More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3370 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0205  peptide chain release factor 3  63.48 
 
 		 526 aa  694    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1186  peptide chain release factor 3  65.52 
 
 		 533 aa  724    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0982949 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1118  peptide chain release factor 3  70 
 
 		 531 aa  762    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0950984  normal  0.664681 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0901  peptide chain release factor 3  64.76 
 
 		 529 aa  688    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1279  peptide chain release factor 3  65.33 
 
 		 529 aa  712    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0946  peptide chain release factor 3  63.62 
 
 		 530 aa  707    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00010  peptide chain release factor 3  59.32 
 
 		 533 aa  642    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.417378  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1579  peptide chain release factor 3  64 
 
 		 529 aa  704    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5122  peptide chain release factor 3  68 
 
 		 531 aa  756    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.535643  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3370  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 528 aa  1092    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0764098  normal  0.150996 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1947  peptide chain release factor 3  59.47 
 
 		 530 aa  637    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4201  peptide chain release factor 3  65 
 
 		 526 aa  719    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.159171  normal  0.787104 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1177  peptide chain release factor 3  65.27 
 
 		 533 aa  680    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0791  peptide chain release factor 3  63.89 
 
 		 530 aa  701    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2176  peptide chain release factor 3  59.09 
 
 		 530 aa  634  1e-180  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.875303  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  53.83 
 
 		 531 aa  582  1.0000000000000001e-165  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  53.95 
 
 		 528 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  52.96 
 
 		 528 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  52.5 
 
 		 527 aa  573  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  52 
 
 		 526 aa  570  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  53.05 
 
 		 528 aa  570  1e-161  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  51.81 
 
 		 526 aa  567  1e-160  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  51.34 
 
 		 531 aa  565  1e-160  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  50.86 
 
 		 536 aa  565  1e-160  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  50.96 
 
 		 527 aa  567  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  51.24 
 
 		 526 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  53.05 
 
 		 526 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  51.52 
 
 		 524 aa  561  1.0000000000000001e-159  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  51.92 
 
 		 535 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  51.83 
 
 		 527 aa  559  1e-158  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  50.58 
 
 		 542 aa  556  1e-157  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  51.54 
 
 		 534 aa  553  1e-156  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  51.82 
 
 		 524 aa  555  1e-156  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  51.54 
 
 		 534 aa  552  1e-156  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  51.33 
 
 		 529 aa  553  1e-156  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 534 aa  551  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  51.82 
 
 		 531 aa  546  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 539 aa  546  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  50.86 
 
 		 524 aa  547  1e-154  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  50.67 
 
 		 528 aa  548  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 539 aa  546  1e-154  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  50.29 
 
 		 525 aa  544  1e-153  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  49.81 
 
 		 530 aa  543  1e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  48.96 
 
 		 530 aa  543  1e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 524 aa  543  1e-153  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 534 aa  544  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0015  peptide chain release factor 3  50.96 
 
 		 517 aa  543  1e-153  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  50.29 
 
 		 525 aa  544  1e-153  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1662  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 533 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.828617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  50.76 
 
 		 531 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3053  peptide chain release factor 3  50.1 
 
 		 526 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00432214  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  50.76 
 
 		 531 aa  541  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  51.64 
 
 		 527 aa  539  9.999999999999999e-153  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  48.28 
 
 		 544 aa  541  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  49.43 
 
 		 528 aa  536  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  49.62 
 
 		 535 aa  535  1e-151  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  49.62 
 
 		 533 aa  536  1e-151  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  48.95 
 
 		 526 aa  533  1e-150  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3554  peptide chain release factor 3  50 
 
 		 526 aa  534  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.93604  decreased coverage  0.000001078 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  49.52 
 
 		 529 aa  533  1e-150  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0551  peptide chain release factor 3  48.57 
 
 		 529 aa  529  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4579  peptide chain release factor 3  48.67 
 
 		 527 aa  531  1e-149  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  49.06 
 
 		 533 aa  530  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  49.43 
 
 		 543 aa  531  1e-149  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  49.24 
 
 		 529 aa  530  1e-149  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5808  peptide chain release factor 3  49.15 
 
 		 530 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  48.85 
 
 		 529 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2820  peptide chain release factor 3  49.71 
 
 		 526 aa  530  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0200081  hitchhiker  0.0000558993 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0872  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 527 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126869  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  48.76 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  48.37 
 
 		 526 aa  526  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  48.76 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3371  peptide chain release factor 3  49.42 
 
 		 523 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0198312  hitchhiker  0.00795059 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  48.76 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 529 aa  525  1e-148  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1202  peptide chain release factor 3  47.95 
 
 		 527 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2372  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 529 aa  528  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  48.76 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12250  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 527 aa  525  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.882878  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0916  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 527 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0920838  normal  0.271742 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0902  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 541 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.779467  normal  0.296207 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0384  peptide chain release factor 3  48.38 
 
 		 526 aa  528  1e-148  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3382  peptide chain release factor 3  49.62 
 
 		 526 aa  527  1e-148  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00211559  hitchhiker  0.00272137 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4306  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 527 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.546945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  48.76 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  48.18 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  48.28 
 
 		 529 aa  523  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3232  peptide chain release factor 3  48.85 
 
 		 526 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110977  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13410  peptide chain release factor 3  47.95 
 
 		 527 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.898041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2827  peptide chain release factor 3  49.04 
 
 		 526 aa  524  1e-147  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000333993  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1135  peptide chain release factor 3  49.23 
 
 		 526 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000115855  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  49.04 
 
 		 526 aa  525  1e-147  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>