More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1205 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  100 
 
 
595 aa  1146    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  68.76 
 
 
523 aa  658    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.93 
 
 
507 aa  530  1e-149  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.14 
 
 
484 aa  523  1e-147  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.5 
 
 
507 aa  521  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.25 
 
 
475 aa  520  1e-146  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  55.27 
 
 
483 aa  521  1e-146  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  55 
 
 
469 aa  511  1e-143  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.01 
 
 
479 aa  510  1e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.12 
 
 
486 aa  503  1e-141  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.98 
 
 
529 aa  501  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.1 
 
 
473 aa  500  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.59 
 
 
480 aa  497  1e-139  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  52.12 
 
 
526 aa  492  9.999999999999999e-139  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  53.75 
 
 
480 aa  486  1e-136  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  52.66 
 
 
480 aa  482  1e-135  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.67 
 
 
485 aa  459  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.74 
 
 
469 aa  455  1e-127  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.65 
 
 
475 aa  456  1e-127  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.68 
 
 
474 aa  436  1e-121  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  33.09 
 
 
504 aa  268  2e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  27.93 
 
 
444 aa  257  4e-67  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  26.68 
 
 
436 aa  241  2.9999999999999997e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.95 
 
 
440 aa  240  6.999999999999999e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.55 
 
 
449 aa  236  6e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.15 
 
 
482 aa  235  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  27.58 
 
 
442 aa  232  1e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.6 
 
 
456 aa  232  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  27.63 
 
 
439 aa  230  5e-59  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.03 
 
 
444 aa  226  9e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.6 
 
 
446 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.4 
 
 
453 aa  223  8e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.72 
 
 
471 aa  223  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.54 
 
 
472 aa  220  6e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.89 
 
 
524 aa  219  1e-55  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.96 
 
 
487 aa  218  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  27.91 
 
 
440 aa  215  1.9999999999999998e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  28.46 
 
 
440 aa  215  1.9999999999999998e-54  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.09 
 
 
469 aa  214  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.43 
 
 
486 aa  213  7e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0375  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.33 
 
 
485 aa  213  1e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.22 
 
 
471 aa  211  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.8 
 
 
531 aa  211  4e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.83 
 
 
525 aa  210  6e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  27.61 
 
 
446 aa  209  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.63 
 
 
453 aa  206  7e-52  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.68 
 
 
454 aa  205  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.27 
 
 
442 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.62 
 
 
433 aa  197  3e-49  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.81 
 
 
458 aa  196  9e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.07 
 
 
453 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  43.87 
 
 
432 aa  195  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.76 
 
 
453 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.76 
 
 
453 aa  195  2e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.93 
 
 
463 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.93 
 
 
463 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  39.13 
 
 
458 aa  195  3e-48  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.93 
 
 
463 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.93 
 
 
463 aa  194  3e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.24 
 
 
463 aa  194  5e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.45 
 
 
453 aa  193  6e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  29.74 
 
 
455 aa  193  7e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.45 
 
 
453 aa  193  7e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.86 
 
 
430 aa  193  8e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.62 
 
 
447 aa  193  9e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.96 
 
 
457 aa  192  1e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.18 
 
 
430 aa  192  1e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.34 
 
 
456 aa  192  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.93 
 
 
463 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.62 
 
 
463 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.62 
 
 
463 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.19 
 
 
450 aa  192  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2439  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.35 
 
 
461 aa  192  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  24.72 
 
 
440 aa  191  4e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.94 
 
 
452 aa  190  5e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.02 
 
 
441 aa  190  5e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.66 
 
 
443 aa  190  5.999999999999999e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.91 
 
 
453 aa  190  7e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.4 
 
 
468 aa  190  7e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.62 
 
 
463 aa  190  7e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  41.6 
 
 
466 aa  188  2e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.2 
 
 
461 aa  189  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.36 
 
 
461 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.59 
 
 
453 aa  188  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.14 
 
 
468 aa  188  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  32.85 
 
 
437 aa  187  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  41.6 
 
 
472 aa  187  5e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  36.13 
 
 
445 aa  187  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.11 
 
 
435 aa  186  1.0000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.28 
 
 
453 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.96 
 
 
443 aa  185  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.16 
 
 
442 aa  184  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2609  putative tRNA modifying protein  25.5 
 
 
467 aa  183  7e-45  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.29 
 
 
438 aa  183  8.000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.96 
 
 
468 aa  183  9.000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.84 
 
 
449 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  35.9 
 
 
448 aa  182  1e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.85 
 
 
473 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.33 
 
 
440 aa  182  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.84 
 
 
463 aa  182  1e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>