More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_2102 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_2102  cell envelope-related function transcriptional attenuator, LytR/CpsA family  100 
 
 		 327 aa  668    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.246536 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0280  putative transcriptional regulator  45.63 
 
 		 340 aa  234  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0271  cell envelope-related function transcriptional attenuator  45.63 
 
 		 340 aa  233  4.0000000000000004e-60  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.968761  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0598  cell envelope-related function transcriptional attenuator  39.52 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0612  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2170  cell envelope-related function transcriptional attenuator  38.29 
 
 		 473 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.582429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1881  cell envelope-related function transcriptional attenuator  37.41 
 
 		 460 aa  174  1.9999999999999998e-42  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.723477  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1208  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.11 
 
 		 330 aa  172  9e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000721845  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2795  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.25 
 
 		 424 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000153391  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3783  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.08 
 
 		 367 aa  130  3e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.1003  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2366  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.46 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000181907  unclonable  0.00000001 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2794  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.73 
 
 		 476 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000218049  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1399  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.2 
 
 		 414 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2542  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.51 
 
 		 509 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3112  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.81 
 
 		 419 aa  119  6e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0132049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3892  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.37 
 
 		 453 aa  115  7.999999999999999e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0638  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.49 
 
 		 294 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4120  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.65 
 
 		 445 aa  114  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000955467  unclonable  0.000000000378568 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0570  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.48 
 
 		 377 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0046  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.92 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2095  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.69 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2557  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.28 
 
 		 263 aa  106  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0157477  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3796  membrane-bound transcriptional regulator LytR  34.25 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000323774  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3877  cell envelope-related transcriptional attenuator  37.11 
 
 		 497 aa  106  7e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4947  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.7 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0889022  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0125  putative transcriptional regulator  30.26 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00440963  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5387  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.39 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0400  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.04 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000257107  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5058  membrane-bound transcriptional regulator LytR  30.57 
 
 		 304 aa  104  3e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0893  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.58 
 
 		 453 aa  102  9e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.301121  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2377  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.55 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00145979  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0717  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.48 
 
 		 504 aa  102  1e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0100935 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1540  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.2 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.112437  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5436  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.66 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5383  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.87 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1360  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.81 
 
 		 436 aa  100  3e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3243  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.52 
 
 		 335 aa  100  4e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0378  transcriptional regulator  31.65 
 
 		 408 aa  99.4  7e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0016641  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1395  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.99 
 
 		 404 aa  99.4  7e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.330473  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5355  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.3 
 
 		 303 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5566  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.32 
 
 		 304 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0932  transcriptional regulator, putative  29.84 
 
 		 329 aa  99  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3385  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.56 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0152  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.07 
 
 		 271 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3735  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.55 
 
 		 383 aa  97.8  2e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5115  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.13 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5506  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.13 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00691653  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01960  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  28.95 
 
 		 490 aa  98.2  2e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00481524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1973  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.16 
 
 		 418 aa  97.4  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.554316  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1921  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.65 
 
 		 406 aa  97.4  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1572  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.02 
 
 		 384 aa  96.7  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.0072424  normal  0.757675 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4961  membrane-bound transcriptional regulator LytR  31.91 
 
 		 303 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0205697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5288  transcription antiterminator, LytR family  30.98 
 
 		 375 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000327862 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1591  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.09 
 
 		 336 aa  97.1  4e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.230007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5047  LytR family transcription antiterminator  30.98 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4877  LytR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4892  LytR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5432  LytR family transcription antiterminator  30.98 
 
 		 375 aa  96.7  5e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5364  transcription antiterminator, LytR family  35.52 
 
 		 377 aa  96.3  6e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1451  transcription attenuator LytR  30.58 
 
 		 327 aa  95.9  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1348  Transcriptional regulator-like protein  34.78 
 
 		 505 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.958942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0698  transcriptional regulator  32.54 
 
 		 476 aa  95.9  8e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1423  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.58 
 
 		 327 aa  95.9  8e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.302612  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0120  Transcriptional regulator-like protein  35.71 
 
 		 326 aa  95.9  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.224299  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1893  transcriptional regulator, putative  33.33 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5306  LytR family transcription antiterminator  35.52 
 
 		 377 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0136  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.94 
 
 		 466 aa  95.1  1e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0712  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.55 
 
 		 573 aa  95.5  1e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5640  transcription antiterminator, LytR family  37.5 
 
 		 372 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000247251 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5265  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.14 
 
 		 414 aa  94.4  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.534178 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5319  transcription antiterminator, LytR family  37.5 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5038  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.96 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5418  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.96 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.710746 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5902  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.68 
 
 		 625 aa  94.4  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5126  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.96 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1996  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.36 
 
 		 527 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.177975 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2233  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.17 
 
 		 303 aa  93.6  4e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4992  cell envelope-related transcriptional attenuator  38.01 
 
 		 374 aa  93.6  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0187  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.1 
 
 		 563 aa  93.2  6e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.234515 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1142  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.94 
 
 		 409 aa  92.8  7e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.671395  normal  0.110733 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13390  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.04 
 
 		 405 aa  92.8  8e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.557039  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3272  membrane-bound transcriptional regulator LytR  32.26 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000512755  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1295  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.49 
 
 		 407 aa  91.7  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.865299 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08290  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain protein  34.95 
 
 		 443 aa  92  1e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.154905  normal  0.235154 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0174  transcriptional regulator  33.17 
 
 		 374 aa  92.4  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0565386  hitchhiker  0.0000000000000158467 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3228  cell envelope-related transcriptional attenuator  35.14 
 
 		 377 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0471557  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3223  cell envelope-like transcriptional attenuator  33.95 
 
 		 471 aa  91.7  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1252  cell envelope-related transcriptional attenuator  36.04 
 
 		 403 aa  91.3  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000912522  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0411  cell envelope-like transcriptional attenuator  34.55 
 
 		 472 aa  90.5  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.207765 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0961  cell envelope-related function transcriptional attenuator  34.05 
 
 		 337 aa  90.5  3e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.472241  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4100  cell envelope-related transcriptional attenuator  27.84 
 
 		 426 aa  89.7  5e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.000000000000199964  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1198  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.33 
 
 		 585 aa  89.7  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1865  cell envelope-related transcriptional attenuator  31.9 
 
 		 434 aa  89.4  8e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0368682 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2595  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.91 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09330  cell envelope-related function transcriptional attenuator common domain  30.41 
 
 		 349 aa  89  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2953  cell envelope-related transcriptional attenuator  34.44 
 
 		 502 aa  89  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.873931 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0803  cell envelope-related transcriptional attenuator  28.82 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5665  cell envelope-related transcriptional attenuator  33.97 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.304907  normal  0.0393509 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0287  cell envelope-related transcriptional attenuator  30.18 
 
 		 412 aa  87  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1248  cell envelope-related transcriptional attenuator  32.97 
 
 		 512 aa  86.7  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.375848  normal  0.0192244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>