More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3205 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
447 aa  903    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  73.38 
 
 
449 aa  690    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  79.19 
 
 
448 aa  741    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  86.43 
 
 
445 aa  788    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  78.6 
 
 
448 aa  736    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  82.02 
 
 
448 aa  764    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  77.93 
 
 
450 aa  716    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  63.6 
 
 
455 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.51 
 
 
469 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.51 
 
 
469 aa  479  1e-134  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  53.29 
 
 
483 aa  476  1e-133  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.8 
 
 
470 aa  466  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.03 
 
 
444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50 
 
 
453 aa  443  1e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.11 
 
 
446 aa  440  9.999999999999999e-123  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.86 
 
 
440 aa  436  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  49.43 
 
 
445 aa  434  1e-120  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.21 
 
 
445 aa  432  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.28 
 
 
442 aa  430  1e-119  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.95 
 
 
436 aa  430  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.26 
 
 
486 aa  427  1e-118  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.79 
 
 
446 aa  427  1e-118  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  47.74 
 
 
442 aa  427  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  47.12 
 
 
504 aa  421  1e-116  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.17 
 
 
444 aa  418  9.999999999999999e-116  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.12 
 
 
440 aa  415  9.999999999999999e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.68 
 
 
450 aa  415  1e-114  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.86 
 
 
430 aa  384  1e-105  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  46.59 
 
 
432 aa  380  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.44 
 
 
430 aa  378  1e-104  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  42.41 
 
 
466 aa  375  1e-103  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.62 
 
 
444 aa  377  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  42.57 
 
 
440 aa  371  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.73 
 
 
450 aa  371  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  43.5 
 
 
452 aa  368  1e-100  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  41.55 
 
 
439 aa  365  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  40.13 
 
 
435 aa  365  1e-99  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  42.28 
 
 
458 aa  365  1e-99  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  41.58 
 
 
454 aa  364  1e-99  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.99 
 
 
440 aa  364  2e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  41.76 
 
 
471 aa  364  2e-99  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.08 
 
 
436 aa  363  4e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.9 
 
 
433 aa  362  9e-99  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.67 
 
 
440 aa  361  1e-98  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  41.52 
 
 
454 aa  361  1e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.61 
 
 
487 aa  361  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  41.48 
 
 
472 aa  362  1e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  41.16 
 
 
454 aa  359  6e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.65 
 
 
438 aa  357  1.9999999999999998e-97  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.27 
 
 
441 aa  355  1e-96  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  41.89 
 
 
440 aa  354  2e-96  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.17 
 
 
471 aa  353  2.9999999999999997e-96  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
444 aa  352  1e-95  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.04 
 
 
449 aa  351  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.04 
 
 
449 aa  351  2e-95  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.05 
 
 
456 aa  350  2e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.32 
 
 
452 aa  350  4e-95  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  40.98 
 
 
462 aa  348  1e-94  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
472 aa  347  3e-94  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.95 
 
 
463 aa  346  4e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  41.52 
 
 
450 aa  346  4e-94  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.21 
 
 
482 aa  345  7e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.07 
 
 
437 aa  345  8.999999999999999e-94  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.45 
 
 
437 aa  344  2e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.27 
 
 
430 aa  342  5.999999999999999e-93  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  38.19 
 
 
437 aa  342  5.999999999999999e-93  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.99 
 
 
430 aa  340  2e-92  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  39.51 
 
 
434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 
435 aa  337  2.9999999999999997e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.22 
 
 
436 aa  336  5.999999999999999e-91  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.79 
 
 
440 aa  335  7e-91  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38 
 
 
469 aa  335  7.999999999999999e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1737  hypothetical protein  40.36 
 
 
439 aa  335  9e-91  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  42.37 
 
 
438 aa  334  2e-90  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  41.76 
 
 
440 aa  333  3e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.36 
 
 
431 aa  333  4e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.63 
 
 
442 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.38 
 
 
429 aa  328  2.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.31 
 
 
468 aa  327  2.0000000000000001e-88  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.62 
 
 
433 aa  327  2.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0258  conserved hypothetical protein, radical SAM domain family (UPF0004 domain protein)  40.5 
 
 
438 aa  324  2e-87  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0502  hypothetical protein  40.32 
 
 
433 aa  324  2e-87  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.23 
 
 
438 aa  323  4e-87  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.95 
 
 
442 aa  323  5e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1627  putative tRNA modifying protein  40.95 
 
 
439 aa  322  9.999999999999999e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  39.36 
 
 
477 aa  320  3e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.63 
 
 
431 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1788  putative tRNA modifying protein  40.72 
 
 
455 aa  320  5e-86  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1447  putative tRNA modifying protein  40.95 
 
 
439 aa  319  6e-86  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1371  hypothetical protein  41.44 
 
 
436 aa  318  1e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10700  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  41.63 
 
 
446 aa  318  1e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00016615  unclonable  0.00000000172933 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0435  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.22 
 
 
436 aa  315  9.999999999999999e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0253  2-methylthioadenine synthetase  40.62 
 
 
444 aa  314  1.9999999999999998e-84  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.484105  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0234  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.47 
 
 
430 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00117133  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0582  hypothetical protein  39.73 
 
 
436 aa  308  9e-83  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.75 
 
 
435 aa  303  3.0000000000000004e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.64 
 
 
441 aa  304  3.0000000000000004e-81  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.16 
 
 
467 aa  303  4.0000000000000003e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.88 
 
 
432 aa  302  8.000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.96 
 
 
441 aa  301  1e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>