More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0508 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009802  CCC13826_0488  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.71 
 
 
732 aa  958    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1390  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.14 
 
 
719 aa  1013    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0472  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70.42 
 
 
718 aa  1009    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0212673  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0428  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.78 
 
 
721 aa  706    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00000339931  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  100 
 
 
702 aa  1427    Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.412666  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.39 
 
 
746 aa  818    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0317346  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0237  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.07 
 
 
711 aa  942    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.348858  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1269  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  70 
 
 
719 aa  1010    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.124632  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0953  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.58 
 
 
735 aa  950    Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1257  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.13 
 
 
728 aa  964    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0392  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.64 
 
 
693 aa  520  1e-146  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.31 
 
 
698 aa  500  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.3 
 
 
722 aa  499  1e-140  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.119982  normal  0.231253 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.31 
 
 
698 aa  500  1e-140  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.25 
 
 
701 aa  496  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.73 
 
 
710 aa  497  1e-139  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.81 
 
 
712 aa  497  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.11 
 
 
691 aa  492  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1674  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.39 
 
 
703 aa  494  9.999999999999999e-139  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000759629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.23 
 
 
712 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.89 
 
 
749 aa  493  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.03 
 
 
721 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.03 
 
 
721 aa  494  9.999999999999999e-139  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.8 
 
 
710 aa  493  9.999999999999999e-139  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.8 
 
 
699 aa  494  9.999999999999999e-139  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
696 aa  490  1e-137  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000617154  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.61 
 
 
696 aa  491  1e-137  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.61 
 
 
696 aa  491  1e-137  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.44 
 
 
706 aa  491  1e-137  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.89 
 
 
693 aa  490  1e-137  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.23 
 
 
713 aa  490  1e-137  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002613  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.17 
 
 
711 aa  490  1e-137  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
734 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  39.47 
 
 
711 aa  488  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1593  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.4 
 
 
697 aa  486  1e-136  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.029457  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.23 
 
 
713 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
711 aa  487  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
711 aa  486  1e-136  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1834  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.01 
 
 
713 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.23 
 
 
713 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
711 aa  488  1e-136  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0742  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.01 
 
 
713 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
711 aa  488  1e-136  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1125  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.01 
 
 
713 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.412735  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.23 
 
 
713 aa  488  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.19 
 
 
735 aa  489  1e-136  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0602  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.14 
 
 
718 aa  486  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.597018  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.17 
 
 
714 aa  486  1e-136  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.47 
 
 
711 aa  488  1e-136  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1294  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.23 
 
 
713 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0739218  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.57 
 
 
745 aa  487  1e-136  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.57 
 
 
752 aa  486  1e-136  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  39.47 
 
 
734 aa  488  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.01 
 
 
713 aa  486  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0968  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.36 
 
 
706 aa  488  1e-136  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000215621  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.83 
 
 
702 aa  482  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.19 
 
 
711 aa  484  1e-135  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.29 
 
 
729 aa  485  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.49 
 
 
729 aa  483  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.61 
 
 
695 aa  482  1e-135  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.36 
 
 
761 aa  484  1e-135  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.14 
 
 
723 aa  484  1e-135  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.59 
 
 
695 aa  484  1e-135  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1167  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.43 
 
 
698 aa  484  1e-135  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0493  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.35 
 
 
705 aa  482  1e-135  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000650099  normal  0.24755 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.29 
 
 
715 aa  484  1e-135  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1635  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.35 
 
 
732 aa  484  1e-135  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.000929838  normal  0.469097 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5184  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.76 
 
 
753 aa  482  1e-135  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161227  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.17 
 
 
702 aa  482  1e-135  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0552  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.99 
 
 
734 aa  483  1e-135  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.368343  normal  0.96834 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  40.58 
 
 
715 aa  484  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.24 
 
 
706 aa  485  1e-135  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.622753  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0868  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.41 
 
 
727 aa  482  1e-135  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.43 
 
 
712 aa  483  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3342  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.77 
 
 
722 aa  485  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.61 
 
 
706 aa  485  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.43 
 
 
745 aa  484  1e-135  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.22 
 
 
708 aa  483  1e-135  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0201008  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1420  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.64 
 
 
703 aa  484  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0845346  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40 
 
 
720 aa  483  1e-135  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.33 
 
 
714 aa  485  1e-135  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1259  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.61 
 
 
758 aa  483  1e-135  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.140666 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  39.72 
 
 
690 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.94 
 
 
705 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.88 
 
 
739 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  39.72 
 
 
692 aa  479  1e-134  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.5 
 
 
714 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5457  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.42 
 
 
701 aa  480  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0589  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.49 
 
 
706 aa  481  1e-134  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.119802  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1129  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.39 
 
 
694 aa  480  1e-134  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0599  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.71 
 
 
736 aa  481  1e-134  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0790  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.11 
 
 
703 aa  481  1e-134  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000902689  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.73 
 
 
725 aa  479  1e-134  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1438  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.22 
 
 
708 aa  482  1e-134  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000113293  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0923  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.53 
 
 
725 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.08 
 
 
700 aa  481  1e-134  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.5 
 
 
714 aa  481  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62710  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.14 
 
 
701 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.14789  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1612  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.85 
 
 
699 aa  482  1e-134  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.322426  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.67 
 
 
715 aa  478  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>