More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1764 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  71.3 
 
 		 437 aa  635    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1636  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.35 
 
 		 453 aa  637    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.413832 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  100 
 
 		 443 aa  897    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.95 
 
 		 437 aa  639    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  647    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  71.17 
 
 		 448 aa  648    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70 
 
 		 441 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.44 
 
 		 467 aa  639    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70 
 
 		 441 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70 
 
 		 441 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.13 
 
 		 453 aa  634    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70 
 
 		 441 aa  644    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.74 
 
 		 442 aa  639    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.44 
 
 		 443 aa  657    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  72.81 
 
 		 441 aa  666    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  72.43 
 
 		 446 aa  641    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.55 
 
 		 441 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.23 
 
 		 473 aa  645    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  70.68 
 
 		 441 aa  646    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2732  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  71.11 
 
 		 455 aa  643    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.106546  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.9 
 
 		 453 aa  631  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1361  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.92 
 
 		 456 aa  633  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1352  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.69 
 
 		 452 aa  628  1e-179  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  68.72 
 
 		 453 aa  630  1e-179  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1913  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.41 
 
 		 454 aa  628  1e-179  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.823404  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.3 
 
 		 467 aa  629  1e-179  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6297  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.71 
 
 		 453 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1782  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.71 
 
 		 453 aa  628  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.339702  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0973  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.03 
 
 		 463 aa  628  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.614031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  67.82 
 
 		 440 aa  626  1e-178  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5082  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.48 
 
 		 453 aa  625  1e-178  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1488  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.41 
 
 		 468 aa  626  1e-178  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.517417  normal  0.112156 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.93 
 
 		 453 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.580296 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.71 
 
 		 453 aa  627  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  69.7 
 
 		 485 aa  624  1e-178  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.98 
 
 		 470 aa  624  1e-177  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.89 
 
 		 463 aa  622  1e-177  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.26 
 
 		 453 aa  624  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2162  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.45 
 
 		 463 aa  619  1e-176  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.692729  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2327  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.314823  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.11 
 
 		 440 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01247  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  71.13 
 
 		 460 aa  619  1e-176  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4016  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.65 
 
 		 443 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.588155  hitchhiker  0.00937866 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52420  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.12 
 
 		 440 aa  618  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2199  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  618  1e-176  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.148907  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.19 
 
 		 443 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1318  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0862922  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37650  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.58 
 
 		 440 aa  615  1e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4219  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.19 
 
 		 443 aa  616  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.862711 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1848  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.11 
 
 		 461 aa  617  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0225494  normal  0.052969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2337  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.11 
 
 		 461 aa  616  1e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.947185  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.143313  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0089  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1078  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.23 
 
 		 463 aa  615  1e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.678525  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.19 
 
 		 470 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2865  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  69.44 
 
 		 453 aa  612  9.999999999999999e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1713  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  68.58 
 
 		 440 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00416624  normal  0.0683771 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4019  conserved hypothetical protein TIGR01125  66.97 
 
 		 443 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  67.51 
 
 		 445 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3331  hypothetical protein  67.91 
 
 		 479 aa  606  9.999999999999999e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1392  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  66.22 
 
 		 447 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4072  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.64 
 
 		 481 aa  591  1e-168  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.12 
 
 		 472 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.18 
 
 		 443 aa  594  1e-168  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.14 
 
 		 476 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.14 
 
 		 476 aa  593  1e-168  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.41 
 
 		 480 aa  594  1e-168  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0485  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.91 
 
 		 493 aa  594  1e-168  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.926409 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.35 
 
 		 472 aa  593  1e-168  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.89 
 
 		 472 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.89 
 
 		 472 aa  589  1e-167  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.89 
 
 		 472 aa  590  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.24 
 
 		 446 aa  585  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0728871  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.27 
 
 		 435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1787  putative tRNA modifying protein  63.96 
 
 		 454 aa  578  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.738768  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  64.17 
 
 		 439 aa  578  1e-164  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2494  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.5 
 
 		 463 aa  578  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.212042  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0127  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  65.07 
 
 		 442 aa  581  1e-164  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0233399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3147  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.72 
 
 		 463 aa  580  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.317672  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.38 
 
 		 463 aa  579  1e-164  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2867  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.9 
 
 		 471 aa  574  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0721568  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0926  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.39 
 
 		 452 aa  571  1.0000000000000001e-162  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4277  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.53 
 
 		 448 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.696931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3910  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.53 
 
 		 448 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0803729 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4382  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.76 
 
 		 448 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.256577  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.32 
 
 		 471 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.74 
 
 		 468 aa  573  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2382  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.51 
 
 		 453 aa  568  1e-161  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00199073  normal  0.128025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2811  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  63.4 
 
 		 441 aa  569  1e-161  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1975  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.12 
 
 		 464 aa  569  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00113002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  61.47 
 
 		 469 aa  569  1e-161  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2055  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  62.9 
 
 		 466 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235641 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.74 
 
 		 443 aa  568  1e-161  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>