More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1109 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  594  1e-169  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  72.7 
 
 
313 aa  434  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.66 
 
 
318 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.57 
 
 
314 aa  433  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.23 
 
 
304 aa  422  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.71 
 
 
295 aa  311  5.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.16 
 
 
295 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.98 
 
 
302 aa  305  9.000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
305 aa  301  8.000000000000001e-81  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  51.44 
 
 
290 aa  295  5e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  46.42 
 
 
300 aa  294  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 
309 aa  293  3e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
301 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
309 aa  290  2e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 
301 aa  288  6e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.69 
 
 
302 aa  286  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  46.18 
 
 
299 aa  275  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.08 
 
 
302 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.39 
 
 
302 aa  272  5.000000000000001e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.36 
 
 
302 aa  270  2e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  45.7 
 
 
302 aa  268  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
302 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
290 aa  266  2e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.42 
 
 
302 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.75 
 
 
302 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 
302 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  44.67 
 
 
310 aa  264  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  44.67 
 
 
310 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  45.52 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  45.52 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  45.52 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  45.52 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  45.52 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.33 
 
 
295 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.59 
 
 
292 aa  263  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  46.24 
 
 
312 aa  263  3e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  45.16 
 
 
312 aa  262  4e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
292 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
312 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
312 aa  260  2e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
312 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  44.8 
 
 
357 aa  258  7e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
292 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
317 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
317 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
317 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
317 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.71 
 
 
293 aa  255  7e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
298 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.33 
 
 
289 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.8 
 
 
313 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
312 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  44.44 
 
 
312 aa  250  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
302 aa  248  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.1 
 
 
292 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
319 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.87 
 
 
294 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
309 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  39.93 
 
 
349 aa  241  9e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
349 aa  241  9e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
293 aa  240  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
288 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
295 aa  194  2e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.95 
 
 
330 aa  185  8e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
330 aa  185  8e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.99 
 
 
306 aa  175  6e-43  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
307 aa  169  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
335 aa  169  6e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
323 aa  167  1e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
323 aa  166  4e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  31.75 
 
 
295 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
298 aa  159  6e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
298 aa  147  3e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
309 aa  143  3e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.61 
 
 
298 aa  142  5e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
333 aa  141  9.999999999999999e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.64 
 
 
313 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.394829 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5199  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
312 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0867066 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
299 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.72 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.1 
 
 
290 aa  132  6e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.52 
 
 
318 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949955  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.190953  hitchhiker  0.00155627 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5053  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.16 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0625824  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.05 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0362  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
312 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.541424  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1182  sugar ABC transporter, permease protein, putative  33.62 
 
 
319 aa  127  3e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.547049  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3909  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.68 
 
 
305 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.172275 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11550  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.54 
 
 
354 aa  127  3e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.0144146 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.34 
 
 
313 aa  127  3e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.53 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1085  putative sugar ABC transporter, permease protein  33.62 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.589946  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.79 
 
 
294 aa  126  5e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
329 aa  126  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.3 
 
 
305 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.980812  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.87 
 
 
299 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.35 
 
 
348 aa  124  1e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>