72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2207 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_2207  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 159 aa  315  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5702  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.48 
 
 		 172 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.456699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0208  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.65 
 
 		 165 aa  95.9  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.13 
 
 		 197 aa  70.1  0.00000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1443  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.58 
 
 		 622 aa  55.1  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000367169  hitchhiker  0.000267752 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2977  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.36 
 
 		 190 aa  52.8  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.329159  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.88 
 
 		 183 aa  52  0.000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  32.65 
 
 		 619 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3083  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.15 
 
 		 186 aa  51.2  0.000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  0.232987 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4195  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.78 
 
 		 176 aa  49.7  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293358  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0702  TRAP dicarboxylate transporter, permease component  29.41 
 
 		 621 aa  50.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000972925  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1725  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.3 
 
 		 210 aa  49.3  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.529876  normal  0.24696 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3835  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  42.31 
 
 		 172 aa  48.1  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0823774  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2685  TrapT dctQ-M fusion permease, dicarboxylate transport  28.16 
 
 		 627 aa  47.8  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  27.68 
 
 		 161 aa  47.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0134  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  27.59 
 
 		 163 aa  47  0.00009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0100205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3342  hypothetical protein  29.63 
 
 		 159 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.554631  normal  0.0946666 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5667  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  31.36 
 
 		 622 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.83 
 
 		 214 aa  46.6  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0803937  normal  0.0447503 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2410  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.66 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.932493  normal  0.231406 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.93 
 
 		 156 aa  46.6  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.4 
 
 		 625 aa  47  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.79 
 
 		 161 aa  47  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.72 
 
 		 218 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2482  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.75 
 
 		 177 aa  46.2  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.342884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.72 
 
 		 218 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.93 
 
 		 214 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.622021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.72 
 
 		 218 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1427  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.83 
 
 		 214 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000465338  normal  0.728772 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2909  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  27.45 
 
 		 234 aa  46.2  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.23 
 
 		 171 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.72 
 
 		 218 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.9 
 
 		 174 aa  45.8  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0034  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  28.95 
 
 		 627 aa  45.1  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0406  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 176 aa  44.3  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0044  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.3 
 
 		 181 aa  44.7  0.0006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3426  tripartite ATP-independent periplasmic  38.46 
 
 		 160 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3644  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.93 
 
 		 620 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.173742 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3420  tripartite ATP-independent periplasmic  33.8 
 
 		 160 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.336165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3351  tripartite ATP-independent periplasmic  33.8 
 
 		 160 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3521  trap-type c4-dicarboxylate transport system, small permease  33.8 
 
 		 160 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.524477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5645  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.56 
 
 		 623 aa  43.9  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000773231 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6354  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  25.32 
 
 		 623 aa  43.5  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.522934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3945  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.08 
 
 		 157 aa  42.4  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.05 
 
 		 156 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.03 
 
 		 155 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2373  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  24.74 
 
 		 622 aa  42.4  0.003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3213  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.42 
 
 		 171 aa  42.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.03 
 
 		 233 aa  42.4  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.12 
 
 		 181 aa  42  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.103028  normal  0.59177 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0485  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  27.12 
 
 		 181 aa  42.4  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.598438  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2721  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.77 
 
 		 627 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.250068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2025  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  29 
 
 		 627 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.19419  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3135  C4-dicarboxylate transporter, putative  23.85 
 
 		 219 aa  42  0.004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.09 
 
 		 177 aa  42  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.23 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.92 
 
 		 160 aa  41.2  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3120  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  25.77 
 
 		 627 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.525657  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4386  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.25 
 
 		 628 aa  41.2  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.575529  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4339  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  31.86 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4383  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  31.86 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.725084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4270  trap dicarboxylate transporter dctq subunit  31.86 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.299964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4299  trap dicarboxylate transporter, dctq subunit  31.86 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4676  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  32.14 
 
 		 158 aa  41.2  0.006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.14 
 
 		 158 aa  41.2  0.006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22 
 
 		 180 aa  40.4  0.009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2741  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  30.25 
 
 		 626 aa  40.8  0.009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.359375  normal  0.0328397 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  29.09 
 
 		 628 aa  40.4  0.01  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.5 
 
 		 225 aa  40.4  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.26 
 
 		 192 aa  40.4  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.13 
 
 		 214 aa  40.4  0.01  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4095  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  28.57 
 
 		 628 aa  40.4  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0585194 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>