189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3037 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_3037  hypothetical protein  100 
 
 		 433 aa  861    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.701373 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0163  hypothetical protein  71.05 
 
 		 456 aa  601  1e-170  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7052  hypothetical protein  59.61 
 
 		 392 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0830249 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3149  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  53.24 
 
 		 336 aa  372  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.392869  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0188  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  49.37 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0826  hypothetical protein  53.93 
 
 		 445 aa  367  1e-100  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0133679 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1613  hypothetical protein  48.99 
 
 		 426 aa  353  5e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.144608  normal  0.524236 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7977  hypothetical protein  58.99 
 
 		 497 aa  206  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.37687  normal  0.148037 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1252  putative signal peptide protein  28.23 
 
 		 330 aa  118  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  0.989203 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2064  putative signal peptide protein  29.11 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1080  cytochrome d1 heme region  27.19 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.952849  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1172  cytochrome d1 heme region  27.5 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.912749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1437  hypothetical protein  29.1 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1104  hypothetical protein  29.32 
 
 		 324 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1486  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.75 
 
 		 337 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.814871  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2068  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.41 
 
 		 328 aa  109  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3159  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.48 
 
 		 345 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1184  hypothetical protein  28.7 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.362079 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.51 
 
 		 345 aa  106  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.226766  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1117  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.48 
 
 		 329 aa  104  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.472449  normal  0.949748 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2172  hypothetical protein  28.44 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.928709 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5923  hypothetical protein  28.44 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2154  hypothetical protein  28.44 
 
 		 329 aa  103  5e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.305615  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2846  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  29.94 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5007  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.17 
 
 		 410 aa  103  8e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5463  hypothetical protein  27.86 
 
 		 329 aa  102  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2064  hypothetical protein  26.85 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2191  hypothetical protein  26.85 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1839  hypothetical protein  27.69 
 
 		 330 aa  99.4  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.172437  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2640  hypothetical protein  26.79 
 
 		 330 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388578  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0690  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.38 
 
 		 299 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.408931 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1627  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.24 
 
 		 335 aa  97.4  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0205885  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1749  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472818  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2775  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2258  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.61196  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3062  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0002291  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2696  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0538504  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1529  hypothetical protein  26.63 
 
 		 330 aa  96.7  7e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.435429  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2304  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.67 
 
 		 317 aa  95.5  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0594691 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1516  hypothetical protein  26.54 
 
 		 339 aa  95.1  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.610036  normal  0.125347 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2620  hypothetical protein  26.18 
 
 		 339 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0272263  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2094  hypothetical protein  28 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.327538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2785  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.96 
 
 		 341 aa  94  5e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0917922  hitchhiker  0.00370167 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1704  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.16 
 
 		 689 aa  92.4  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1802  hypothetical protein  25.08 
 
 		 339 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000263268 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2081  hypothetical protein  26.67 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.879206 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4869  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.06 
 
 		 362 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.130812 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5104  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  28.3 
 
 		 366 aa  82  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.109087 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1536  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27 
 
 		 362 aa  81.6  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3620  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.46 
 
 		 324 aa  80.9  0.00000000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.793181  normal  0.0342651 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2353  triple helix repeat-containing collagen  28.19 
 
 		 580 aa  80.5  0.00000000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1335  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.06 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.911892  normal  0.360031 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1003  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.86 
 
 		 312 aa  79.3  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0162  hypothetical protein  27.3 
 
 		 387 aa  77.8  0.0000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0008  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.13 
 
 		 328 aa  77.8  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0101  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.25 
 
 		 354 aa  77  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2393  hypothetical protein  26.62 
 
 		 391 aa  74.7  0.000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0136177  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4136  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.86 
 
 		 345 aa  74.7  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0910022  normal  0.508786 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1651  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  23.74 
 
 		 366 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0495995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2413  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  26.35 
 
 		 335 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.992934 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0029  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.98 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0028  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.98 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.828005  decreased coverage  0.000046618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0027  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.98 
 
 		 340 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.802386 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1180  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.65 
 
 		 348 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0104  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  26.07 
 
 		 353 aa  73.2  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3685  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.93 
 
 		 384 aa  72  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1242  hypothetical protein  28.52 
 
 		 810 aa  71.2  0.00000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6378  hypothetical protein  27.3 
 
 		 556 aa  70.9  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.355816 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3533  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  27.69 
 
 		 488 aa  70.9  0.00000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.593407 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0810  putative surface layer protein  25.16 
 
 		 1094 aa  68.2  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3143  cell surface protein  26.23 
 
 		 819 aa  67.8  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.302282  normal  0.566596 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2474  serine/threonine protein kinase  26.42 
 
 		 776 aa  67.4  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000122678  hitchhiker  0.00951365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3113  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.55 
 
 		 310 aa  65.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1622  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.48 
 
 		 974 aa  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2189  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  24.06 
 
 		 348 aa  66.2  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0260  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.74 
 
 		 478 aa  66.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.581027  normal  0.0149347 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2667  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  23.74 
 
 		 478 aa  66.2  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.896868  normal  0.434618 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0108  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  25.5 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1435  hypothetical protein  22.12 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.61404 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3461  hypothetical protein  23.93 
 
 		 1667 aa  64.7  0.000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0200466 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4548  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.52 
 
 		 347 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.433204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5946  hypothetical protein  24.72 
 
 		 335 aa  65.1  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.413052  normal  1 
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5389  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.61 
 
 		 365 aa  64.7  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.187033  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4004  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.89 
 
 		 417 aa  64.3  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.540358  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3772  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25 
 
 		 406 aa  63.5  0.000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5257  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.86 
 
 		 478 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.91955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2584  surface antigen gene  26.1 
 
 		 479 aa  63.2  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.223545  normal  0.185762 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5012  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.62 
 
 		 328 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3094  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.35 
 
 		 329 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5386  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  25.22 
 
 		 479 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.786395 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4743  40-residue YVTN family beta-propeller repeat protein  26.4 
 
 		 457 aa  62  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0690  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  25.65 
 
 		 318 aa  62  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0314651  normal  0.511949 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5392  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  27.2 
 
 		 377 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0101451 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1471  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.13 
 
 		 348 aa  61.6  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1882  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  22.92 
 
 		 383 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0454626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2720  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  24.01 
 
 		 327 aa  60.8  0.00000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.441743  normal  0.222343 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3892  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.64 
 
 		 660 aa  61.2  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4419  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  27.52 
 
 		 1170 aa  61.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.834695  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2669  YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  23.91 
 
 		 329 aa  60.5  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0109  40-residue YVTN family beta-propeller repeat-containing protein  24.85 
 
 		 354 aa  60.5  0.00000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>