72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6009 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6009  transcriptional regulator Lrp family  100 
 
 		 78 aa  160  8.000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3788  transcriptional regulator, AsnC family  78.21 
 
 		 78 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4117  transcriptional regulator, AsnC family  75.64 
 
 		 78 aa  137  7e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0151  AsnC family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 78 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0672786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3948  AsnC family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 78 aa  130  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0115  AsnC family transcriptional regulator  67.95 
 
 		 78 aa  126  1.0000000000000001e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.175282  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0103  transcriptional regulator, putative  67.95 
 
 		 78 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.196316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0100  putative transcriptional regulator  67.95 
 
 		 100 aa  125  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0651  AsnC family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 78 aa  117  7e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3011  AsnC family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 78 aa  116  7.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.1526  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0958  AsnC family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 78 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2618  AsnC family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 78 aa  113  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.484016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0863  transcriptional regulator  60.26 
 
 		 78 aa  102  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.294735 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2032  AsnC family transcriptional regulator  60 
 
 		 79 aa  101  3e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.543407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4452  AsnC family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 86 aa  99.4  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.683872  normal  0.325432 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1309  AsnC family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  91.7  3e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1081  transcriptional regulator  48.72 
 
 		 81 aa  92  3e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.276105 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5601  AsnC family transcriptional regulator  50 
 
 		 81 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.716998  normal  0.128445 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1442  AsnC family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 81 aa  86.7  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.572218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4494  transcriptional regulator, AsnC family  47.44 
 
 		 81 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0316  AsnC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 78 aa  84  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1981  AsnC family transcriptional regulator  43.59 
 
 		 78 aa  81.6  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.254256 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1946  transcriptional regulator, AsnC family  43.59 
 
 		 78 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.215411  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5930  AsnC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 79 aa  79.7  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.681612  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1627  regulatory proteins, AsnC/Lrp  52.56 
 
 		 92 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1616  AsnC family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 81 aa  77.8  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3463  AsnC family transcriptional regulator  43.04 
 
 		 95 aa  67.4  0.00000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0784  AsnC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 82 aa  64.7  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.268379 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0776  transcriptional regulator, AsnC family  38.46 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.221352  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0739  AsnC family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0383278  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0776  transcriptional regulator, AsnC family  38.46 
 
 		 82 aa  58.9  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1472  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 88 aa  57  0.00000009  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0880758  normal  0.0357599 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2005  transcriptional regulator, AsnC family  35.9 
 
 		 93 aa  54.3  0.0000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.174457  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3195  AsnC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 92 aa  53.1  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0002664  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1025  AsnC family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 91 aa  48.9  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.190582  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0029  AsnC family transcriptional regulator  40 
 
 		 94 aa  48.5  0.00003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15740  transcriptional regulator, AsnC family  38.71 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.229331  normal  0.978576 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1944  transcriptional regulator, AsnC family  29.49 
 
 		 93 aa  47.8  0.00005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102103 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0489  transcriptional regulator, AsnC family  34.25 
 
 		 77 aa  47  0.0001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3337  transcriptional regulator, AsnC family  38.71 
 
 		 95 aa  46.2  0.0001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1299  AsnC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 95 aa  45.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.882741 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2072  transcriptional regulator, AsnC family  32.05 
 
 		 93 aa  46.2  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2207  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 93 aa  45.4  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00384601  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3139  transcriptional regulator, AsnC family  37.1 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3517  AsnC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31820  transcriptional regulator, AsnC family  30.56 
 
 		 155 aa  45.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.760831 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3129  AsnC family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 92 aa  45.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3052  Transcription regulator, AsnC-type-like protein  32.26 
 
 		 92 aa  45.1  0.0004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1107  AsnC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 92 aa  44.3  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.101145 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4348  transcriptional regulator, AsnC family  34.72 
 
 		 160 aa  44.3  0.0005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.328152  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3066  transcriptional regulator, AsnC family  33.87 
 
 		 94 aa  44.3  0.0006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0051918  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2826  transcriptional regulator, AsnC family  28.38 
 
 		 148 aa  44.3  0.0006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2681  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.77 
 
 		 95 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.82034 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3248  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.77 
 
 		 92 aa  43.5  0.0009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.537577  normal  0.0672811 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3379  AsnC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1320  transcriptional regulator, AsnC family  40 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.0636599 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4124  transcriptional regulator, AsnC family  33.33 
 
 		 94 aa  42.4  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3945  AsnC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 92 aa  42.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292927 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2687  transcriptional regulator, AsnC family  30.65 
 
 		 91 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.948592  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3744  putative transcriptional regulator, AsnC family  37.29 
 
 		 159 aa  42  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.111718  normal  0.01077 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3216  AsnC family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 163 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4221  AsnC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 168 aa  42  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.816272 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3290  AsnC/Lrp family regulatory protein  29.49 
 
 		 95 aa  41.2  0.004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.717659 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1686  transcriptional regulator, AsnC family  31.08 
 
 		 95 aa  41.6  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.253834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3522  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 95 aa  41.2  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.527103  hitchhiker  0.0052934 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6098  transcriptional regulator, AsnC family  32.26 
 
 		 92 aa  40.8  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0740219 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1507  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 94 aa  40.8  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0935679 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10710  transcriptional regulator, AsnC family  32.26 
 
 		 94 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.500225 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1082  AsnC family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1458  transcriptional regulator, AsnC family  24.36 
 
 		 92 aa  40.4  0.009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8006  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.99 
 
 		 77 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.645684 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4128  AsnC family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 158 aa  40  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.472167 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>