More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7848 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
529 aa  1048    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  62.35 
 
 
483 aa  574  1.0000000000000001e-162  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  59.16 
 
 
526 aa  569  1e-161  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.72 
 
 
480 aa  569  1e-161  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.95 
 
 
484 aa  567  1e-160  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.75 
 
 
473 aa  567  1e-160  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  60.36 
 
 
469 aa  562  1.0000000000000001e-159  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.9 
 
 
479 aa  556  1e-157  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.19 
 
 
486 aa  556  1e-157  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.92 
 
 
507 aa  552  1e-156  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  58.58 
 
 
480 aa  551  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.8 
 
 
507 aa  547  1e-154  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  58.56 
 
 
480 aa  547  1e-154  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.17 
 
 
475 aa  540  9.999999999999999e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.34 
 
 
469 aa  510  1e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.61 
 
 
485 aa  505  9.999999999999999e-143  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  54.91 
 
 
523 aa  506  9.999999999999999e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.95 
 
 
475 aa  499  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  54.98 
 
 
595 aa  494  9.999999999999999e-139  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.11 
 
 
474 aa  488  1e-137  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.56 
 
 
436 aa  290  6e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.78 
 
 
504 aa  284  3.0000000000000004e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.54 
 
 
453 aa  279  8e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.77 
 
 
445 aa  277  4e-73  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.7 
 
 
442 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.87 
 
 
444 aa  275  2.0000000000000002e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.8 
 
 
440 aa  271  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.49 
 
 
487 aa  270  2.9999999999999997e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.2 
 
 
440 aa  266  5e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.67 
 
 
446 aa  266  7e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  34.32 
 
 
450 aa  264  2e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  32.95 
 
 
458 aa  262  1e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  32.07 
 
 
462 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  32.95 
 
 
466 aa  260  6e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  33.72 
 
 
472 aa  259  9e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.68 
 
 
442 aa  257  4e-67  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.91 
 
 
450 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.89 
 
 
482 aa  251  2e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  30.93 
 
 
445 aa  251  2e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.42 
 
 
472 aa  248  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  32.35 
 
 
440 aa  248  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.4 
 
 
486 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34 
 
 
456 aa  247  4.9999999999999997e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  32.01 
 
 
452 aa  244  1.9999999999999999e-63  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.18 
 
 
469 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.62 
 
 
469 aa  244  3e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  36.73 
 
 
483 aa  243  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.18 
 
 
469 aa  244  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  28.74 
 
 
439 aa  243  6e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1621  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.01 
 
 
455 aa  243  7e-63  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0278587  hitchhiker  0.00000000647105 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  32.67 
 
 
455 aa  243  7.999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  31.12 
 
 
440 aa  242  1e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.71 
 
 
438 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.14 
 
 
442 aa  238  2e-61  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.49 
 
 
441 aa  237  5.0000000000000005e-61  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2609  putative tRNA modifying protein  31.94 
 
 
467 aa  235  1.0000000000000001e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.4 
 
 
427 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.01 
 
 
472 aa  229  6e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.92 
 
 
472 aa  229  8e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.9 
 
 
493 aa  229  9e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.92 
 
 
472 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.92 
 
 
472 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.72 
 
 
472 aa  228  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.22 
 
 
473 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.57 
 
 
430 aa  226  9e-58  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.07 
 
 
441 aa  225  1e-57  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.72 
 
 
476 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.72 
 
 
476 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.72 
 
 
480 aa  225  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3232  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.65 
 
 
462 aa  224  2e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.653415  normal  0.176593 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.59 
 
 
463 aa  224  3e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.53 
 
 
481 aa  223  6e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.89 
 
 
463 aa  223  7e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.55 
 
 
463 aa  223  7e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.39 
 
 
461 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.39 
 
 
461 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.32 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.32 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.32 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.32 
 
 
463 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.51 
 
 
463 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4475  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.49 
 
 
449 aa  219  1e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.439189 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.51 
 
 
463 aa  219  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  27.96 
 
 
443 aa  218  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.21 
 
 
444 aa  218  1e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.5 
 
 
440 aa  219  1e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.4 
 
 
441 aa  218  2e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.05 
 
 
453 aa  218  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.74 
 
 
441 aa  218  2e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.63 
 
 
470 aa  218  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.67 
 
 
441 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.55 
 
 
463 aa  217  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.67 
 
 
441 aa  217  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>