More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_1926 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
444 aa  913    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  53.6 
 
 
446 aa  500  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.93 
 
 
442 aa  474  1e-132  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  52.04 
 
 
442 aa  467  9.999999999999999e-131  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.03 
 
 
447 aa  463  1e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.2 
 
 
448 aa  455  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.23 
 
 
448 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50.11 
 
 
440 aa  455  1e-127  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.43 
 
 
448 aa  455  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.66 
 
 
446 aa  454  1.0000000000000001e-126  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.75 
 
 
449 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  49.43 
 
 
445 aa  451  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.76 
 
 
436 aa  442  1e-123  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  49.43 
 
 
445 aa  442  1e-123  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.17 
 
 
450 aa  442  1e-123  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.43 
 
 
445 aa  441  9.999999999999999e-123  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.21 
 
 
453 aa  439  9.999999999999999e-123  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.53 
 
 
444 aa  431  1e-119  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.83 
 
 
440 aa  428  1e-118  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  46.7 
 
 
455 aa  423  1e-117  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.2 
 
 
450 aa  419  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  48.05 
 
 
483 aa  414  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.59 
 
 
469 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.59 
 
 
469 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.45 
 
 
470 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  45.8 
 
 
440 aa  395  1e-109  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  45.15 
 
 
432 aa  395  1e-109  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.15 
 
 
450 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.18 
 
 
444 aa  393  1e-108  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.57 
 
 
435 aa  389  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.73 
 
 
452 aa  390  1e-107  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.71 
 
 
436 aa  389  1e-107  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  42.24 
 
 
504 aa  389  1e-107  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  44.72 
 
 
472 aa  382  1e-105  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  44.49 
 
 
466 aa  385  1e-105  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.93 
 
 
486 aa  384  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.67 
 
 
441 aa  384  1e-105  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  45.58 
 
 
440 aa  384  1e-105  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  43.82 
 
 
458 aa  379  1e-104  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.35 
 
 
438 aa  379  1e-104  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  43.05 
 
 
439 aa  377  1e-103  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  43.89 
 
 
452 aa  373  1e-102  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.53 
 
 
437 aa  373  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  42.6 
 
 
454 aa  370  1e-101  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  42.92 
 
 
454 aa  369  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  42.99 
 
 
471 aa  368  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  43.05 
 
 
454 aa  372  1e-101  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.37 
 
 
471 aa  370  1e-101  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.91 
 
 
449 aa  365  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  42.66 
 
 
462 aa  368  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  42.12 
 
 
437 aa  368  1e-100  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.91 
 
 
449 aa  365  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.82 
 
 
436 aa  365  1e-99  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.02 
 
 
463 aa  362  8e-99  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.36 
 
 
487 aa  362  1e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  40.32 
 
 
435 aa  360  2e-98  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  41.67 
 
 
434 aa  357  1.9999999999999998e-97  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.18 
 
 
430 aa  353  5e-96  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.63 
 
 
440 aa  352  8.999999999999999e-96  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.59 
 
 
433 aa  352  1e-95  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  41.52 
 
 
450 aa  351  1e-95  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.91 
 
 
430 aa  350  3e-95  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.45 
 
 
440 aa  349  5e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.9 
 
 
437 aa  348  9e-95  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41 
 
 
440 aa  342  9e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  44.05 
 
 
440 aa  342  1e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.28 
 
 
435 aa  342  1e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.4 
 
 
444 aa  338  9.999999999999999e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.95 
 
 
433 aa  338  1.9999999999999998e-91  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41 
 
 
430 aa  335  7e-91  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.14 
 
 
430 aa  335  9e-91  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.23 
 
 
431 aa  335  1e-90  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  40.45 
 
 
440 aa  334  2e-90  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.9 
 
 
482 aa  334  2e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.68 
 
 
469 aa  333  4e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.17 
 
 
441 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.17 
 
 
441 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.17 
 
 
441 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.31 
 
 
442 aa  332  6e-90  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.17 
 
 
441 aa  332  6e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.74 
 
 
472 aa  332  7.000000000000001e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.52 
 
 
456 aa  330  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.76 
 
 
467 aa  330  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.95 
 
 
441 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  43.02 
 
 
441 aa  330  3e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.57 
 
 
441 aa  330  4e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  40.72 
 
 
438 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.09 
 
 
442 aa  328  9e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  42.76 
 
 
470 aa  328  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  41.87 
 
 
437 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.39 
 
 
454 aa  326  6e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2633  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.04 
 
 
441 aa  326  6e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359809  decreased coverage  0.0000423005 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  38.08 
 
 
479 aa  325  1e-87  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>