More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1579 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002950  PG0205  peptide chain release factor 3  64.75 
 
 		 526 aa  705    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1186  peptide chain release factor 3  76.89 
 
 		 533 aa  872    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0982949 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0791  peptide chain release factor 3  84.88 
 
 		 530 aa  950    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00010  peptide chain release factor 3  58.76 
 
 		 533 aa  637    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.417378  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1279  peptide chain release factor 3  83.97 
 
 		 529 aa  937    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1579  peptide chain release factor 3  100 
 
 		 529 aa  1095    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0946  peptide chain release factor 3  86.91 
 
 		 530 aa  970    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5122  peptide chain release factor 3  67.3 
 
 		 531 aa  731    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.535643  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0901  peptide chain release factor 3  80.11 
 
 		 529 aa  879    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1118  peptide chain release factor 3  68.26 
 
 		 531 aa  744    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0950984  normal  0.664681 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4201  peptide chain release factor 3  69.92 
 
 		 526 aa  766    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.159171  normal  0.787104 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2176  peptide chain release factor 3  60.19 
 
 		 530 aa  639    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.875303  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1177  peptide chain release factor 3  84.63 
 
 		 533 aa  924    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3370  peptide chain release factor 3  64 
 
 		 528 aa  704    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0764098  normal  0.150996 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1947  peptide chain release factor 3  58.98 
 
 		 530 aa  632  1e-180  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0192  peptide chain release factor 3  52.78 
 
 		 527 aa  568  1e-160  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000119387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0882  peptide chain release factor 3  52.78 
 
 		 527 aa  567  1e-160  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1490  peptide chain release factor 3  51.9 
 
 		 535 aa  564  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000251643  hitchhiker  0.00000000120572 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0138  peptide chain release factor 3  52.02 
 
 		 526 aa  561  1e-158  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0414  peptide chain release factor 3  51.06 
 
 		 531 aa  558  1e-158  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2642  peptide chain release factor 3  52.02 
 
 		 528 aa  554  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.495995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0583  peptide chain release factor 3  51.63 
 
 		 528 aa  550  1e-155  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  5.704110000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4019  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 526 aa  548  1e-155  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.5160199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3935  peptide chain release factor 3  52.21 
 
 		 526 aa  550  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.582283  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0877  peptide chain release factor 3  50.95 
 
 		 525 aa  547  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1140  peptide chain release factor 3  50.95 
 
 		 525 aa  547  1e-154  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4412  peptide chain release factor 3  52.02 
 
 		 527 aa  546  1e-154  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000888652  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0435  peptide chain release factor 3  51.06 
 
 		 531 aa  547  1e-154  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2819  peptide chain release factor 3  51.82 
 
 		 528 aa  542  1e-153  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0266  peptide chain release factor 3  52.18 
 
 		 529 aa  542  1e-153  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.580519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2019  peptide chain release factor 3  49.62 
 
 		 542 aa  543  1e-153  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0130  peptide chain release factor 3  50.57 
 
 		 534 aa  542  1e-153  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.174893  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01678  peptide chain release factor 3  50.19 
 
 		 534 aa  542  1e-153  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.790822  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2144  peptide chain release factor 3  52.03 
 
 		 539 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.280372  hitchhiker  0.00257154 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1990  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 526 aa  540  9.999999999999999e-153  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.919735  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2514  peptide chain release factor 3  52.03 
 
 		 539 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0147  peptide chain release factor 3  50.38 
 
 		 534 aa  540  9.999999999999999e-153  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2146  peptide chain release factor 3  50.58 
 
 		 531 aa  541  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2497  peptide chain release factor 3  48.94 
 
 		 530 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1828  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 544 aa  541  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1678  peptide chain release factor 3  49.9 
 
 		 533 aa  541  9.999999999999999e-153  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0068133  normal  0.55837 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0147  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 535 aa  541  9.999999999999999e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3649  peptide chain release factor 3  51.05 
 
 		 528 aa  535  1e-151  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3053  peptide chain release factor 3  49.05 
 
 		 534 aa  536  1e-151  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0754229  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0935  peptide chain release factor 3  47.9 
 
 		 526 aa  531  1e-150  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0970  peptide chain release factor 3  49.05 
 
 		 524 aa  534  1e-150  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00550606  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2092  peptide chain release factor 3  48.37 
 
