More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0612 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0612  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 339 aa  690    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0598  cell envelope-related function transcriptional attenuator  82.01 
 
 		 337 aa  561  1.0000000000000001e-159  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0280  putative transcriptional regulator  46.82 
 
 		 340 aa  278  1e-73  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0271  cell envelope-related function transcriptional attenuator  45.86 
 
 		 340 aa  273  2.0000000000000002e-72  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.968761  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2102  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  37.8 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.246536 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2170  cell envelope-related function transcriptional attenuator  37.58 
 
 		 473 aa  195  9e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.582429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1881  cell envelope-related function transcriptional attenuator  35.86 
 
 		 460 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.723477  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1208  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.99 
 
 		 330 aa  159  5e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000721845  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2795  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.55 
 
 		 424 aa  151  1e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000153391  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2794  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.71 
 
 		 476 aa  150  4e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000218049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3783  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.46 
 
 		 367 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.1003  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0400  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.23 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000257107  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2366  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.06 
 
 		 319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000181907  unclonable  0.00000001 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3112  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.2 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0132049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3892  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.2 
 
 		 453 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.73 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.61 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  35.55 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.5 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.91 
 
 		 563 aa  114  4.0000000000000004e-24  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0932  transcriptional regulator, putative  34.88 
 
 		 329 aa  113  6e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.14 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.14 
 
 		 303 aa  112  6e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.14 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2377  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.27 
 
 		 344 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00145979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1423  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.21 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302612  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1451  transcription attenuator LytR  35.21 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0893  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.67 
 
 		 453 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.301121  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3000  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.07 
 
 		 495 aa  110  3e-23  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01960  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  32.59 
 
 		 490 aa  110  4.0000000000000004e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00481524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0803  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.34 
 
 		 317 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  34.08 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0570  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.74 
 
 		 377 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2557  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.65 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0157477  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.13 
 
 		 445 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1399  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.56 
 
 		 414 aa  107  4e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0523  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.93 
 
 		 337 aa  106  4e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1975  transcription antiterminator, LytR family  31.79 
 
 		 333 aa  106  5e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.258453  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01950  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  29.13 
 
 		 516 aa  105  1e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.000132864  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1787  LytR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2056  LytR family transcription antiterminator  31.46 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00905786  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1830  LytR family transcription antiterminator  31.07 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.241912  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1804  LytR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00220424  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  34.08 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1973  LytR family transcription antiterminator  31.07 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2008  transcription antiterminator, LytR family  31.07 
 
 		 333 aa  105  2e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.0610299999999994e-43 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.19 
 
 		 304 aa  104  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2377  transcription attenuator LytR  34.07 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2078  transcription antiterminator, LytR family  31.46 
 
 		 333 aa  104  3e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000542577  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3352  transcription antiterminator, LytR family  31.13 
 
 		 335 aa  103  3e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000199263  hitchhiker  0.0000000000000086496 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2334  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.07 
 
 		 318 aa  103  3e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.591324  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0638  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.94 
 
 		 294 aa  103  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1295  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.43 
 
 		 407 aa  103  5e-21  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.865299 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1838  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.79 
 
 		 333 aa  103  6e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00343174  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08290  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  30.16 
 
 		 443 aa  102  9e-21  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154905  normal  0.235154 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1893  transcriptional regulator, putative  31.63 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01650  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  30.93 
 
 		 512 aa  101  2e-20  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.475151  hitchhiker  0.0000000000510123 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2095  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.87 
 
 		 411 aa  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  28.38 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.36 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1499  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.37 
 
 		 329 aa  99.4  8e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000186761  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0519  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.18 
 
 		 338 aa  99  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  30.66 
 
 		 408 aa  97.8  2e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1395  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.75 
 
 		 404 aa  98.2  2e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.330473  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  35.56 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.87 
 
 		 497 aa  97.1  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  35.56 
 
 		 375 aa  97.4  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3243  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.36 
 
 		 335 aa  97.4  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.62 
 
 		 383 aa  97.4  3e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  35.56 
 
 		 377 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  34.62 
 
 		 377 aa  97.1  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1973  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.7 
 
 		 418 aa  96.7  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.554316  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3081  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.61 
 
 		 531 aa  96.7  5e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  35.71 
 
 		 374 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0046  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.09 
 
 		 320 aa  96.7  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  35.71 
 
 		 372 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2233  cell envelope-related transcriptional attenuator  29.96 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3385  membrane-bound transcriptional regulator LytR  27.76 
 
 		 313 aa  95.9  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  35 
 
 		 375 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2257  cell envelope-related transcriptional attenuator  26.83 
 
 		 362 aa  95.1  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.518809 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3046  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.64 
 
 		 322 aa  94.4  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.634845  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1591  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.69 
 
 		 336 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230007  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.16 
 
 		 374 aa  94.4  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0605  LytR family transcription antiterminator  31.35 
 
 		 333 aa  93.6  4e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0572  LytR family transcription antiterminator  31.35 
 
 		 337 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0661  transcription antiterminator, LytR family  31.35 
 
 		 338 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.34714e-25 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3856  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.68 
 
 		 451 aa  92.8  7e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0125  putative transcriptional regulator  27.04 
 
 		 380 aa  92.4  9e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00440963  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0516  LytR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1875  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.49 
 
 		 344 aa  92.4  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0516  LytR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 337 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.52 
 
 		 509 aa  91.7  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5038  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.14 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5126  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.14 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5418  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.14 
 
 		 311 aa  92.4  1e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1252  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.51 
 
 		 403 aa  91.3  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912522  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1851  transcriptional regulator  32.43 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0673  LytR family transcription antiterminator  30.59 
 
 		 337 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>