More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ksed_18000 on replicon NC_013169
Organism: Kytococcus sedentarius DSM 20547



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  100 
 
 
526 aa  1045    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.84 
 
 
480 aa  589  1e-167  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.82 
 
 
486 aa  575  1.0000000000000001e-163  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.39 
 
 
484 aa  562  1.0000000000000001e-159  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  59.77 
 
 
483 aa  545  1e-154  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.16 
 
 
529 aa  546  1e-154  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.7 
 
 
473 aa  542  1e-153  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  56.45 
 
 
480 aa  539  9.999999999999999e-153  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  57.51 
 
 
480 aa  532  1e-150  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  56.86 
 
 
469 aa  528  1e-148  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.39 
 
 
479 aa  528  1e-148  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.83 
 
 
507 aa  508  1e-143  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.62 
 
 
507 aa  505  9.999999999999999e-143  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.03 
 
 
485 aa  501  1e-140  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54 
 
 
475 aa  491  1e-137  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.29 
 
 
469 aa  486  1e-136  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  51.62 
 
 
523 aa  483  1e-135  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  52.3 
 
 
595 aa  461  9.999999999999999e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.29 
 
 
475 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.51 
 
 
474 aa  457  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  35.16 
 
 
504 aa  300  6e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.46 
 
 
450 aa  278  2e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.09 
 
 
444 aa  275  1.0000000000000001e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  31.57 
 
 
442 aa  273  5.000000000000001e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.87 
 
 
436 aa  270  5e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35 
 
 
440 aa  265  2e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.63 
 
 
440 aa  264  3e-69  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.41 
 
 
444 aa  257  3e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.98 
 
 
486 aa  256  9e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.27 
 
 
441 aa  249  8e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.14 
 
 
450 aa  249  1e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.59 
 
 
440 aa  249  1e-64  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.95 
 
 
444 aa  248  2e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  31.56 
 
 
440 aa  248  2e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.35 
 
 
438 aa  248  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.61 
 
 
469 aa  246  4.9999999999999997e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.16 
 
 
453 aa  246  9e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  35.39 
 
 
432 aa  245  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.4 
 
 
487 aa  245  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.49 
 
 
472 aa  246  9.999999999999999e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.97 
 
 
453 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.97 
 
 
453 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.16 
 
 
453 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.16 
 
 
453 aa  243  6e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.79 
 
 
463 aa  241  2e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
463 aa  241  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.24 
 
 
471 aa  240  5.999999999999999e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  30.83 
 
 
462 aa  239  9e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.17 
 
 
463 aa  239  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  31.16 
 
 
440 aa  238  2e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  32.81 
 
 
450 aa  238  3e-61  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.36 
 
 
482 aa  237  5.0000000000000005e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  29.27 
 
 
454 aa  236  9e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1621  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.41 
 
 
455 aa  234  3e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0278587  hitchhiker  0.00000000647105 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.33 
 
 
452 aa  233  6e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.08 
 
 
471 aa  232  1e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.53 
 
 
471 aa  231  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  29.17 
 
 
454 aa  229  7e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.55 
 
 
456 aa  229  1e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  29.2 
 
 
471 aa  229  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0375  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.57 
 
 
485 aa  229  1e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2439  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.49 
 
 
461 aa  229  1e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.13 
 
 
441 aa  228  2e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  28.8 
 
 
454 aa  228  2e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.02 
 
 
463 aa  228  2e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.96 
 
 
469 aa  226  7e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.44 
 
 
452 aa  226  9e-58  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  31.32 
 
 
455 aa  224  2e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.14 
 
 
449 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.14 
 
 
449 aa  224  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10700  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  33.47 
 
 
446 aa  223  9e-57  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00016615  unclonable  0.00000000172933 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  31.76 
 
 
468 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.19 
 
 
440 aa  220  3.9999999999999997e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  28.17 
 
 
430 aa  219  1e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.96 
 
 
454 aa  218  2e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1975  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.65 
 
 
464 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00113002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  26.95 
 
 
440 aa  216  7e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  30.27 
 
 
431 aa  216  7e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.81 
 
 
453 aa  216  7e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.14 
 
 
525 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37 
 
 
442 aa  215  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3232  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  30.78 
 
 
462 aa  215  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.653415  normal  0.176593 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  28.98 
 
 
470 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.33 
 
 
461 aa  212  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.68 
 
 
436 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.04 
 
 
461 aa  210  6e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2429  (dimethylallyl)adenosine tRNA methylthiotransferase  29.6 
 
 
510 aa  209  8e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.130764 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.58 
 
 
468 aa  208  2e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  31.96 
 
 
446 aa  208  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.1 
 
 
430 aa  207  3e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.1 
 
 
430 aa  207  3e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  29.67 
 
 
444 aa  207  3e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  29.48 
 
 
524 aa  207  4e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.27 
 
 
453 aa  206  6e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.71 
 
 
447 aa  205  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1126  RNA modification enzyme, MiaB family  30.56 
 
 
498 aa  204  2e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.152037 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.3 
 
 
463 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.3 
 
 
463 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.3 
 
 
463 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.3 
 
 
463 aa  202  9e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>