82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3521 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3521  trap-type c4-dicarboxylate transport system, small permease  100 
 
 		 160 aa  326  8e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.524477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3351  tripartite ATP-independent periplasmic  99.38 
 
 		 160 aa  325  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3420  tripartite ATP-independent periplasmic  99.38 
 
 		 160 aa  325  1.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.336165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3426  tripartite ATP-independent periplasmic  98.75 
 
 		 160 aa  324  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3807  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  46.15 
 
 		 158 aa  123  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.103113 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0134  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  39.72 
 
 		 163 aa  121  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0100205  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4676  TRAP transporter, DctQ-like membrane protein  44.87 
 
 		 158 aa  120  7e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.58 
 
 		 171 aa  119  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  38.57 
 
 		 156 aa  111  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4339  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  35.44 
 
 		 171 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137549 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4383  trap dicarboxylate transporter subunit DctQ  35.44 
 
 		 171 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.725084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4270  trap dicarboxylate transporter dctq subunit  35.44 
 
 		 171 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.299964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4299  trap dicarboxylate transporter, dctq subunit  35.44 
 
 		 171 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4451  trap dicarboxylate transporter DctQ subunit  34.18 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3219  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.7 
 
 		 176 aa  90.5  8e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0933  ribosomal protein S3  31.97 
 
 		 164 aa  87.8  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0261181  hitchhiker  0.0059553 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2279  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  38.1 
 
 		 170 aa  84.7  4e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.45 
 
 		 192 aa  85.1  4e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1382  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.58 
 
 		 183 aa  72.8  0.000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000585397  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1267  aspartate kinase, monofunctional class  31.01 
 
 		 172 aa  69.3  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.457772  normal  0.0118778 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07670  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system, small permease component  27.46 
 
 		 196 aa  63.2  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2444  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.4 
 
 		 164 aa  61.6  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3751  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.74 
 
 		 170 aa  55.1  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0234  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.62 
 
 		 164 aa  53.9  0.0000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.224777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1646  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.71 
 
 		 186 aa  52.8  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.351495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0788  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.59 
 
 		 156 aa  52  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0860  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.24 
 
 		 174 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.346513 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0760  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.32 
 
 		 160 aa  51.2  0.000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0299127  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1318  C4-dicarboxylate transport system, small subunit  25.19 
 
 		 150 aa  50.8  0.000008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000464953  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1068  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.18 
 
 		 177 aa  49.7  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.261575  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1376  hypothetical protein  30.34 
 
 		 173 aa  48.1  0.00004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5096  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.19 
 
 		 174 aa  48.1  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1732  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.78 
 
 		 155 aa  47.4  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00171017  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4704  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.45 
 
 		 156 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.37 
 
 		 190 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.328098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  24.48 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0961  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  26.49 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.093725  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1090  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.2 
 
 		 165 aa  45.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0890905  normal  0.431557 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5331  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.2 
 
 		 193 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.991967  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0414  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.4 
 
 		 186 aa  45.1  0.0004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1403  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  26.92 
 
 		 174 aa  45.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.392798  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.58 
 
 		 183 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1162  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.7 
 
 		 147 aa  43.9  0.0009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2207  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.8 
 
 		 159 aa  43.5  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3144  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.15 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.36824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0023  permease (transport protein)  29.25 
 
 		 159 aa  43.9  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.352968  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1833  putative TRAP transporter  22.63 
 
 		 188 aa  43.9  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.860518 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1612  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.02 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000153615  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0893  hypothetical protein  24.68 
 
 		 177 aa  43.9  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000529967  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1289  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.08 
 
 		 187 aa  43.1  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.895715 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3587  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.09 
 
 		 173 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.677998  normal  0.475596 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1746  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 160 aa  42.7  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  20.3 
 
 		 177 aa  43.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1524  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25 
 
 		 186 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0215474  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.72 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2716  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.76 
 
 		 233 aa  43.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00307588  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3901  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26 
 
 		 173 aa  42.4  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.507253  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6027  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 190 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0227633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  22.97 
 
 		 178 aa  42.4  0.003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5662  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 190 aa  42  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.652959  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2517  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.76 
 
 		 162 aa  42.4  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.514698  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4015  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  25.74 
 
 		 186 aa  42.4  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1947  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  30.95 
 
 		 635 aa  42  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118826  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2796  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 168 aa  42  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.800105  normal  0.575102 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1506  triosephosphate isomerase (TIM; Triose-phosphateisomerase)  25.16 
 
 		 169 aa  41.6  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3781  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.46 
 
 		 157 aa  41.6  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03380  hypothetical protein  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3945  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3900  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4074  2,3-diketo-L-gulonate TRAP transporter small permease protein YiaM  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03429  predicted transporter  27.46 
 
 		 157 aa  41.2  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3328  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.38 
 
 		 183 aa  41.2  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3117  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 184 aa  41.2  0.006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.573948  hitchhiker  0.000638451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3213  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.53 
 
 		 171 aa  41.2  0.006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4431  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.89 
 
 		 180 aa  40.8  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486198  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.24 
 
 		 164 aa  40.8  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0344722  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1743  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.24 
 
 		 164 aa  40.4  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4951  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  21.48 
 
 		 222 aa  40.8  0.009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740211  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.29 
 
 		 200 aa  40.4  0.01  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2121  TRAP-type C4-dicarboxylate transporter small and large permease  37.7 
 
 		 620 aa  40.4  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1812  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.74 
 
 		 225 aa  40.4  0.01  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.133229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>