72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1616 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1616  AsnC family transcriptional regulator  100 
 
 		 81 aa  166  7e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1627  regulatory proteins, AsnC/Lrp  98.77 
 
 		 92 aa  165  2e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4494  transcriptional regulator, AsnC family  92.59 
 
 		 81 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.860054  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1081  transcriptional regulator  91.36 
 
 		 81 aa  155  1e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.276105 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1309  AsnC family transcriptional regulator  91.36 
 
 		 81 aa  154  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1442  AsnC family transcriptional regulator  90.12 
 
 		 81 aa  153  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.572218  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5601  AsnC family transcriptional regulator  88.61 
 
 		 81 aa  148  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.716998  normal  0.128445 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4452  AsnC family transcriptional regulator  76.92 
 
 		 86 aa  129  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.683872  normal  0.325432 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0316  AsnC family transcriptional regulator  66.67 
 
 		 78 aa  110  7.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.187228 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1946  transcriptional regulator, AsnC family  66.67 
 
 		 78 aa  109  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.215411  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1981  AsnC family transcriptional regulator  62.82 
 
 		 78 aa  100  1e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.254256 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5930  AsnC family transcriptional regulator  57.69 
 
 		 79 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.681612  normal  0.0101093 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3948  AsnC family transcriptional regulator  55.13 
 
 		 78 aa  95.5  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3788  transcriptional regulator, AsnC family  52.56 
 
 		 78 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0651  AsnC family transcriptional regulator  56.41 
 
 		 78 aa  92.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4117  transcriptional regulator, AsnC family  52.56 
 
 		 78 aa  92.8  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6009  transcriptional regulator Lrp family  51.28 
 
 		 78 aa  92  3e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3463  AsnC family transcriptional regulator  57.5 
 
 		 95 aa  91.7  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0151  AsnC family transcriptional regulator  50 
 
 		 78 aa  89.7  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0672786 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3011  AsnC family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 78 aa  86.7  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.1526  normal  0.546304 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0958  AsnC family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 78 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2618  AsnC family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 78 aa  86.3  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.484016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0863  transcriptional regulator  50 
 
 		 78 aa  83.6  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.294735 
 
 
-
 
NC_004310  BR0103  transcriptional regulator, putative  47.44 
 
 		 78 aa  81.3  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.196316  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0115  AsnC family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 78 aa  80.9  0.000000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.175282  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0100  putative transcriptional regulator  47.44 
 
 		 100 aa  80.9  0.000000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0784  AsnC family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 82 aa  77.8  0.00000000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.268379 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2032  AsnC family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 79 aa  77.8  0.00000000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.543407 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1472  AsnC family transcriptional regulator  50.63 
 
 		 88 aa  77.4  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0880758  normal  0.0357599 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0739  AsnC family transcriptional regulator  44.74 
 
 		 82 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0383278  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0776  transcriptional regulator, AsnC family  44.74 
 
 		 82 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0776  transcriptional regulator, AsnC family  44.74 
 
 		 82 aa  74.3  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.221352  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1299  AsnC family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 95 aa  53.5  0.0000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.882741 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3066  transcriptional regulator, AsnC family  32.05 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0051918  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3517  AsnC family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 93 aa  48.5  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.255402 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3139  transcriptional regulator, AsnC family  32.05 
 
 		 91 aa  48.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2687  transcriptional regulator, AsnC family  32.1 
 
 		 91 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.948592  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2704  transcriptional regulator, AsnC family  29.63 
 
 		 92 aa  47.4  0.00008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3052  Transcription regulator, AsnC-type-like protein  29.49 
 
 		 92 aa  47  0.00009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0627  AsnC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 80 aa  45.4  0.0003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.959135 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1025  AsnC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 91 aa  45.1  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.190582  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0884  AsnC family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 91 aa  44.7  0.0004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.218469  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1590  AsnC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 80 aa  44.7  0.0004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.947785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2681  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.77 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.82034 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1944  transcriptional regulator, AsnC family  27.85 
 
 		 93 aa  43.5  0.0009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102103 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16160  transcriptional regulator, AsnC family  30.38 
 
 		 93 aa  43.5  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0330214  normal  0.554236 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3945  AsnC family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 92 aa  43.5  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.292927 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3129  AsnC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 92 aa  43.5  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0710  AsnC/Lrp family regulatory protein  27.4 
 
 		 77 aa  43.1  0.001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3337  transcriptional regulator, AsnC family  34.43 
 
 		 95 aa  42.4  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4124  transcriptional regulator, AsnC family  34.18 
 
 		 94 aa  42.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2072  transcriptional regulator, AsnC family  30.38 
 
 		 93 aa  42.7  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0822  AsnC family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 80 aa  42.7  0.002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3248  putative transcriptional regulator, AsnC family  30.77 
 
 		 92 aa  42.4  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.537577  normal  0.0672811 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1524  AsnC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.0000133196 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8039  transcriptional regulator, AsnC family  36.11 
 
 		 79 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1107  AsnC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 92 aa  42.4  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.394074  normal  0.101145 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10710  transcriptional regulator, AsnC family  36.67 
 
 		 94 aa  41.6  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.500225 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1895  transcriptional regulator, AsnC family  28.21 
 
 		 93 aa  41.6  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0969365  decreased coverage  0.000000883258 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0029  AsnC family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 94 aa  41.2  0.004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12100  transcriptional regulator, AsnC family  25.93 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0479216  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5226  transcriptional regulator, AsnC family  25.64 
 
 		 91 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1485  AsnC family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 79 aa  41.2  0.005  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2207  AsnC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 93 aa  40.8  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00384601  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1274  AsnC/Lrp family regulatory protein  29.58 
 
 		 77 aa  40.8  0.006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.228348  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15740  transcriptional regulator, AsnC family  29.51 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.229331  normal  0.978576 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0619  AsnC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 99 aa  40.4  0.007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.742984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1164  AsnC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 77 aa  40.4  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000232378 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2259  transcriptional regulator, AsnC family  30.67 
 
 		 76 aa  40.4  0.008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0061  AsnC family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 90 aa  40.4  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.492726 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1686  transcriptional regulator, AsnC family  27.16 
 
 		 95 aa  40.4  0.009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.253834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0642  AsnC family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 79 aa  40.4  0.009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>