284 aa  117  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  26.03 
 
 		 479 aa  76.6  0.000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  27.94 
 
 		 819 aa  65.5  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6157  Fibronectin type III domain protein  33.94 
 
 		 918 aa  65.5  0.000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622603  normal  0.669224 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  30.46 
 
 		 387 aa  63.2  0.00000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  27.03 
 
 		 1667 aa  61.2  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32 
 
 		 689 aa  61.2  0.00000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  30.87 
 
 		 810 aa  58.9  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1111  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.74 
 
 		 415 aa  58.2  0.0000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  25.52 
 
 		 776 aa  58.2  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  29.05 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0371  hypothetical protein  46.15 
 
 		 68 aa  57.8  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  28.3 
 
 		 329 aa  56.2  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  25.73 
 
 		 580 aa  56.2  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.38 
 
 		 329 aa  55.8  0.000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  27.14 
 
 		 391 aa  55.1  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3134  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.7 
 
 		 329 aa  54.7  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2259  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.17 
 
 		 326 aa  54.3  0.00001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.669403  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1279  hypothetical protein  28.57 
 
 		 329 aa  53.1  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1892  hypothetical protein  27.44 
 
 		 334 aa  53.5  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.181009  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.39 
 
 		 317 aa  53.9  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3851  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  33.56 
 
 		 334 aa  53.5  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5454  alpha-1,2-mannosidase  28.57 
 
 		 1189 aa  52.8  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.8868  normal  0.279794 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.25 
 
 		 328 aa  52.4  0.00004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3230  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  31.17 
 
 		 517 aa  52  0.00005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.476229  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2142  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  28.95 
 
 		 943 aa  52  0.00005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.624762  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.1 
 
 		 310 aa  52  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  27.81 
 
 		 335 aa  52  0.00006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  30 
 
 		 354 aa  51.6  0.00008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.05 
 
 		 366 aa  51.2  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1750  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  29.51 
 
 		 451 aa  51.2  0.00009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.000566962  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.66 
 
 		 457 aa  50.4  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3594  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.41 
 
 		 1056 aa  50.1  0.0002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.207597  normal  0.593254 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0591  peptidase, S54 (rhomboid) family  28.8 
 
 		 625 aa  50.1  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0874  cell surface protein  24.4 
 
 		 332 aa  49.3  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.560524  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.15 
 
 		 752 aa  49.7  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481443  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3263  hypothetical protein  24.24 
 
 		 487 aa  49.7  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000325549  normal  0.271166 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3144  hypothetical protein  25 
 
 		 971 aa  49.3  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0403657  normal  0.275799 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1947  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  30.14 
 
 		 321 aa  48.9  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.107167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  26.62 
 
 		 1094 aa  48.9  0.0005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1470  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.53 
 
 		 479 aa  48.5  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00488394  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00614  hypothetical protein  29.6 
 
 		 625 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00624  conserved hypothetical protein  29.6 
 
 		 625 aa  48.5  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2989  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.6 
 
 		 625 aa  48.5  0.0007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.78 
 
 		 366 aa  48.1  0.0009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1794  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.53 
 
 		 338 aa  47.4  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000588252 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2848  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.71 
 
 		 329 aa  47.8  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.221591  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  32.82 
 
 		 365 aa  47.8  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4139  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.14 
 
 		 314 aa  47.4  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0685  S54 family peptidase  28.8 
 
 		 625 aa  47.8  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.085166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4384  hypothetical protein  25.78 
 
 		 314 aa  46.6  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491749  normal  0.153461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5265  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.26 
 
 		 327 aa  46.6  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.45 
 
 		 318 aa  47  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 328 aa  47  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.804553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4507  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.85 
 
 		 314 aa  46.2  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.790571  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.2 
 
 		 312 aa  45.8  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4373  6-phosphogluconolactonase  24.55 
 
 		 404 aa  45.4  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.432852 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.07 
 
 		 353 aa  45.4  0.005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  29.6 
 
 		 556 aa  45.1  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  38.03 
 
 		 348 aa  45.1  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3658  phosphoesterase  28.7 
 
 		 335 aa  44.7  0.009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4621  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  22.31 
 
 		 318 aa  44.3  0.01  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.70566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>