More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_0653 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  71.56 
 
 
437 aa  681    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  74.54 
 
 
436 aa  694    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  100 
 
 
437 aa  907    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.28 
 
 
444 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  60.32 
 
 
435 aa  578  1e-164  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.6 
 
 
433 aa  579  1e-164  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60 
 
 
437 aa  572  1.0000000000000001e-162  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.94 
 
 
435 aa  547  1e-154  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  50.23 
 
 
434 aa  466  9.999999999999999e-131  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  48.27 
 
 
440 aa  437  1e-121  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  50 
 
 
442 aa  429  1e-119  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.71 
 
 
431 aa  431  1e-119  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.26 
 
 
433 aa  422  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  46.59 
 
 
438 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.89 
 
 
429 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.6 
 
 
432 aa  417  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.05 
 
 
440 aa  371  1e-101  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.12 
 
 
444 aa  363  4e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  42.67 
 
 
483 aa  359  6e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.15 
 
 
440 aa  357  1.9999999999999998e-97  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.8 
 
 
453 aa  356  3.9999999999999996e-97  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.11 
 
 
436 aa  356  5e-97  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.99 
 
 
469 aa  355  6.999999999999999e-97  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.9 
 
 
446 aa  355  7.999999999999999e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.99 
 
 
469 aa  355  1e-96  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.36 
 
 
446 aa  353  4e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.08 
 
 
470 aa  350  4e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  42.37 
 
 
442 aa  349  6e-95  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.74 
 
 
450 aa  348  1e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.19 
 
 
447 aa  342  5.999999999999999e-93  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.86 
 
 
442 aa  341  1e-92  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.6 
 
 
448 aa  338  9.999999999999999e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  38.55 
 
 
445 aa  334  2e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
448 aa  332  6e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.14 
 
 
463 aa  332  7.000000000000001e-90  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
449 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.56 
 
 
448 aa  329  6e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  40.13 
 
 
445 aa  327  2.0000000000000001e-88  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.13 
 
 
445 aa  327  3e-88  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.42 
 
 
430 aa  326  4.0000000000000003e-88  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.07 
 
 
452 aa  323  3e-87  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
430 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.86 
 
 
430 aa  321  9.999999999999999e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  36.59 
 
 
455 aa  319  6e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.1 
 
 
486 aa  318  2e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.67 
 
 
435 aa  317  3e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.57 
 
 
446 aa  317  4e-85  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.46 
 
 
444 aa  315  9.999999999999999e-85  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  36.61 
 
 
440 aa  314  1.9999999999999998e-84  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  37.22 
 
 
454 aa  313  2.9999999999999996e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.68 
 
 
427 aa  312  7.999999999999999e-84  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.5 
 
 
439 aa  312  7.999999999999999e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.95 
 
 
438 aa  312  7.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.23 
 
 
471 aa  311  1e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.34 
 
 
450 aa  311  2e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
431 aa  310  4e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  36.26 
 
 
454 aa  309  5.9999999999999995e-83  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  40.04 
 
 
442 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.65 
 
 
457 aa  305  9.000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.55 
 
 
450 aa  305  9.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  38.31 
 
 
458 aa  305  1.0000000000000001e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  37.22 
 
 
432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  35.6 
 
 
454 aa  304  2.0000000000000002e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.96 
 
 
453 aa  303  3.0000000000000004e-81  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  35.38 
 
 
471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.77 
 
 
440 aa  303  3.0000000000000004e-81  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  38.11 
 
 
448 aa  302  6.000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  37.64 
 
 
466 aa  302  8.000000000000001e-81  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  37.17 
 
 
472 aa  300  2e-80  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
525 aa  299  7e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.16 
 
 
448 aa  299  7e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.65 
 
 
458 aa  298  9e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.9 
 
 
531 aa  298  2e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.7 
 
 
441 aa  297  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.02 
 
 
441 aa  297  3e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.91 
 
 
440 aa  296  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.95 
 
 
430 aa  296  5e-79  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  35.57 
 
 
440 aa  295  8e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  38.53 
 
 
453 aa  295  1e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.33 
 
 
441 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.5 
 
 
436 aa  294  2e-78  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.72 
 
 
461 aa  294  2e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.88 
 
 
453 aa  294  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.21 
 
 
461 aa  295  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  35.96 
 
 
462 aa  294  2e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.66 
 
 
453 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  37.92 
 
 
446 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.72 
 
 
460 aa  293  3e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.66 
 
 
453 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2950  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.2 
 
 
441 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.29 
 
 
441 aa  293  4e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>