 		 528 aa  532  1e-150  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.429177  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1821  peptide chain release factor 3  48.95 
 
 		 536 aa  528  1e-149  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5540  peptide chain release factor 3  49.04 
 
 		 537 aa  530  1e-149  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.073692  normal  0.0734795 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0905  peptide chain release factor 3  48.1 
 
 		 526 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2474  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 526 aa  528  1e-148  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4181  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 539 aa  527  1e-148  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.832628  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2372  peptide chain release factor 3  50.78 
 
 		 529 aa  528  1e-148  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2307  peptide chain release factor 3  48.85 
 
 		 540 aa  527  1e-148  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.452357  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04250  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.631503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3624  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04216  hypothetical protein  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.659942  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4922  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.55632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1774  peptide chain release factor 3  48.19 
 
 		 530 aa  524  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.119545  normal  0.691586 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4059  peptide chain release factor 3  48.96 
 
 		 532 aa  524  1e-147  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5887  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.397514  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1393  peptide chain release factor 3  49.33 
 
 		 524 aa  525  1e-147  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.263078  normal  0.346403 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1011  peptide chain release factor 3  47.33 
 
 		 528 aa  519  1e-146  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4971  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-146  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00185733  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3682  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-146  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.297475  hitchhiker  0.00075439 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4918  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-146  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.100391  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1704  peptide chain release factor 3  47.19 
 
 		 542 aa  519  1e-146  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.552912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3466  peptide chain release factor 3  48.66 
 
 		 529 aa  520  1e-146  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4609  peptide chain release factor 3  47.89 
 
 		 529 aa  521  1e-146  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00121865  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4375  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 539 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.607928  normal  0.322908 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0015  peptide chain release factor 3  48.09 
 
 		 517 aa  516  1.0000000000000001e-145  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4813  peptide chain release factor 3  47.7 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0551  peptide chain release factor 3  47.71 
 
 		 529 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4261  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 539 aa  515  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3422  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4968  peptide chain release factor 3  47.7 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2519  peptide chain release factor 3  47.78 
 
 		 527 aa  516  1.0000000000000001e-145  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4851  peptide chain release factor 3  48.47 
 
 		 539 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.354411 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4881  peptide chain release factor 3  47.7 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.180345  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4916  peptide chain release factor 3  47.7 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.996004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4974  peptide chain release factor 3  47.7 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.219451  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3586  peptide chain release factor 3  47.8 
 
 		 529 aa  517  1.0000000000000001e-145  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0190  peptide chain release factor 3  47.98 
 
 		 531 aa  514  1e-144  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1193  peptide chain release factor 3  48.17 
 
 		 525 aa  512  1e-144  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0895303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2730  peptide chain release factor 3  49.42 
 
 		 524 aa  514  1e-144  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.426753  normal  0.414685 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3633  peptide chain release factor 3  48.27 
 
 		 529 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1986  peptide chain release factor 3  47.81 
 
 		 534 aa  514  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.339407 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2330  peptide chain release factor 3  46.83 
 
 		 535 aa  513  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3016  peptide chain release factor 3  47.98 
 
 		 530 aa  513  1e-144  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3504  peptide chain release factor 3  48.27 
 
 		 529 aa  513  1e-144  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0837  peptide chain release factor 3  48.27 
 
 		 529 aa  513  1e-144  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3858  peptide chain release factor 3  46.95 
 
 		 547 aa  511  1e-143  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5334  peptide chain release factor 3  47.84 
 
 		 533 aa  508  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.490929  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0968  peptide chain release factor 3  49.14 
 
 		 543 aa  511  1e-143  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.977047  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3872  peptide chain release factor 3  47.83 
 
 		 531 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1737  peptide chain release factor 3  48.94 
 
 		 524 aa  511  1e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000804887 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3761  peptide chain release factor 3  47.83 
 
 		 531 aa  509  1e-143  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.672983  normal  0.106529 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0652  peptide chain release factor 3  47.79 
 
 		 529 aa  510  1e-143  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0917468 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0453  peptide chain release factor 3  47.79 
 
 		 529 aa  511  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.267512  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0534  peptide chain release factor 3  47.32 
 
 		 529 aa  511  1e-143  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.319663  hitchhiker  0.0098421 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1135  peptide chain release factor 3  46.73 
 
 		 526 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000115855  unclonable  0.00000000000672446 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>