More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5448 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5448  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.424863  normal  0.0455036 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2930  L-serine dehydratase, putative  63.79 
 
 		 305 aa  355  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4223  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.05 
 
 		 310 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.249037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2762  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  65.12 
 
 		 305 aa  342  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.951768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  62.95 
 
 		 305 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.173651 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3899  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.75 
 
 		 310 aa  339  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.492177  normal  0.232429 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2842  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  63.58 
 
 		 305 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.298093 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0340  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  55.08 
 
 		 306 aa  329  4e-89  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1229  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.28 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.591536 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0776  L-serine ammonia-lyase  59.2 
 
 		 330 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1257  L-serine ammonia-lyase  59.2 
 
 		 330 aa  311  6.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.43523  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7663  putative L-serine ammonia-lyase  57.81 
 
 		 354 aa  311  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.52012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1136  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  59.87 
 
 		 306 aa  310  1e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3585  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  64.57 
 
 		 310 aa  311  1e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00950446 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1148  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  59.53 
 
 		 306 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177832  normal  0.237793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4400  L-serine ammonia-lyase  57.53 
 
 		 306 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4137  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  50.83 
 
 		 307 aa  242  5e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02390  serine family amino acid catabolism-related protein, putative  43.45 
 
 		 331 aa  223  4e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3526  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.02 
 
 		 305 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.769029  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_5354  predicted protein  46.23 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.86415  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04217  hypothetical pyridoxal phosphate requiring enzyme (Eurofung)  42.73 
 
 		 360 aa  202  8e-51  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_30154  predicted protein  37.22 
 
 		 336 aa  197  1.0000000000000001e-49  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.621842  normal  1 
 
 
-
 
NC_006680  CNK00180  L-serine ammonia-lyase, putative  35.9 
 
 		 425 aa  189  5e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_54974  predicted protein  33.66 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0332644 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6117  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  64.6 
 
 		 198 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.621787  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03866  L-serine dehydratase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07810)  35.09 
 
 		 444 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  33.83 
 
 		 506 aa  136  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  33.83 
 
 		 506 aa  136  5e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1638  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.01 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191621 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0423  threonine dehydratase  30.98 
 
 		 504 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.146858  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04320  threonine dehydratase  30.98 
 
 		 504 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.478208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0227  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  34.74 
 
 		 353 aa  125  6e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3436  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 511 aa  124  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4135  threonine dehydratase, biosynthetic  29.84 
 
 		 501 aa  124  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0273942  hitchhiker  0.00000000359898 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0687  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein subunit beta  35.25 
 
 		 304 aa  123  4e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0704  threonine dehydratase  31 
 
 		 507 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1068  threonine dehydratase  31.88 
 
 		 509 aa  121  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  32.23 
 
 		 418 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  33.46 
 
 		 520 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1660  threonine dehydratase  32.63 
 
 		 403 aa  119  6e-26  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0212485 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08511  threonine dehydratase  29.43 
 
 		 514 aa  119  7e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.306662  hitchhiker  0.00240564 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2363  L-threonine ammonia-lyase  29.97 
 
 		 505 aa  119  7.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.088118 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3416  threonine dehydratase, biosynthetic  30.56 
 
 		 501 aa  119  9e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000175327 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4221  threonine dehydratase  33.66 
 
 		 504 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1794  threonine dehydratase  31.21 
 
 		 514 aa  118  9.999999999999999e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0316  threonine dehydratase  34.47 
 
 		 504 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.167113 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1970  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  31.82 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal  0.218028 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  30.69 
 
 		 403 aa  117  3e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5381  threonine dehydratase  32.58 
 
 		 504 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15381  threonine dehydratase  33.22 
 
 		 514 aa  116  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.313826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5056  threonine dehydratase  33.71 
 
 		 504 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.381788  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5202  threonine dehydratase  33.71 
 
 		 504 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5149  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 504 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.436778 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48270  threonine dehydratase  35.19 
 
 		 504 aa  115  6.9999999999999995e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  29.41 
 
 		 403 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09711  threonine dehydratase  28.72 
 
 		 511 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.139009  normal  0.177122 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1558  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.74 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.813791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1672  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 511 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4846  threonine dehydratase  33.44 
 
 		 504 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0299  threonine dehydratase  28.76 
 
 		 511 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.380007  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0611  threonine dehydratase  30.19 
 
 		 408 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0341122  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47100  threonine dehydratase  29.87 
 
 		 515 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3806  threonine dehydratase, biosynthetic  34.47 
 
 		 507 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.276753  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5288  threonine dehydratase, biosynthetic  34.47 
 
 		 514 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4064  threonine dehydratase  30.2 
 
 		 515 aa  113  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  26.99 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  30.15 
 
 		 402 aa  113  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0128  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  33.64 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  28.44 
 
 		 403 aa  112  7.000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0845  threonine dehydratase  26.64 
 
 		 403 aa  112  8.000000000000001e-24  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2774  threonine dehydratase  33.33 
 
 		 506 aa  112  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.199104  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3125  L-threonine ammonia-lyase  32.7 
 
 		 526 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00487268  normal  0.103539 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  30.15 
 
 		 402 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2666  threonine dehydratase  32.22 
 
 		 509 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_09911  threonine dehydratase  28.47 
 
 		 513 aa  111  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4707  threonine dehydratase  30.99 
 
 		 414 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.832283  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0915  threonine dehydratase  26.3 
 
 		 403 aa  110  3e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1467  threonine dehydratase  28.52 
 
 		 517 aa  110  3e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4405  hypothetical protein  30.8 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.167206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0951  threonine dehydratase  28.19 
 
 		 517 aa  109  5e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2619  threonine dehydratase  34.33 
 
 		 337 aa  109  5e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.399285 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  30.8 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0128  threonine dehydratase  29 
 
 		 503 aa  109  5e-23  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  29.28 
 
 		 405 aa  109  6e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  27.84 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1563  threonine dehydratase, biosynthetic  28.95 
 
 		 507 aa  107  2e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1083  threonine dehydratase  31.5 
 
 		 529 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.715043  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0748  hypothetical protein  31.27 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0137711  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  26.8 
 
 		 403 aa  107  3e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0733  threonine dehydratase  30.74 
 
 		 515 aa  106  4e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.880513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3278  threonine dehydratase  30.68 
 
 		 531 aa  105  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4123  threonine dehydratase  27.39 
 
 		 510 aa  105  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3386  L-threonine ammonia-lyase  32.23 
 
 		 503 aa  105  8e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.334671 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0087  threonine dehydratase  29.9 
 
 		 504 aa  105  8e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  30.03 
 
 		 403 aa  105  9e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  31.25 
 
 		 415 aa  104  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2490  threonine dehydratase  33.94 
 
 		 519 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138025  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0349  threonine dehydratase  29.85 
 
 		 516 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  29.12 
 
 		 400 aa  103  3e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2318  threonine dehydratase  33.7 
 
 		 519 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>