More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1757 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  100 
 
 		 431 aa  888    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  74.94 
 
 		 429 aa  682    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  70.23 
 
 		 440 aa  636    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1760  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.7 
 
 		 432 aa  645    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  69.16 
 
 		 438 aa  617  1e-175  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0963  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.66 
 
 		 442 aa  559  1e-158  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1513  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.47 
 
 		 433 aa  552  1e-156  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.627818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.13 
 
 		 444 aa  428  1e-119  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  48.71 
 
 		 437 aa  431  1e-119  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  49.19 
 
 		 437 aa  425  1e-118  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.26 
 
 		 436 aa  418  1e-116  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.67 
 
 		 437 aa  411  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  46.03 
 
 		 435 aa  411  1e-113  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  48.01 
 
 		 435 aa  404  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  47.39 
 
 		 433 aa  402  1e-111  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  44.95 
 
 		 434 aa  390  1e-107  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  41.55 
 
 		 442 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.03 
 
 		 436 aa  339  5.9999999999999996e-92  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.05 
 
 		 440 aa  335  1e-90  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.44 
 
 		 430 aa  332  6e-90  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.53 
 
 		 448 aa  331  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.68 
 
 		 442 aa  326  4.0000000000000003e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.4 
 
 		 450 aa  325  9e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.68 
 
 		 440 aa  324  2e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40 
 
 		 444 aa  322  7e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.67 
 
 		 448 aa  321  9.999999999999999e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.74 
 
 		 446 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  39.95 
 
 		 455 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.63 
 
 		 447 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.18 
 
 		 448 aa  319  7e-86  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.62 
 
 		 449 aa  318  1e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.72 
 
 		 445 aa  318  1e-85  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.65 
 
 		 436 aa  315  9.999999999999999e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.87 
 
 		 446 aa  311  1e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.72 
 
 		 444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.36 
 
 		 440 aa  307  3e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.84 
 
 		 470 aa  306  4.0000000000000004e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  37.17 
 
 		 504 aa  306  6e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.97 
 
 		 427 aa  304  3.0000000000000004e-81  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  37.33 
 
 		 439 aa  301  1e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.05 
 
 		 469 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.05 
 
 		 469 aa  301  2e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  37.05 
 
 		 483 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.05 
 
 		 453 aa  297  2e-79  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.64 
 
 		 450 aa  296  5e-79  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  39.73 
 
 		 448 aa  295  1e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.67 
 
 		 401 aa  295  1e-78  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  37.61 
 
 		 445 aa  294  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.39 
 
 		 445 aa  292  7e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.5 
 
 		 486 aa  292  8e-78  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0740  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  39.07 
 
 		 439 aa  291  2e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.57 
 
 		 430 aa  289  8e-77  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  35.12 
 
 		 466 aa  287  2e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.02 
 
 		 435 aa  288  2e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0721  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.55 
 
 		 435 aa  287  2.9999999999999996e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.8 
 
 		 463 aa  285  1.0000000000000001e-75  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1314  hypothetical protein  37.17 
 
 		 453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000395672  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1596  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.32 
 
 		 441 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.00000000318709  unclonable  0.000000244003 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  34.16 
 
 		 454 aa  283  6.000000000000001e-75  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.51 
 
 		 443 aa  283  6.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1536  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.17 
 
 		 525 aa  282  7.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0262193 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.7 
 
 		 440 aa  282  8.000000000000001e-75  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1063  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.57 
 
 		 458 aa  281  1e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.270511  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.99 
 
 		 440 aa  281  1e-74  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.53 
 
 		 472 aa  281  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0538  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.53 
 
 		 472 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  34.16 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.67 
 
 		 431 aa  280  5e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  35.2 
 
 		 458 aa  279  6e-74  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.3 
 
 		 472 aa  279  8e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1715  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.25 
 
 		 531 aa  279  9e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0082  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.78 
 
 		 437 aa  278  1e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.47 
 
 		 430 aa  278  2e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  37.22 
 
 		 450 aa  278  2e-73  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  35.25 
 
 		 472 aa  278  2e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.63 
 
 		 470 aa  278  2e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1662  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.43 
 
 		 427 aa  277  3e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00220183  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2966  2-alkenal reductase  37.58 
 
 		 446 aa  276  4e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.0000212158  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.47 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.03 
 
 		 441 aa  276  4e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  33.93 
 
 		 471 aa  276  5e-73  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.08 
 
 		 472 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.08 
 
 		 472 aa  276  7e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.41 
 
 		 473 aa  276  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3451  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.08 
 
 		 476 aa  275  8e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0499  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.08 
 
 		 476 aa  275  8e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.717124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.08 
 
 		 480 aa  275  8e-73  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.53 
 
 		 443 aa  275  9e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1623  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.8 
 
 		 452 aa  275  1.0000000000000001e-72  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  35.16 
 
 		 462 aa  275  2.0000000000000002e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.32 
 
 		 430 aa  274  3e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1191  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.5 
 
 		 445 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.215998 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1944  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.79 
 
 		 437 aa  274  3e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.41308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>