More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0783 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 
468 aa  953    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  44.52 
 
 
477 aa  378  1e-103  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10700  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  44.7 
 
 
446 aa  372  1e-102  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.00016615  unclonable  0.00000000172933 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1621  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.32 
 
 
455 aa  338  1.9999999999999998e-91  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0278587  hitchhiker  0.00000000647105 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.31 
 
 
447 aa  327  3e-88  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.78 
 
 
449 aa  327  4.0000000000000003e-88  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.13 
 
 
445 aa  324  2e-87  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
436 aa  315  9.999999999999999e-85  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.11 
 
 
448 aa  313  5.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.6 
 
 
450 aa  313  5.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  39.46 
 
 
442 aa  310  4e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.2 
 
 
448 aa  309  9e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.81 
 
 
446 aa  308  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.78 
 
 
448 aa  303  5.000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  37.17 
 
 
483 aa  302  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.71 
 
 
440 aa  302  9e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.95 
 
 
469 aa  301  1e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.45 
 
 
486 aa  301  2e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  37.25 
 
 
440 aa  300  3e-80  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.92 
 
 
469 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.58 
 
 
453 aa  300  4e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  36.38 
 
 
439 aa  299  6e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.33 
 
 
444 aa  298  2e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.16 
 
 
438 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.14 
 
 
440 aa  297  3e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.72 
 
 
442 aa  296  4e-79  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.22 
 
 
442 aa  295  1e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.92 
 
 
441 aa  289  6e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.38 
 
 
470 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.58 
 
 
444 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  35.44 
 
 
440 aa  286  7e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  36.2 
 
 
466 aa  283  7.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  35.96 
 
 
452 aa  281  1e-74  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.44 
 
 
487 aa  281  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  36.56 
 
 
455 aa  281  2e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  36.12 
 
 
458 aa  281  2e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.67 
 
 
445 aa  280  4e-74  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  35.67 
 
 
445 aa  280  5e-74  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.35 
 
 
450 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  36.18 
 
 
472 aa  279  7e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  35.04 
 
 
432 aa  278  2e-73  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.73 
 
 
449 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.18 
 
 
440 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.25 
 
 
430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.73 
 
 
449 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.57 
 
 
463 aa  271  1e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 
444 aa  271  1e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0234  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.43 
 
 
430 aa  271  1e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00117133  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.31 
 
 
430 aa  271  2e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.75 
 
 
446 aa  269  7e-71  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.65 
 
 
430 aa  269  7e-71  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.52 
 
 
440 aa  266  5e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  32.53 
 
 
454 aa  265  8.999999999999999e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.71 
 
 
435 aa  264  2e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.62 
 
 
438 aa  265  2e-69  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1444  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.51 
 
 
443 aa  263  4e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  32.82 
 
 
454 aa  262  1e-68  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  32.2 
 
 
454 aa  262  1e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  33.77 
 
 
462 aa  261  2e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.84 
 
 
471 aa  260  5.0000000000000005e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.25 
 
 
427 aa  259  6e-68  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  32.17 
 
 
471 aa  258  1e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.25 
 
 
436 aa  258  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4495  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.77 
 
 
469 aa  257  4e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000507978  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  33.92 
 
 
440 aa  256  9e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  36.18 
 
 
450 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  35.28 
 
 
438 aa  254  3e-66  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  31.65 
 
 
504 aa  254  3e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.76 
 
 
450 aa  254  3e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.12 
 
 
480 aa  254  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.5 
 
 
433 aa  253  6e-66  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  32.92 
 
 
480 aa  251  2e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.72 
 
 
452 aa  251  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2402  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.63 
 
 
467 aa  251  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.87 
 
 
432 aa  251  2e-65  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.4 
 
 
472 aa  249  9e-65  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
437 aa  248  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1701  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.19 
 
 
461 aa  248  1e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.83 
 
 
444 aa  248  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  33.33 
 
 
523 aa  248  2e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  32.77 
 
 
435 aa  247  3e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1673  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.68 
 
 
442 aa  247  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.548183  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.01 
 
 
431 aa  246  8e-64  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01861  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.84 
 
 
485 aa  245  9.999999999999999e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.322164  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2303  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.68 
 
 
467 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.941264  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.74 
 
 
485 aa  244  1.9999999999999999e-63  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1764  hypothetical protein  34.05 
 
 
443 aa  244  3e-63  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.341507  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1003  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.91 
 
 
441 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.902435  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0920  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.91 
 
 
441 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0894  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.91 
 
 
441 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.917524  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0953  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.91 
 
 
441 aa  244  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.433184  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.58 
 
 
431 aa  243  5e-63  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  5e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.14 
 
 
441 aa  243  7e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>