More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0684 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0684  methylmalonyl-CoA decarboxylase  100 
 
 
259 aa  536  9.999999999999999e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0753206  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0696  methylmalonyl-CoA decarboxylase  97.3 
 
 
259 aa  528  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012263 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3534  methylmalonyl-CoA decarboxylase  67.18 
 
 
259 aa  377  1e-103  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1378  methylmalonyl-CoA decarboxylase  61.54 
 
 
260 aa  345  4e-94  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.526111  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1611  methylmalonyl-CoA decarboxylase  49.22 
 
 
271 aa  289  3e-77  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3055  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02750  methylmalonyl-CoA decarboxylase, biotin-independent  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0774  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0791  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3077  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3341  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4215  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02713  hypothetical protein  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3246  methylmalonyl-CoA decarboxylase  51.41 
 
 
261 aa  286  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2461  methylmalonyl-CoA decarboxylase  50.97 
 
 
259 aa  282  3.0000000000000004e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000140768 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2996  methylmalonyl-CoA decarboxylase  43.03 
 
 
266 aa  216  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4040  methylmalonyl-CoA decarboxylase  42 
 
 
269 aa  215  5e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.642217  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0459  methylmalonyl-CoA decarboxylase  41.47 
 
 
269 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0938  methylmalonyl-CoA decarboxylase  41.47 
 
 
269 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0900  methylmalonyl-CoA decarboxylase  40.93 
 
 
269 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2620  enoyl-CoA hydratase  32.81 
 
 
266 aa  137  2e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.124427  normal  0.0671536 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1048  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.73 
 
 
265 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0748381  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3742  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.84 
 
 
262 aa  133  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.262023  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2115  enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.07 
 
 
254 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1575  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.01 
 
 
263 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.980985  normal  0.436291 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1266  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.72 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.192024  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1765  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  33.46 
 
 
251 aa  128  1.0000000000000001e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.346734  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2001  short chain enoyl-CoA hydratase  31.66 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0717  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  32.16 
 
 
258 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4012  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.65 
 
 
258 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1837  enoyl-CoA hydratase  32.18 
 
 
260 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.334105  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0438  enoyl-CoA hydratase  33.58 
 
 
261 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.658652  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1300  short chain enoyl-CoA hydratase / enoyl-CoA hydratase  32.02 
 
 
256 aa  124  1e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.132411  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4763  enoyl-CoA hydratase/isomerase  35.23 
 
 
265 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.254643  normal  0.582812 
 
 
-
 
NC_002950  PG1079  enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein  33.47 
 
 
256 aa  123  3e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.209168 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2856  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.89 
 
 
260 aa  123  3e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4211  short chain enoyl-CoA hydratase  31.2 
 
 
258 aa  123  3e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2805  enoyl-CoA hydratase  29.66 
 
 
273 aa  123  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.932647  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1815  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.28 
 
 
268 aa  122  4e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5509  enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.85 
 
 
265 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5352  enoyl-CoA hydratase/isomerase  34.85 
 
 
265 aa  122  6e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2444  enoyl-CoA hydratase  31.18 
 
 
260 aa  122  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0541  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0765049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3548  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.067753  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0933  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0614585  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3566  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0331605  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0636  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0710524  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1903  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0497842  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3575  enoyl-CoA hydratase  31.25 
 
 
263 aa  122  8e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.615843  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0401  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.76 
 
 
260 aa  121  9e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3883  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.07 
 
 
262 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0303551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1781  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.64 
 
 
260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.655694  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3799  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.68 
 
 
262 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0645207  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2031  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  30.56 
 
 
260 aa  120  3e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2066  enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.47 
 
 
273 aa  119  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0149  short chain enoyl-CoA hydratase  34.72 
 
 
266 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.227059  normal  0.14158 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15140  enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  29.18 
 
 
257 aa  119  6e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.144645  normal  0.188843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2156  enoyl-CoA hydratase  33.46 
 
 
261 aa  119  6e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.666292  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0750  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.7 
 
 
265 aa  118  9e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.276485 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3871  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.34 
 
 
263 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.266339 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3023  enoyl-CoA hydratase  31.15 
 
 
269 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.346174  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4448  enoyl-CoA hydratase  29.41 
 
 
274 aa  117  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.519653  normal  0.153189 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0790  enoyl-CoA hydratase/carnithine racemase  30.43 
 
 
260 aa  118  9.999999999999999e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2902  enoyl-CoA hydratase  30.86 
 
 
263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2287  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  28.97 
 
 
260 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.867439  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0337  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  31.44 
 
 
659 aa  116  3e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.598683  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3420  enoyl-CoA hydratase  30.74 
 
 
261 aa  117  3e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1353  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.03 
 
 
259 aa  117  3e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0413537  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2585  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  28.57 
 
 
260 aa  116  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0753  enoyl-CoA hydratase  29.32 
 
 
265 aa  116  3.9999999999999997e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.33751 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0873  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.59 
 
 
267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2864  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.92 
 
 
258 aa  116  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2708  enoyl-CoA hydratase  30.23 
 
 
263 aa  116  5e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2687  enoyl-CoA hydratase  30.23 
 
 
263 aa  116  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.485301  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0310  enoyl-CoA hydratase  29.41 
 
 
268 aa  115  6e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.305659  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5249  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.74 
 
 
273 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2485  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.19 
 
 
260 aa  115  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.380203 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3163  enoyl-CoA hydratase  29.57 
 
 
280 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000989513  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1671  enoyl-CoA hydratase  29.84 
 
 
265 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0787983  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4064  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.96 
 
 
259 aa  114  1.0000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0816295  normal  0.0761616 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0541  3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase NAD-binding  30.11 
 
 
661 aa  114  1.0000000000000001e-24  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  hitchhiker  0.000690617 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02414  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.31 
 
 
266 aa  114  2.0000000000000002e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4217  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.4 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.360311  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3602  enoyl-CoA hydratase/isomerase  31.17 
 
 
260 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0475224  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1308  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.97 
 
 
253 aa  113  2.0000000000000002e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000837602 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0882  short chain enoyl-CoA hydratase  30.65 
 
 
259 aa  113  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.533532 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2071  short chain enoyl-CoA hydratase  28.57 
 
 
260 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000637715  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0341  enoyl-CoA hydratase  27.67 
 
 
268 aa  113  3e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2603  short chain enoyl-CoA hydratase  29.57 
 
 
263 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.167852  normal  0.240881 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3100  enoyl-CoA hydratase  29.18 
 
 
263 aa  113  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.26522  hitchhiker  0.000108196 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3101  enoyl-CoA hydratase-isomerase  30.12 
 
 
275 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429404  hitchhiker  0.000105979 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2752  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.08 
 
 
260 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1340  short chain enoyl-CoA hydratase  27.49 
 
 
258 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0009  enoyl-CoA hydratase/isomerase  27.49 
 
 
258 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0090  3-hydroxybutyryl-CoA dehydratase  30.12 
 
 
258 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0434  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  30.68 
 
 
266 aa  112  6e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2626  enoyl-CoA hydratase  27.69 
 
 
263 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0588068 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6304  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.96 
 
 
259 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.709567 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2054  short chain enoyl-CoA hydratase  32.14 
 
 
264 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.216786  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3860  enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.2 
 
 
261 aa  112  8.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.897739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>