More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1054 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  597  1e-170  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  99.01 
 
 
302 aa  594  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.68 
 
 
302 aa  587  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  91.36 
 
 
302 aa  557  1e-158  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  89.7 
 
 
302 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.7 
 
 
302 aa  548  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  83.72 
 
 
302 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  82.39 
 
 
310 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  82.39 
 
 
310 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.64 
 
 
309 aa  415  9.999999999999999e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.99 
 
 
309 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  60.74 
 
 
312 aa  384  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.8 
 
 
313 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.02 
 
 
312 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.14 
 
 
295 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.4 
 
 
312 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.4 
 
 
312 aa  379  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  58.9 
 
 
299 aa  380  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.54 
 
 
292 aa  378  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  58.61 
 
 
357 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
292 aa  376  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  58.61 
 
 
312 aa  374  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  58.28 
 
 
312 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  60.35 
 
 
289 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  58.8 
 
 
312 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  58.28 
 
 
312 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  58.28 
 
 
312 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  58.28 
 
 
312 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  58.28 
 
 
312 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.19 
 
 
292 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.81 
 
 
312 aa  369  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.82 
 
 
293 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.62 
 
 
294 aa  359  4e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.25 
 
 
292 aa  351  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.1 
 
 
293 aa  345  4e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.33 
 
 
290 aa  345  6e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.6 
 
 
302 aa  344  8e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  58.1 
 
 
349 aa  344  1e-93  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  58.1 
 
 
349 aa  344  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
298 aa  341  8e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.59 
 
 
317 aa  329  4e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.36 
 
 
317 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 
319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.46 
 
 
319 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
317 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
317 aa  325  6e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.65 
 
 
288 aa  302  6.000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
304 aa  261  8e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
318 aa  256  3e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
314 aa  253  3e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  43.12 
 
 
313 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.2 
 
 
305 aa  246  4e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.29 
 
 
295 aa  243  1.9999999999999999e-63  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
301 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
302 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  40.48 
 
 
300 aa  235  6e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
302 aa  232  7.000000000000001e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  42.09 
 
 
290 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
295 aa  222  7e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.12 
 
 
335 aa  217  1e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
295 aa  217  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.8 
 
 
306 aa  211  1e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
323 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
323 aa  203  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
330 aa  202  8e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
307 aa  201  9e-51  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
330 aa  199  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  37.41 
 
 
295 aa  196  6e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
302 aa  179  4.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
298 aa  166  4e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
294 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
298 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
290 aa  154  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
329 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.75 
 
 
299 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.66 
 
 
328 aa  149  6e-35  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  33.68 
 
 
300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.55 
 
 
298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.93 
 
 
291 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
321 aa  144  2e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
299 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
348 aa  141  9.999999999999999e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2010  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  31.67 
 
 
318 aa  141  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.360583  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.53 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0388505  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2784  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
306 aa  136  4e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.390449  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32 
 
 
313 aa  135  8e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
297 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.96 
 
 
309 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.556907  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3227  extracellular solute-binding protein family 1  33.05 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00159401  normal  0.987884 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1219  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
297 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3837  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.36 
 
 
350 aa  128  9.000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.344745  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  29.43 
 
 
275 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
317 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.143445 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.07 
 
 
313 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.308138  normal  0.32687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>