More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0963 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
442 aa  904    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.73 
 
 
433 aa  634  1e-180  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.55 
 
 
429 aa  561  1e-158  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.66 
 
 
431 aa  559  1e-158  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  60.92 
 
 
440 aa  535  1e-151  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.4 
 
 
432 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  61.5 
 
 
438 aa  529  1e-149  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  51.99 
 
 
444 aa  443  1e-123  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  50 
 
 
437 aa  429  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  48.96 
 
 
434 aa  421  1e-116  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.3 
 
 
433 aa  421  1e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  47.2 
 
 
435 aa  416  9.999999999999999e-116  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.96 
 
 
437 aa  408  1e-113  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.61 
 
 
436 aa  409  1e-113  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.19 
 
 
437 aa  395  1e-109  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.24 
 
 
435 aa  393  1e-108  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.38 
 
 
442 aa  357  2.9999999999999997e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.02 
 
 
436 aa  352  1e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.42 
 
 
440 aa  343  4e-93  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.95 
 
 
444 aa  340  4e-92  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.73 
 
 
450 aa  338  9e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  42.63 
 
 
445 aa  332  6e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  41.26 
 
 
455 aa  330  3e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.63 
 
 
447 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  42.01 
 
 
483 aa  329  5.0000000000000004e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.54 
 
 
448 aa  329  5.0000000000000004e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.65 
 
 
430 aa  329  6e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  40.05 
 
 
442 aa  328  8e-89  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.18 
 
 
448 aa  328  1.0000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.59 
 
 
446 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.22 
 
 
453 aa  327  2.0000000000000001e-88  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.82 
 
 
469 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.24 
 
 
470 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.82 
 
 
469 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.86 
 
 
448 aa  323  3e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.54 
 
 
449 aa  323  5e-87  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.15 
 
 
446 aa  321  9.999999999999999e-87  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.31 
 
 
444 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.5 
 
 
440 aa  317  2e-85  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.91 
 
 
463 aa  315  8e-85  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.78 
 
 
486 aa  313  3.9999999999999997e-84  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  38.55 
 
 
445 aa  310  4e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.55 
 
 
445 aa  308  8e-83  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  38.67 
 
 
439 aa  303  3.0000000000000004e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.69 
 
 
430 aa  303  4.0000000000000003e-81  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.98 
 
 
430 aa  300  5e-80  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.38 
 
 
452 aa  299  5e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.22 
 
 
440 aa  298  1e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.16 
 
 
436 aa  295  8e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.28 
 
 
427 aa  294  2e-78  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.51 
 
 
450 aa  289  5.0000000000000004e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.9 
 
 
435 aa  289  6e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.85 
 
 
401 aa  287  2e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
440 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.39 
 
 
440 aa  287  2.9999999999999996e-76  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.78 
 
 
525 aa  286  4e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  39.46 
 
 
453 aa  286  4e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  39.77 
 
 
448 aa  286  5e-76  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.02 
 
 
531 aa  285  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.43 
 
 
431 aa  284  2.0000000000000002e-75  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.27 
 
 
437 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.76 
 
 
504 aa  281  1e-74  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.59 
 
 
453 aa  281  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  35.43 
 
 
440 aa  280  2e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.64 
 
 
441 aa  280  3e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.64 
 
 
444 aa  280  4e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.8 
 
 
470 aa  280  5e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.09 
 
 
524 aa  279  9e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.91 
 
 
439 aa  278  1e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.72 
 
 
430 aa  278  1e-73  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  36.3 
 
 
452 aa  277  2e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.64 
 
 
435 aa  275  9e-73  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1639  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.64 
 
 
448 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.981602 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  34.63 
 
 
462 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  34.55 
 
 
454 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  34.8 
 
 
454 aa  275  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.43 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.05 
 
 
473 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5119  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.84 
 
 
437 aa  273  5.000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.492181  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.04 
 
 
450 aa  273  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  35.89 
 
 
458 aa  272  7e-72  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  37.36 
 
 
432 aa  272  8.000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  34.35 
 
 
454 aa  272  8.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.86 
 
 
441 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.86 
 
 
441 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  35.52 
 
 
466 aa  271  1e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.86 
 
 
441 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.86 
 
 
441 aa  272  1e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1662  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.02 
 
 
427 aa  271  2e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00220183  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.27 
 
 
448 aa  271  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3226  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.61 
 
 
441 aa  271  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.262488  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  35.29 
 
 
472 aa  271  2e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.86 
 
 
441 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  35.79 
 
 
440 aa  270  5e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4140  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.78 
 
 
441 aa  269  7e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.124095 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  34.79 
 
 
471 aa  268  1e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.04 
 
 
448 aa  269  1e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.61 
 
 
467 aa  268  1e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.81 
 
 
448 aa  268  1e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0803729 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.5 
 
 
441 aa  267  2e-70  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>