More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fjoh_4942 on replicon NC_009441
Organism: Flavobacterium johnsoniae UW101



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
437 aa  906    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  78.26 
 
 
435 aa  738    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  79.86 
 
 
433 aa  747    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.35 
 
 
444 aa  606  9.999999999999999e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.22 
 
 
437 aa  603  1.0000000000000001e-171  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.06 
 
 
436 aa  597  1e-169  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  60 
 
 
437 aa  583  1.0000000000000001e-165  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.76 
 
 
435 aa  573  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  50.58 
 
 
434 aa  456  1e-127  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  48.84 
 
 
440 aa  434  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.18 
 
 
433 aa  429  1e-119  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.67 
 
 
431 aa  418  1e-116  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.95 
 
 
432 aa  418  1e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.65 
 
 
429 aa  419  1e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  45.58 
 
 
438 aa  403  1e-111  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.19 
 
 
442 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.91 
 
 
440 aa  395  1e-109  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.79 
 
 
446 aa  375  1e-103  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.29 
 
 
449 aa  370  1e-101  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.65 
 
 
450 aa  370  1e-101  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.33 
 
 
453 aa  370  1e-101  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.73 
 
 
446 aa  363  3e-99  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.47 
 
 
440 aa  360  3e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.92 
 
 
436 aa  359  5e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.12 
 
 
444 aa  357  1.9999999999999998e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.82 
 
 
442 aa  356  5e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.45 
 
 
447 aa  355  1e-96  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.21 
 
 
470 aa  353  2.9999999999999997e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.22 
 
 
445 aa  352  8e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.9 
 
 
448 aa  352  1e-95  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  40.63 
 
 
445 aa  351  1e-95  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.41 
 
 
445 aa  350  4e-95  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.12 
 
 
448 aa  349  5e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  41.96 
 
 
483 aa  349  6e-95  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.16 
 
 
448 aa  349  6e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.4 
 
 
463 aa  346  4e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.53 
 
 
444 aa  346  4e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.5 
 
 
469 aa  346  4e-94  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.5 
 
 
469 aa  345  7e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.82 
 
 
442 aa  345  8e-94  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.29 
 
 
430 aa  343  4e-93  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.73 
 
 
450 aa  336  3.9999999999999995e-91  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  39.09 
 
 
504 aa  333  4e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  38.67 
 
 
455 aa  329  6e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
486 aa  328  1.0000000000000001e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.55 
 
 
452 aa  325  7e-88  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.76 
 
 
430 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.67 
 
 
430 aa  322  9.999999999999999e-87  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  37.64 
 
 
440 aa  315  9.999999999999999e-85  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.62 
 
 
435 aa  315  9.999999999999999e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  36.9 
 
 
439 aa  313  2.9999999999999996e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  39.65 
 
 
450 aa  313  3.9999999999999997e-84  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.84 
 
 
471 aa  313  4.999999999999999e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.45 
 
 
430 aa  311  1e-83  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.63 
 
 
431 aa  309  5e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41 
 
 
436 aa  309  5.9999999999999995e-83  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
443 aa  308  9e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  38.63 
 
 
471 aa  308  1.0000000000000001e-82  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  38.5 
 
 
432 aa  307  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.6 
 
 
443 aa  307  3e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  38.44 
 
 
453 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
470 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.82 
 
 
443 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38 
 
 
453 aa  306  7e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.05 
 
 
467 aa  304  3.0000000000000004e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  37.14 
 
 
454 aa  303  3.0000000000000004e-81  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.69 
 
 
441 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  37.44 
 
 
454 aa  303  5.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  37.36 
 
 
454 aa  302  8.000000000000001e-81  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.64 
 
 
440 aa  302  1e-80  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.26 
 
 
450 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.74 
 
 
470 aa  301  2e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0770  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.67 
 
 
457 aa  301  2e-80  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.579434 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.32 
 
 
427 aa  301  2e-80  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.61 
 
 
440 aa  301  2e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.86 
 
 
441 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.86 
 
 
441 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.86 
 
 
441 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.86 
 
 
441 aa  300  3e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.29 
 
 
487 aa  300  3e-80  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  38.26 
 
 
466 aa  299  8e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.48 
 
 
437 aa  298  1e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.74 
 
 
441 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.04 
 
 
453 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.67 
 
 
458 aa  297  2e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.64 
 
 
441 aa  296  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.16 
 
 
438 aa  296  4e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.43 
 
 
440 aa  296  4e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.01 
 
 
463 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.3 
 
 
445 aa  296  5e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.01 
 
 
463 aa  296  5e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.6 
 
 
453 aa  296  6e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>