More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9199 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  100 
 
 
290 aa  586  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.16 
 
 
302 aa  315  8e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.8 
 
 
301 aa  313  2.9999999999999996e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  52.16 
 
 
300 aa  312  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.05 
 
 
304 aa  311  9e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
301 aa  309  4e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.59 
 
 
305 aa  303  2.0000000000000002e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.41 
 
 
302 aa  299  5e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
318 aa  292  5e-78  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.15 
 
 
298 aa  290  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.47 
 
 
314 aa  288  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  50.36 
 
 
313 aa  288  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.04 
 
 
295 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.55 
 
 
295 aa  268  7e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.04 
 
 
293 aa  262  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.96 
 
 
292 aa  262  4e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.15 
 
 
302 aa  260  2e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  45.68 
 
 
349 aa  259  4e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  45.68 
 
 
349 aa  259  4e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
295 aa  258  1e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.85 
 
 
309 aa  256  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
317 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
317 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
317 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.01 
 
 
317 aa  255  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
294 aa  248  7e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  44.85 
 
 
312 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.04 
 
 
289 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
298 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
293 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
313 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  42.45 
 
 
299 aa  245  6e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  44.85 
 
 
312 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
290 aa  242  5e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
312 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
292 aa  241  7.999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.38 
 
 
312 aa  241  1e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
292 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  43.38 
 
 
312 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
312 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
312 aa  240  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  44.12 
 
 
357 aa  239  4e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
292 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
309 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.45 
 
 
302 aa  237  2e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
302 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.61 
 
 
288 aa  232  5e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.09 
 
 
302 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
302 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  42.45 
 
 
302 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
302 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.09 
 
 
302 aa  231  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
302 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  41.91 
 
 
310 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  41.91 
 
 
310 aa  230  2e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
319 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.03 
 
 
319 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
309 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
295 aa  196  5.000000000000001e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.99 
 
 
330 aa  188  9e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
335 aa  187  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
330 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
306 aa  182  7e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
323 aa  179  4e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.72 
 
 
307 aa  177  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  31.06 
 
 
295 aa  169  4e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.15 
 
 
323 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.27 
 
 
298 aa  156  4e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
298 aa  145  6e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.25 
 
 
302 aa  145  8.000000000000001e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
298 aa  137  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.53 
 
 
300 aa  136  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.25 
 
 
333 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.63 
 
 
301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20620  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.77 
 
 
348 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.75 
 
 
294 aa  127  3e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.49 
 
 
286 aa  127  3e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000108841  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
328 aa  126  5e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
309 aa  125  1e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
299 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
291 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.51 
 
 
305 aa  123  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.99 
 
 
296 aa  123  5e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0543799999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.04 
 
 
294 aa  122  8e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.24 
 
 
309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1357  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.28 
 
 
316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.21 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  28.78 
 
 
317 aa  120  3e-26  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.71 
 
 
307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.701562  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.54 
 
 
328 aa  119  7e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  29.7 
 
 
320 aa  118  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.31 
 
 
435 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.2 
 
 
310 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>