More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0713 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  100 
 
 
438 aa  896    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  69.16 
 
 
431 aa  629  1e-179  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  66.12 
 
 
429 aa  592  1e-168  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.29 
 
 
432 aa  593  1e-168  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  64.81 
 
 
440 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.5 
 
 
442 aa  536  1e-151  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.55 
 
 
433 aa  516  1.0000000000000001e-145  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  46.59 
 
 
437 aa  422  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.65 
 
 
444 aa  422  1e-117  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  46.46 
 
 
433 aa  406  1.0000000000000001e-112  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  44.37 
 
 
435 aa  402  1e-111  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.69 
 
 
437 aa  403  1e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.81 
 
 
437 aa  399  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  45.75 
 
 
436 aa  397  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.81 
 
 
435 aa  374  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  42.96 
 
 
434 aa  364  2e-99  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.51 
 
 
448 aa  345  7e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.06 
 
 
450 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  42.86 
 
 
445 aa  338  9e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.37 
 
 
447 aa  337  2.9999999999999997e-91  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.22 
 
 
442 aa  334  1e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.91 
 
 
448 aa  333  4e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.46 
 
 
448 aa  329  6e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.11 
 
 
436 aa  328  2.0000000000000001e-88  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.51 
 
 
449 aa  326  6e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.04 
 
 
440 aa  325  8.000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  41.86 
 
 
455 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  41 
 
 
483 aa  322  9.000000000000001e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.64 
 
 
469 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.63 
 
 
469 aa  322  9.999999999999999e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.42 
 
 
463 aa  320  3e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.13 
 
 
442 aa  317  4e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.72 
 
 
444 aa  316  6e-85  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.99 
 
 
440 aa  312  6.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.19 
 
 
430 aa  312  7.999999999999999e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.57 
 
 
446 aa  311  2e-83  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.29 
 
 
470 aa  308  2.0000000000000002e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.76 
 
 
446 aa  301  2e-80  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.25 
 
 
444 aa  296  6e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.99 
 
 
440 aa  295  1e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
486 aa  295  2e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  36.18 
 
 
445 aa  294  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.96 
 
 
445 aa  292  8e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.76 
 
 
401 aa  291  1e-77  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.04 
 
 
450 aa  291  2e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  34.02 
 
 
504 aa  290  3e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.4 
 
 
436 aa  289  6e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  38.93 
 
 
448 aa  289  6e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.1 
 
 
439 aa  287  2.9999999999999996e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.96 
 
 
439 aa  286  4e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.03 
 
 
430 aa  286  7e-76  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.16 
 
 
453 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.65 
 
 
435 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.67 
 
 
437 aa  283  5.000000000000001e-75  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.47 
 
 
440 aa  282  1e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.37 
 
 
441 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.37 
 
 
441 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.37 
 
 
441 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.37 
 
 
441 aa  279  8e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  36 
 
 
466 aa  278  1e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.87 
 
 
440 aa  277  2e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.86 
 
 
443 aa  277  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.78 
 
 
441 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.13 
 
 
437 aa  277  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.8 
 
 
427 aa  276  6e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.15 
 
 
441 aa  276  8e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.43 
 
 
442 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.23 
 
 
452 aa  274  2.0000000000000002e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.11 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.27 
 
 
453 aa  272  8.000000000000001e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.24 
 
 
431 aa  272  8.000000000000001e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  34.73 
 
 
472 aa  272  8.000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.67 
 
 
472 aa  271  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.03 
 
 
435 aa  271  2e-71  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  38.06 
 
 
443 aa  271  2e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  34.98 
 
 
458 aa  271  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  35.36 
 
 
453 aa  271  2e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1015  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.36 
 
 
458 aa  270  5e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158544  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.3 
 
 
438 aa  270  5e-71  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.65 
 
 
430 aa  270  5e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.9 
 
 
476 aa  270  5e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.9 
 
 
476 aa  270  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.9 
 
 
480 aa  269  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  34.09 
 
 
462 aa  269  7e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.71 
 
 
525 aa  269  8e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.16 
 
 
458 aa  269  8e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.24 
 
 
440 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.36 
 
 
442 aa  268  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.67 
 
 
472 aa  268  1e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1803  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.37 
 
 
524 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.6995  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.45 
 
 
472 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  36.75 
 
 
450 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>