More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_1396 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
507 aa  997    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  94.08 
 
 
507 aa  940    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.67 
 
 
479 aa  633  1e-180  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  65.98 
 
 
483 aa  595  1e-169  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.52 
 
 
473 aa  579  1e-164  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  62.48 
 
 
480 aa  578  1e-164  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.46 
 
 
484 aa  577  1.0000000000000001e-163  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  63.84 
 
 
469 aa  569  1e-161  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  61.03 
 
 
480 aa  560  1e-158  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.1 
 
 
469 aa  554  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.92 
 
 
529 aa  537  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  59.41 
 
 
523 aa  535  1e-151  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.73 
 
 
480 aa  536  1e-151  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.63 
 
 
485 aa  532  1e-150  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.6 
 
 
475 aa  535  1e-150  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.32 
 
 
486 aa  523  1e-147  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  56.69 
 
 
595 aa  508  1e-143  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  55.62 
 
 
526 aa  505  9.999999999999999e-143  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.46 
 
 
475 aa  500  1e-140  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.71 
 
 
474 aa  501  1e-140  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  38.75 
 
 
466 aa  292  1e-77  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  38.75 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  37.8 
 
 
458 aa  284  2.0000000000000002e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.21 
 
 
504 aa  284  2.0000000000000002e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  36.95 
 
 
462 aa  280  6e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.89 
 
 
446 aa  277  4e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.89 
 
 
450 aa  277  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  38.12 
 
 
432 aa  276  6e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.96 
 
 
436 aa  276  6e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  30.93 
 
 
442 aa  276  8e-73  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.54 
 
 
447 aa  273  6e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.99 
 
 
449 aa  271  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.62 
 
 
450 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  36.18 
 
 
440 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.99 
 
 
444 aa  266  8e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  33.33 
 
 
445 aa  264  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  35.08 
 
 
440 aa  263  4e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  33.95 
 
 
450 aa  263  8e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.01 
 
 
453 aa  262  8.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.03 
 
 
445 aa  262  1e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.61 
 
 
430 aa  261  2e-68  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  32.15 
 
 
454 aa  261  3e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.68 
 
 
430 aa  261  3e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  30.58 
 
 
445 aa  259  7e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.53 
 
 
471 aa  259  9e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  31.73 
 
 
454 aa  259  9e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.85 
 
 
482 aa  258  1e-67  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.55 
 
 
470 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.92 
 
 
440 aa  258  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.97 
 
 
472 aa  257  3e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.48 
 
 
469 aa  257  4e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.48 
 
 
469 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.95 
 
 
456 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  35.73 
 
 
483 aa  255  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.52 
 
 
448 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.3 
 
 
440 aa  254  3e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.28 
 
 
438 aa  254  3e-66  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.89 
 
 
469 aa  253  4.0000000000000004e-66  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  31.7 
 
 
454 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.31 
 
 
448 aa  253  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  31.19 
 
 
471 aa  253  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.38 
 
 
441 aa  252  9.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.9 
 
 
448 aa  252  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.46 
 
 
473 aa  251  1e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  30.86 
 
 
439 aa  251  2e-65  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.71 
 
 
470 aa  251  3e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  34.07 
 
 
477 aa  250  4e-65  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.11 
 
 
444 aa  250  4e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.46 
 
 
446 aa  250  5e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.34 
 
 
472 aa  248  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.5 
 
 
430 aa  248  2e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
472 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
472 aa  247  3e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.13 
 
 
463 aa  247  4e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.94 
 
 
486 aa  246  4.9999999999999997e-64  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
476 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
476 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.99 
 
 
437 aa  246  4.9999999999999997e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.75 
 
 
440 aa  246  6.999999999999999e-64  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.13 
 
 
463 aa  246  6.999999999999999e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.34 
 
 
435 aa  246  8e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.39 
 
 
480 aa  246  8e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.93 
 
 
454 aa  246  8e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.04 
 
 
453 aa  246  9e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
472 aa  246  9e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.14 
 
 
472 aa  246  9e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.06 
 
 
524 aa  245  9.999999999999999e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.81 
 
 
471 aa  245  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  35.06 
 
 
452 aa  245  9.999999999999999e-64  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.93 
 
 
431 aa  246  9.999999999999999e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.69 
 
 
436 aa  245  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.18 
 
 
440 aa  245  9.999999999999999e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.96 
 
 
449 aa  245  1.9999999999999999e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  32.93 
 
 
455 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.96 
 
 
449 aa  244  3e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.61 
 
 
427 aa  244  3e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.94 
 
 
461 aa  244  3e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  30.31 
 
 
437 aa  244  3e-63  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  31.54 
 
 
479 aa  243  5e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.52 
 
 
493 aa  243  5e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>