77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0406 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0406  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  100 
 
 		 176 aa  351  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1456  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  61.71 
 
 		 170 aa  206  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.275006  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4272  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  63.35 
 
 		 175 aa  199  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0730  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  68 
 
 		 184 aa  197  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.443254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.8 
 
 		 151 aa  69.7  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0619  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.17 
 
 		 182 aa  68.9  0.00000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355022  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 164 aa  64.7  0.0000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.60201  normal  0.0226509 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4192  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.58 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2569  carbohydrate kinase  29.53 
 
 		 373 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00777638  hitchhiker  0.0000000380765 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.83 
 
 		 193 aa  57.4  0.00000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.46 
 
 		 174 aa  57.4  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.66 
 
 		 170 aa  55.8  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 156 aa  53.5  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  25.18 
 
 		 157 aa  52  0.000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0208  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.33 
 
 		 165 aa  50.8  0.00001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3680  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.75 
 
 		 192 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.340738  normal  0.343344 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1518  putative C4-dicarboxylate transport protein DctQ  25.43 
 
 		 232 aa  49.7  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4501  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.84 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.832526  normal  0.604438 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3318  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.24 
 
 		 175 aa  48.5  0.00004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00300706  normal  0.60312 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4769  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.66 
 
 		 190 aa  47.8  0.00009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.107599 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4819  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.08 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.579916 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3965  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.3 
 
 		 191 aa  47  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.123911  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2839  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.77 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0112921  normal  0.28913 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3949  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.11 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3994  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.11 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3869  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.11 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3885  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.11 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4056  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  29.11 
 
 		 157 aa  46.2  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.682013 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8627  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  28.35 
 
 		 643 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.27 
 
 		 156 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5945  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.37 
 
 		 195 aa  46.6  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0274895  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0242  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.71 
 
 		 213 aa  45.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.704366  normal  0.42927 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5227  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.92 
 
 		 195 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.158403 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.08 
 
 		 160 aa  45.4  0.0004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3213  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.69 
 
 		 171 aa  45.1  0.0005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0606  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.11 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.943331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0585  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.11 
 
 		 196 aa  45.1  0.0006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3271  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  25.53 
 
 		 619 aa  45.1  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373435  normal  0.294977 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2207  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 159 aa  44.3  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0554  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.61 
 
 		 176 aa  44.3  0.0008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.29193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0822  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  24.03 
 
 		 628 aa  44.3  0.0009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2261  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.43 
 
 		 194 aa  43.9  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.115661  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2321  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.37 
 
 		 175 aa  43.9  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3328  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28 
 
 		 186 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.303498 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0258  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.89 
 
 		 161 aa  43.5  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2121  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  32.97 
 
 		 620 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1604  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  28.89 
 
 		 161 aa  43.1  0.002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.078531  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2238  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.63 
 
 		 167 aa  43.5  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1073  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.93 
 
 		 172 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004049  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  22.29 
 
 		 224 aa  42.7  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.98 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3945  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.33 
 
 		 157 aa  43.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  17.89 
 
 		 159 aa  42.7  0.003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  28.43 
 
 		 185 aa  42.7  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0446  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.81 
 
 		 187 aa  42.7  0.003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000156898  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1536  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  26.9 
 
 		 638 aa  42.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3763  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.04 
 
 		 174 aa  42.4  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.47 
 
 		 206 aa  42  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.417644  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4816  TRAP C4-dicarboxylate transport system permease DctM subunit  27.07 
 
 		 625 aa  42  0.004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.290966  normal  0.395519 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2114  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.31 
 
 		 194 aa  42  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4015  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.85 
 
 		 186 aa  41.6  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3687  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.37 
 
 		 195 aa  41.6  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.22509 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0414  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.79 
 
 		 186 aa  41.2  0.007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1612  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.15 
 
 		 177 aa  41.2  0.007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000153615  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.66 
 
 		 164 aa  41.2  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3901  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30 
 
 		 173 aa  41.2  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.507253  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3342  hypothetical protein  27.36 
 
 		 159 aa  41.2  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.554631  normal  0.0946666 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5222  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.29 
 
 		 634 aa  40.8  0.009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3265  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  20.86 
 
 		 195 aa  41.2  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.479661  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1362  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.73 
 
 		 181 aa  40.8  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2796  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.65 
 
 		 168 aa  40.8  0.01  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800105  normal  0.575102 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>