More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1173 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
330 aa  662    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  95.15 
 
 
330 aa  613  9.999999999999999e-175  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.18 
 
 
335 aa  429  1e-119  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.04 
 
 
295 aa  339  4e-92  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.22 
 
 
323 aa  327  2.0000000000000001e-88  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.25 
 
 
323 aa  320  1.9999999999999998e-86  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
306 aa  317  2e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.56 
 
 
307 aa  300  2e-80  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  45.54 
 
 
295 aa  266  2.9999999999999995e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.77 
 
 
374 aa  263  4e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0906  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.65 
 
 
383 aa  254  1.0000000000000001e-66  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
298 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.71 
 
 
374 aa  244  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.14 
 
 
292 aa  240  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3658  glucose transport system permease protein  38.34 
 
 
372 aa  239  4e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.86 
 
 
302 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
309 aa  236  3e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
298 aa  236  3e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
302 aa  236  5.0000000000000005e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
295 aa  230  2e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
333 aa  229  6e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  39.94 
 
 
349 aa  228  1e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  39.94 
 
 
349 aa  228  1e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  40.19 
 
 
300 aa  227  2e-58  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.13 
 
 
289 aa  226  6e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
317 aa  225  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.37 
 
 
317 aa  225  7e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
293 aa  225  7e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
298 aa  225  1e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.9 
 
 
298 aa  224  2e-57  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.61 
 
 
309 aa  223  4e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  39.51 
 
 
310 aa  222  8e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  39.87 
 
 
310 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  38.89 
 
 
357 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  38.63 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  38.63 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  38.63 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  39.56 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  38.63 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  38.63 
 
 
312 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  39.06 
 
 
312 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
313 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  38.56 
 
 
312 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
312 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
312 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
302 aa  218  1e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
312 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
312 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  38.82 
 
 
299 aa  217  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
292 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
292 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
302 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
290 aa  214  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.46 
 
 
302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
302 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
294 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.78 
 
 
302 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  37.82 
 
 
302 aa  209  8e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
319 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
319 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.88 
 
 
293 aa  206  5e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
309 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
288 aa  205  7e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.91 
 
 
302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  35.76 
 
 
300 aa  193  4e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
301 aa  192  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  33.88 
 
 
313 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  37.25 
 
 
290 aa  190  2.9999999999999997e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
301 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
318 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.25 
 
 
304 aa  188  9e-47  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
302 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.01 
 
 
314 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
298 aa  186  6e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
305 aa  182  7e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
348 aa  155  9e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
295 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
328 aa  152  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.01 
 
 
307 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
319 aa  152  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
295 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  31.01 
 
 
307 aa  152  1e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.76 
 
 
329 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.51 
 
 
299 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.84 
 
 
290 aa  149  9e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.54 
 
 
321 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7347  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  32.29 
 
 
320 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.74 
 
 
309 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.29 
 
 
292 aa  146  6e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.219562  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.02 
 
 
309 aa  145  1e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1549  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  30.7 
 
 
317 aa  144  2e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.649517  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.44 
 
 
316 aa  143  3e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.55 
 
 
299 aa  143  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
294 aa  143  5e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1304  MalF-type ABC sugar transport systems permease component  28.66 
 
 
334 aa  142  7e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00913134  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>