More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1284 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
482 aa  979    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  83.62 
 
 
472 aa  788    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  69.55 
 
 
456 aa  665    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.64 
 
 
469 aa  596  1e-169  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.21 
 
 
447 aa  345  7e-94  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.92 
 
 
449 aa  339  8e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.59 
 
 
453 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  40.37 
 
 
504 aa  337  2.9999999999999997e-91  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.83 
 
 
448 aa  336  5e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.4 
 
 
448 aa  336  5.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.26 
 
 
450 aa  336  7e-91  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.61 
 
 
448 aa  335  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.13 
 
 
445 aa  334  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  41.15 
 
 
455 aa  332  1e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.94 
 
 
446 aa  330  4e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  40.21 
 
 
466 aa  330  4e-89  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  42.46 
 
 
458 aa  330  4e-89  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  40.3 
 
 
440 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.02 
 
 
450 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  41.81 
 
 
472 aa  328  2.0000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.69 
 
 
444 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.05 
 
 
442 aa  326  6e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.31 
 
 
444 aa  325  1e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
436 aa  325  1e-87  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.09 
 
 
440 aa  323  4e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  43.13 
 
 
432 aa  323  4e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  39.66 
 
 
440 aa  323  6e-87  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.57 
 
 
446 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.92 
 
 
438 aa  320  3.9999999999999996e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  35.5 
 
 
454 aa  319  7e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  40.91 
 
 
452 aa  318  1e-85  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.7 
 
 
440 aa  316  5e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  35.23 
 
 
471 aa  315  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.25 
 
 
441 aa  314  1.9999999999999998e-84  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.49 
 
 
487 aa  315  1.9999999999999998e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  35.08 
 
 
454 aa  313  3.9999999999999997e-84  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.02 
 
 
442 aa  311  2e-83  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.19 
 
 
445 aa  309  6.999999999999999e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.18 
 
 
449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  34.98 
 
 
445 aa  308  2.0000000000000002e-82  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.36 
 
 
470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.18 
 
 
449 aa  307  3e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  35.77 
 
 
454 aa  307  3e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  303  5.000000000000001e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
486 aa  302  8.000000000000001e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.48 
 
 
430 aa  301  1e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  36.38 
 
 
462 aa  301  1e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.41 
 
 
430 aa  301  2e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 
441 aa  299  7e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.51 
 
 
469 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.13 
 
 
467 aa  298  1e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.6 
 
 
469 aa  299  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.54 
 
 
450 aa  298  2e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  40.69 
 
 
483 aa  298  2e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.84 
 
 
437 aa  297  3e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.86 
 
 
442 aa  296  6e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.27 
 
 
471 aa  296  7e-79  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.29 
 
 
441 aa  295  8e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
435 aa  295  1e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.38 
 
 
430 aa  295  2e-78  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.68 
 
 
441 aa  293  6e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  36.4 
 
 
439 aa  292  9e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37 
 
 
472 aa  292  1e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.79 
 
 
472 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.54 
 
 
473 aa  291  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.79 
 
 
472 aa  290  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.58 
 
 
470 aa  290  3e-77  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.83 
 
 
443 aa  290  4e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  38.38 
 
 
446 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.58 
 
 
472 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.58 
 
 
472 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.02 
 
 
467 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.26 
 
 
441 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.89 
 
 
481 aa  286  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2633  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.5 
 
 
441 aa  286  7e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.359809  decreased coverage  0.0000423005 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.79 
 
 
437 aa  285  9e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.81 
 
 
440 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.1 
 
 
436 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.89 
 
 
476 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.89 
 
 
476 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.91 
 
 
493 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.89 
 
 
480 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.84 
 
 
441 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.57 
 
 
456 aa  282  8.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.13 
 
 
445 aa  282  9e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  36.65 
 
 
479 aa  280  4e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2620  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.67 
 
 
441 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.364941  normal  0.313039 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  37.71 
 
 
453 aa  279  7e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37 
 
 
440 aa  279  7e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>