More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0166 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0166  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  100 
 
 
464 aa  897    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.93111  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0148  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  95.91 
 
 
463 aa  726    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0313  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  54.37 
 
 
469 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3429  NADH dehydrogenase I, N subunit  50.32 
 
 
466 aa  410  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0172  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  48.18 
 
 
466 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3997  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.07 
 
 
484 aa  256  5e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000145743 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2207  NADH dehydrogenase subunit N  37.19 
 
 
478 aa  255  1.0000000000000001e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4231  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.45 
 
 
487 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0521888  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3125  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.16 
 
 
487 aa  252  1e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0998153  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3913  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.45 
 
 
484 aa  250  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00947726  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0934  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.62 
 
 
478 aa  248  2e-64  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.89 
 
 
489 aa  248  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.14168  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1874  NADH dehydrogenase subunit N  34.89 
 
 
478 aa  247  3e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.687941  normal  0.163647 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1303  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.82 
 
 
492 aa  244  3e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.346508  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3382  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.47 
 
 
498 aa  244  3e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2036  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.92 
 
 
476 aa  242  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0903  NADH dehydrogenase subunit N  32.5 
 
 
480 aa  240  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0351  NADH dehydrogenase I, N subunit  37.43 
 
 
484 aa  238  1e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1381  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.72 
 
 
485 aa  238  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2931  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.73 
 
 
477 aa  238  2e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2425  NADH dehydrogenase subunit N  34.72 
 
 
485 aa  238  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3415  NADH dehydrogenase subunit N  34.72 
 
 
485 aa  238  2e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.684658  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2430  NADH dehydrogenase subunit N  34.72 
 
 
485 aa  238  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2569  NADH dehydrogenase subunit N  34.72 
 
 
485 aa  238  2e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1376  NADH dehydrogenase subunit N  34.51 
 
 
485 aa  237  3e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.94237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3213  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  32.49 
 
 
483 aa  237  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175572  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2662  NADH dehydrogenase subunit N  34.9 
 
 
485 aa  236  4e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0819952  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3342  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.4 
 
 
484 aa  237  4e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.572203 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0216  NADH dehydrogenase I chain N  39.31 
 
 
464 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2587  NADH dehydrogenase subunit N  32.9 
 
 
478 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.43534  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2455  NADH dehydrogenase subunit N  34.9 
 
 
485 aa  236  5.0000000000000005e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.756479  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4620  NADH dehydrogenase subunit N  32.13 
 
 
476 aa  236  6e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0124009 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2500  NADH dehydrogenase subunit N  34.97 
 
 
485 aa  236  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2555  NADH dehydrogenase subunit N  34.97 
 
 
485 aa  236  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.968659 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2544  NADH dehydrogenase subunit N  34.97 
 
 
485 aa  236  9e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2652  NADH dehydrogenase subunit N  34.72 
 
 
485 aa  236  9e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02201  NADH dehydrogenase subunit N  37.6 
 
 
425 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3211  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.91 
 
 
491 aa  234  3e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0559  NADH dehydrogenase subunit N  35.8 
 
 
482 aa  234  3e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2872  NADH dehydrogenase subunit N  32.48 
 
 
478 aa  234  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.562187  normal  0.277076 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02161  hypothetical protein  37.6 
 
 
425 aa  234  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1215  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.83 
 
 
476 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3285  NADH dehydrogenase subunit N  32.9 
 
 
479 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.917903  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1072  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.19 
 
 
479 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.343955 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1201  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.19 
 
 
479 aa  233  7.000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1604  NADH dehydrogenase subunit N  35.57 
 
 
482 aa  233  7.000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3813  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  32.98 
 
 
479 aa  231  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1006  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.83 
 
 
479 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0667642  normal  0.237402 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2417  NADH dehydrogenase subunit N  36.55 
 
 
478 aa  231  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.150272  normal  0.0107759 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2820  NADH dehydrogenase subunit N  34.8 
 
 
485 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0987  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.39 
 
 
476 aa  231  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.740525 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2385  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.6 
 
 
477 aa  231  3e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.644113  normal  0.998345 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29850  NADH dehydrogenase subunit N  37.68 
 
