More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_0146 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
438 aa  886    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0234  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  59.03 
 
 
430 aa  495  1e-139  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00117133  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0506  hypothetical protein  56.78 
 
 
430 aa  488  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  55.94 
 
 
441 aa  485  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.97 
 
 
442 aa  470  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1701  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  54.57 
 
 
461 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.76 
 
 
448 aa  330  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.91 
 
 
448 aa  331  2e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  37.19 
 
 
445 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.19 
 
 
445 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.57 
 
 
449 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.9 
 
 
469 aa  326  6e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.23 
 
 
448 aa  325  1e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  44.67 
 
 
469 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  44.9 
 
 
483 aa  324  2e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.23 
 
 
447 aa  323  4e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.99 
 
 
445 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.27 
 
 
436 aa  318  9e-86  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.22 
 
 
450 aa  314  2.9999999999999996e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.32 
 
 
440 aa  310  2.9999999999999997e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.64 
 
 
470 aa  310  5e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.57 
 
 
444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.46 
 
 
436 aa  306  4.0000000000000004e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.29 
 
 
446 aa  302  7.000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  40.32 
 
 
455 aa  302  9e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.83 
 
 
486 aa  302  9e-81  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.98 
 
 
430 aa  301  1e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.36 
 
 
453 aa  301  2e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  39.31 
 
 
439 aa  301  2e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.53 
 
 
444 aa  300  4e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.43 
 
 
430 aa  297  2e-79  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.85 
 
 
438 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  37.05 
 
 
471 aa  295  8e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  37.05 
 
 
454 aa  295  9e-79  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  37.87 
 
 
442 aa  293  3e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.53 
 
 
444 aa  293  5e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  38.84 
 
 
435 aa  293  5e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  37.27 
 
 
454 aa  292  8e-78  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  39.33 
 
 
466 aa  292  1e-77  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  41.34 
 
 
452 aa  291  1e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.96 
 
 
430 aa  291  2e-77  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  37.05 
 
 
454 aa  290  3e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.5 
 
 
446 aa  290  3e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.85 
 
 
450 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 
441 aa  289  8e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.02 
 
 
442 aa  288  9e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  40.77 
 
 
472 aa  288  1e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  38.85 
 
 
440 aa  288  2e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  40.69 
 
 
458 aa  288  2e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  39.19 
 
 
432 aa  287  2e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.15 
 
 
487 aa  287  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.5 
 
 
433 aa  286  7e-76  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  38.33 
 
 
462 aa  285  1.0000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.16 
 
 
437 aa  283  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.21 
 
 
450 aa  283  4.0000000000000003e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  39.03 
 
 
440 aa  280  4e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.14 
 
 
430 aa  280  5e-74  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  38.44 
 
 
450 aa  278  1e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.72 
 
 
437 aa  278  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.64 
 
 
436 aa  276  5e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.75 
 
 
440 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  36.87 
 
 
437 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.1 
 
 
463 aa  274  2.0000000000000002e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.82 
 
 
449 aa  272  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.82 
 
 
449 aa  272  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  40.46 
 
 
440 aa  271  1e-71  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.27 
 
 
444 aa  271  2e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.09 
 
 
440 aa  268  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.92 
 
 
440 aa  268  1e-70  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.7 
 
 
401 aa  266  4e-70  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  37.85 
 
 
477 aa  265  8.999999999999999e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.62 
 
 
468 aa  265  1e-69  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  38.07 
 
 
438 aa  265  2e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.31 
 
 
469 aa  264  2e-69  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  38.58 
 
 
434 aa  263  3e-69  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.16 
 
 
431 aa  263  4e-69  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.15 
 
 
431 aa  263  4e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.21 
 
 
433 aa  261  2e-68  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.36 
 
 
440 aa  256  4e-67  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.93 
 
 
435 aa  256  5e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.57 
 
 
442 aa  256  6e-67  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.37 
 
 
472 aa  254  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1737  hypothetical protein  32.71 
 
 
439 aa  254  3e-66  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.3 
 
 
435 aa  253  4.0000000000000004e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10700  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  37.03 
 
 
446 aa  253  7e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00016615  unclonable  0.00000000172933 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.76 
 
 
476 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.76 
 
 
476 aa  251  1e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.76 
 
 
480 aa  251  1e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.38 
 
 
472 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.81 
 
 
467 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.38 
 
 
472 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.38 
 
 
472 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.38 
 
 
472 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
471 aa  250  3e-65  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.27 
 
 
470 aa  249  5e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.33 
 
 
432 aa  249  6e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1662  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.54 
 
 
427 aa  249  7e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00220183  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.5 
 
 
469 aa  249  7e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.16 
 
 
472 aa  249  7e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1015  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.75 
 
 
458 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.158544  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>