More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0280 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0280  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 340 aa  689    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0271  cell envelope-related function transcriptional attenuator  97.94 
 
 		 340 aa  656    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.968761  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0598  cell envelope-related function transcriptional attenuator  47.18 
 
 		 337 aa  293  2e-78  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0612  putative transcriptional regulator  45.7 
 
 		 339 aa  285  7e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2102  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  45.63 
 
 		 327 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.246536 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2170  cell envelope-related function transcriptional attenuator  36.73 
 
 		 473 aa  204  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.582429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1881  cell envelope-related function transcriptional attenuator  36.09 
 
 		 460 aa  202  6e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.723477  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1208  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.55 
 
 		 330 aa  174  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000721845  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3783  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.52 
 
 		 367 aa  163  3e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.1003  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2795  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.56 
 
 		 424 aa  149  8e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000153391  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2557  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.43 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0157477  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3112  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.59 
 
 		 419 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0132049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2794  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.89 
 
 		 476 aa  132  9e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000218049  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0400  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.38 
 
 		 308 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000257107  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0638  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.08 
 
 		 294 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.67 
 
 		 302 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3892  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.47 
 
 		 453 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08290  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  31.95 
 
 		 443 aa  127  3e-28  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154905  normal  0.235154 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  34.43 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0932  transcriptional regulator, putative  29.56 
 
 		 329 aa  124  2e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3243  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.24 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.75 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.75 
 
 		 303 aa  124  3e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.75 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.75 
 
 		 303 aa  123  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2366  cell envelope-related transcriptional attenuator  34 
 
 		 319 aa  122  9.999999999999999e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000181907  unclonable  0.00000001 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01950  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  34.04 
 
 		 516 aa  121  1.9999999999999998e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000132864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.48 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01650  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  34.18 
 
 		 512 aa  120  3e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.475151  hitchhiker  0.0000000000510123 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.56 
 
 		 563 aa  120  3.9999999999999996e-26  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0893  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.7 
 
 		 453 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.301121  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1451  transcription attenuator LytR  29.82 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1423  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.82 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302612  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.77 
 
 		 445 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30 
 
 		 302 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.32 
 
 		 304 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01960  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  31.71 
 
 		 490 aa  116  5e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00481524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2095  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.39 
 
 		 411 aa  116  5e-25  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3000  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.35 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1399  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.43 
 
 		 414 aa  114  4.0000000000000004e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0803  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.43 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  29.24 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3046  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.74 
 
 		 322 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.634845  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.83 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0570  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.62 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2377  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.77 
 
 		 344 aa  110  4.0000000000000004e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00145979  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.1 
 
 		 310 aa  109  6e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3081  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.66 
 
 		 531 aa  109  7.000000000000001e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  32.44 
 
 		 408 aa  107  2e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09330  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  27.37 
 
 		 349 aa  107  3e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.46 
 
 		 383 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1295  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.13 
 
 		 407 aa  107  4e-22  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.865299 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2233  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.21 
 
 		 303 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0046  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.62 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0125  putative transcriptional regulator  30.22 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00440963  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1830  LytR family transcription antiterminator  29.87 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.241912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1804  LytR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00220424  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1787  LytR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 335 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2008  transcription antiterminator, LytR family  29.87 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.0610299999999994e-43 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1973  LytR family transcription antiterminator  29.87 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3385  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.57 
 
 		 313 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2056  LytR family transcription antiterminator  30.23 
 
 		 333 aa  104  3e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00905786  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1838  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.55 
 
 		 333 aa  103  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00343174  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0120  Transcriptional regulator-like protein  36.84 
 
 		 326 aa  103  4e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.224299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.42 
 
 		 509 aa  102  6e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1893  transcriptional regulator, putative  29.62 
 
 		 316 aa  102  7e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2078  transcription antiterminator, LytR family  29.9 
 
 		 333 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  30.77 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  30.77 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  30.77 
 
 		 375 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1973  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.72 
 
 		 418 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.554316  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1975  transcription antiterminator, LytR family  28.9 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.258453  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0368  hypothetical protein  30.8 
 
 		 435 aa  100  4e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1395  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.09 
 
 		 404 aa  100  4e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.330473  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1252  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.2 
 
 		 403 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912522  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0519  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.35 
 
 		 338 aa  100  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2334  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.62 
 
 		 318 aa  100  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.591324  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2377  transcription attenuator LytR  34.62 
 
 		 318 aa  100  5e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2873  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.95 
 
 		 475 aa  100  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3352  transcription antiterminator, LytR family  28.9 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000199263  hitchhiker  0.0000000000000086496 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  30 
 
 		 377 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  30.38 
 
 		 377 aa  99.4  9e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  29.39 
 
 		 374 aa  99  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0523  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.83 
 
 		 337 aa  99  9e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  29.03 
 
 		 372 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5902  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.54 
 
 		 625 aa  98.6  1e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0961  cell envelope-related function transcriptional attenuator  28.93 
 
 		 337 aa  99  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.472241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2604  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.81 
 
 		 471 aa  97.8  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.22991 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  25.7 
 
 		 497 aa  97.8  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16350  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.08 
 
 		 307 aa  97.1  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0716913  normal  0.935262 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1360  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.92 
 
 		 436 aa  97.1  4e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.15 
 
 		 374 aa  96.7  6e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0435  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 427 aa  96.3  7e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1921  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.8 
 
 		 406 aa  95.1  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0698  transcriptional regulator  30.77 
 
 		 476 aa  95.5  1e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1851  transcriptional regulator  31.45 
 
 		 392 aa  94.4  2e-18  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1071  transcriptional activator-exopolysaccharide biosynthesis  33.79 
 
 		 486 aa  94.7  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.903122  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1138  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.81 
 
 		 481 aa  94.4  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.441684  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>