 
486 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0182151  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2557  NADH dehydrogenase subunit N  35.17 
 
 
486 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.794152  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3622  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.79 
 
 
483 aa  230  5e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00149081  normal  0.0891117 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3296  NADH dehydrogenase subunit N  39.03 
 
 
485 aa  229  6e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.175095 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3209  NADH dehydrogenase subunit N  35.85 
 
 
489 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.156976  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3377  NADH dehydrogenase I, N subunit  35.64 
 
 
489 aa  228  1e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2046  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  33.71 
 
 
481 aa  229  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.435365  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1729  NADH dehydrogenase subunit N  34.25 
 
 
479 aa  229  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.31279  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1251  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  37.95 
 
 
500 aa  229  1e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.348771  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1035  NADH dehydrogenase subunit N  32.62 
 
 
479 aa  228  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.633564  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3340  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.62 
 
 
475 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.402992  normal  0.871003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3615  NADH dehydrogenase subunit N  35.61 
 
 
487 aa  227  4e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23886  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4403  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  35.48 
 
 
482 aa  225  1e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.511362 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3703  NADH dehydrogenase subunit N  38.72 
 
 
489 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.404917  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1366  NADH dehydrogenase subunit N  33.03 
 
 
481 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1734  NADH dehydrogenase subunit N  38.46 
 
 
489 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0116065  normal  0.979482 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1274  NADH dehydrogenase subunit N  32.81 
 
 
481 aa  224  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4131  NADH dehydrogenase subunit N  37.3 
 
 
489 aa  224  3e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0815  NADH dehydrogenase subunit N  33.15 
 
 
478 aa  224  3e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.185005  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2230  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  36.97 
 
 
498 aa  224  3e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0810  NADH dehydrogenase subunit N  33.15 
 
 
478 aa  224  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1957  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.53 
 
 
488 aa  224  4e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0608114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1861  NADH dehydrogenase subunit N  38.21 
 
 
489 aa  223  6e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.490828  normal  0.0339146 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1655  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.87 
 
 
505 aa  222  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1991  NADH dehydrogenase subunit N  32.54 
 
 
478 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2538  NADH dehydrogenase subunit N  33.68 
 
 
485 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4548  NADH dehydrogenase subunit N  34.86 
 
 
475 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.169916  normal  0.130526 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1804  NADH dehydrogenase subunit N  37.5 
 
 
487 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0242179 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13179  NADH dehydrogenase subunit N  35.06 
 
 
531 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000788035  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1572  NADH dehydrogenase subunit N  37.5 
 
 
487 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1466  NADH dehydrogenase subunit N  37.5 
 
 
487 aa  220  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0852  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.06 
 
 
511 aa  220  5e-56  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00934682  normal  0.437554 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2287  NADH dehydrogenase subunit N  38.2 
 
 
487 aa  220  5e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01300  NADH dehydrogenase subunit N  37.68 
 
 
487 aa  219  7.999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6669  NADH dehydrogenase subunit N  36.96 
 
 
527 aa  219  1e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1568  NADH dehydrogenase subunit N  36.58 
 
 
487 aa  219  1e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4139  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  32.19 
 
 
482 aa  218  2e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2760  NADH dehydrogenase subunit N  33.61 
 
 
485 aa  218  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1504  NADH dehydrogenase subunit N  33.54 
 
 
485 aa  217  4e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2410  NADH dehydrogenase subunit N  32.67 
 
 
478 aa  217  4e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0625167  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2424  NADH dehydrogenase subunit N  38.05 
 
 
494 aa  216  5e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.713557 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0760  NADH dehydrogenase subunit N  35.5 
 
 
478 aa  216  5e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1329  NADH dehydrogenase subunit N  32.83 
 
 
479 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0310541 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28560  NADH dehydrogenase subunit N  38.41 
 
 
490 aa  216  7e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221247  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1296  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain N  34.69 
 
 
511 aa  216  8e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2153  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  35.5 
 
 
520 aa  216  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.547893 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1766  NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit 2  38.53 
 
 
523 aa  215  9.999999999999999e-55  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0127704  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0830  NADH dehydrogenase subunit N  32.36 
 
 
478 aa  215  9.999999999999999e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>