More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0506 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0506  hypothetical protein  100 
 
 
430 aa  865    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0234  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  72.26 
 
 
430 aa  637    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00117133  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1701  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  70.02 
 
 
461 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2283  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  60.23 
 
 
442 aa  530  1e-149  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.135903  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0146  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.78 
 
 
438 aa  488  1e-137  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00677283  normal  0.468317 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2965  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  56.36 
 
 
441 aa  482  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000711639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.38 
 
 
448 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.15 
 
 
448 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.92 
 
 
448 aa  308  1.0000000000000001e-82  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.09 
 
 
447 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  40.09 
 
 
445 aa  300  3e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  38.1 
 
 
442 aa  299  6e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.32 
 
 
450 aa  298  9e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.68 
 
 
449 aa  296  5e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.65 
 
 
440 aa  296  6e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  35.54 
 
 
445 aa  293  4e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  39.54 
 
 
439 aa  293  4e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.54 
 
 
445 aa  292  6e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.66 
 
 
430 aa  290  2e-77  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  43.31 
 
 
470 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.01 
 
 
436 aa  286  5.999999999999999e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.56 
 
 
469 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  42.33 
 
 
469 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.74 
 
 
444 aa  284  3.0000000000000004e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.67 
 
 
444 aa  283  3.0000000000000004e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  42.33 
 
 
483 aa  282  9e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1585  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  41.51 
 
 
444 aa  281  2e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.678841  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.72 
 
 
430 aa  280  3e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  39.05 
 
 
432 aa  279  6e-74  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.12 
 
 
430 aa  277  2e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.85 
 
 
431 aa  276  7e-73  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.79 
 
 
453 aa  275  8e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  39.32 
 
 
455 aa  270  5e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.71 
 
 
440 aa  268  1e-70  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.16 
 
 
446 aa  268  2e-70  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  36.18 
 
 
504 aa  267  2.9999999999999995e-70  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.83 
 
 
433 aa  265  1e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.64 
 
 
436 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146576  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  38.19 
 
 
450 aa  264  3e-69  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.49 
 
 
438 aa  263  4e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01181  Fe-S oxidoreductase  34.09 
 
 
454 aa  263  6e-69  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.681569  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  38.13 
 
 
435 aa  263  6e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.89 
 
 
442 aa  262  8.999999999999999e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  36.71 
 
 
466 aa  261  1e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  37.27 
 
 
452 aa  262  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1464  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.4 
 
 
440 aa  261  1e-68  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  36.53 
 
 
435 aa  261  2e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
441 aa  260  3e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  34.77 
 
 
454 aa  260  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01171  Fe-S oxidoreductase  34.09 
 
 
454 aa  260  4e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.72418  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0735  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.59 
 
 
463 aa  259  5.0000000000000005e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.512918  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  33.64 
 
 
471 aa  259  5.0000000000000005e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  39.05 
 
 
487 aa  259  5.0000000000000005e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  37.05 
 
 
458 aa  258  2e-67  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.5 
 
 
429 aa  257  4e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.47 
 
 
435 aa  256  5e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  37.82 
 
 
440 aa  256  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0256  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.86 
 
 
430 aa  255  1.0000000000000001e-66  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  36.89 
 
 
472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.62 
 
 
436 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1757  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.04 
 
 
431 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.3 
 
 
446 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.55 
 
 
486 aa  253  7e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.57 
 
 
450 aa  252  9.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  34.81 
 
 
437 aa  251  2e-65  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1737  hypothetical protein  33.73 
 
 
439 aa  250  3e-65  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0160  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.82 
 
 
401 aa  249  7e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3525  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.43 
 
 
444 aa  248  1e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.53 
 
 
437 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.36 
 
 
482 aa  248  2e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  36.53 
 
 
440 aa  246  4e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1979  hypothetical protein  38.62 
 
 
448 aa  247  4e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.49 
 
 
440 aa  246  6e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.99 
 
 
472 aa  246  8e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  35.44 
 
 
462 aa  245  9.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2590  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.27 
 
 
468 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.58458  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.48 
 
 
449 aa  243  3e-63  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4336  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.48 
 
 
449 aa  243  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.412924 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.63 
 
 
427 aa  243  5e-63  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.21 
 
 
437 aa  243  6e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2701  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.23 
 
 
469 aa  243  7e-63  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0312438  normal  0.2083 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  35.68 
 
 
469 aa  242  7.999999999999999e-63  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1614  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.56 
 
 
471 aa  241  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0719193  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1834  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.36 
 
 
473 aa  242  1e-62  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.044841  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00802  predicted SAM-dependent methyltransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2510  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.105116  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3232  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  38.41 
 
 
462 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.653415  normal  0.176593 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0895  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.465773  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0982  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.25 
 
 
441 aa  241  2e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.195004  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0906  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0543  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.61 
 
 
472 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0988  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.479636  normal  0.703934 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3800  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.61 
 
 
472 aa  241  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2807  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00819  hypothetical protein  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0862  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.02 
 
 
441 aa  241  2e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.746353  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1582  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.06 
 
 
453 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.386337  normal  0.0216178 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1911  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  37.06 
 
 
453 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0408943 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0713  hypothetical protein  36.03 
 
 
438 aa  241  2.9999999999999997e-62  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>