38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5702 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5702  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 172 aa  343  7e-94  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.456699  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0208  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  36.6 
 
 		 165 aa  114  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2207  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.48 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4137  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.7 
 
 		 197 aa  90.1  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000154832  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.69 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.78 
 
 		 183 aa  48.5  0.00004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.19 
 
 		 151 aa  46.6  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4092  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.81 
 
 		 166 aa  46.2  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.499769  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1443  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  24.83 
 
 		 622 aa  45.8  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000367169  hitchhiker  0.000267752 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.08 
 
 		 175 aa  45.4  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3247  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  37.31 
 
 		 174 aa  43.9  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.178122  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0129  putative TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component (dctQ subunit)  30.59 
 
 		 181 aa  43.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.524832  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.37 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.99 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  28.75 
 
 		 224 aa  42.4  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.34 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.62 
 
 		 160 aa  42.4  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.32 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2052  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.88 
 
 		 173 aa  41.6  0.006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.51856 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1875  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.88 
 
 		 173 aa  41.6  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0544  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.97 
 
 		 161 aa  41.6  0.006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.557919  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.61 
 
 		 180 aa  41.6  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3945  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.83 
 
 		 157 aa  41.6  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.2 
 
 		 186 aa  41.2  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3762  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.12 
 
 		 168 aa  41.2  0.007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0736522  decreased coverage  0.00483087 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.73 
 
 		 233 aa  41.2  0.007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.32 
 
 		 170 aa  40.8  0.008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  24.79 
 
 		 619 aa  41.2  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.88 
 
 		 160 aa  40.8  0.008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2950  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.76 
 
 		 218 aa  40.8  0.009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0521342  normal  0.0653246 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5944  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.53 
 
 		 171 aa  40.8  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1551  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.76 
 
 		 218 aa  40.8  0.009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.202687  normal  0.417908 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.76 
 
 		 218 aa  40.8  0.009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2839  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.09 
 
 		 167 aa  40.8  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0112921  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.16 
 
 		 187 aa  40.8  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2825  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.76 
 
 		 218 aa  40.8  0.01  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.192724  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.5 
 
 		 192 aa  40.8  0.01  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>