77 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3325 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3325  hypothetical protein  100 
 
 
410 aa  847    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.414273  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4495  hypothetical protein  75.86 
 
 
410 aa  657    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122524  normal  0.0576102 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3141  protein of unknown function DUF989  75.91 
 
 
412 aa  675    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.182707  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2869  protein of unknown function DUF989  76.64 
 
 
412 aa  673    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.492363 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0455  hypothetical protein  70.42 
 
 
411 aa  624  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.730035  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0353  hypothetical protein  70.42 
 
 
414 aa  618  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2837  hypothetical protein  70.79 
 
 
404 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4624  hypothetical protein  68.3 
 
 
412 aa  595  1e-169  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.449143 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3268  hypothetical protein  67.49 
 
 
406 aa  566  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.152004 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3583  class I monoheme cytochrome c  67.49 
 
 
406 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.22446  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3889  hypothetical protein  66.17 
 
 
408 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.619788 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3914  hypothetical protein  63.64 
 
 
415 aa  520  1e-146  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.410571  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3478  hypothetical protein  64.37 
 
 
419 aa  519  1e-146  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.300585  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2611  hypothetical protein  60.58 
 
 
413 aa  520  1e-146  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.904057 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3207  protein of unknown function DUF989  60.3 
 
 
410 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.175006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2045  hypothetical protein  53.83 
 
 
394 aa  429  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.654077 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6197  hypothetical protein  47.33 
 
 
417 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.328689 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3294  hypothetical protein  45.86 
 
 
407 aa  373  1e-102  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.198313  normal  0.824259 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3709  hypothetical protein  44.61 
 
 
394 aa  354  1e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.191189  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2061  protein of unknown function DUF989  45.01 
 
 
416 aa  345  8e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.076874  hitchhiker  0.00707187 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2433  hypothetical protein  45.27 
 
 
401 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1071  protein of unknown function DUF989  44.28 
 
 
416 aa  341  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.276689  decreased coverage  0.0064959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1742  hypothetical protein  44.53 
 
 
416 aa  340  2e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.364347  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2071  hypothetical protein  46.13 
 
 
400 aa  339  5.9999999999999996e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2384  hypothetical protein  46.27 
 
 
400 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.739988  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2426  hypothetical protein  46.27 
 
 
400 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2529  hypothetical protein  46.27 
 
 
400 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0707182  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5269  hypothetical protein  45.39 
 
 
397 aa  333  3e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.165228 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1958  hypothetical protein  45.05 
 
 
397 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1982  hypothetical protein  45.05 
 
 
397 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0964885 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6120  hypothetical protein  45.05 
 
 
397 aa  329  4e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.469522  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1932  protein of unknown function DUF989  43.87 
 
 
425 aa  329  5.0000000000000004e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0776481 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1311  hypothetical protein  45.07 
 
 
397 aa  329  6e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0221433 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2255  protein of unknown function DUF989  43.68 
 
 
418 aa  329  7e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0886  hypothetical protein  44.03 
 
 
402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0272876  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1946  hypothetical protein  45.05 
 
 
397 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1702  hypothetical protein  38.97 
 
 
437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.317159  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1873  hypothetical protein  45.05 
 
 
397 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.147429  normal  0.121684 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2115  hypothetical protein  44.9 
 
 
414 aa  325  7e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.766441  normal  0.766532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2761  hypothetical protein  38.9 
 
 
430 aa  324  2e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.654808  normal  0.643822 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3670  hypothetical protein  40.91 
 
 
421 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.753123  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1932  hypothetical protein  44.8 
 
 
397 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.781025  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2325  protein of unknown function DUF989  43.56 
 
 
397 aa  315  9e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.547716  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1805  hypothetical protein  39.48 
 
 
430 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.916296  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1295  hypothetical protein  43.39 
 
 
396 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.353438  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1345  protein of unknown function DUF989  40.64 
 
 
397 aa  310  4e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.20155  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0835  protein of unknown function DUF989  39.21 
 
 
398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.510797  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21090  hypothetical protein  41.96 
 
 
389 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0855882  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4873  hypothetical protein  40.1 
 
 
401 aa  300  2e-80  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3615  hypothetical protein  37.35 
 
 
442 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.130992  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0780  putative transmembrane protein  42.36 
 
 
399 aa  296  3e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1917  hypothetical protein  36.67 
 
 
448 aa  296  4e-79  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.159844  normal  0.631971 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1579  hypothetical protein  38.66 
 
 
442 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3922  protein of unknown function DUF989  40.88 
 
 
401 aa  296  6e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.222073  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4289  hypothetical protein  38.3 
 
 
446 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3853  hypothetical protein  37.12 
 
 
442 aa  295  7e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0186652  normal  0.587321 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2430  hypothetical protein  39.02 
 
 
404 aa  293  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1142  hypothetical protein  40.49 
 
 
406 aa  292  8e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44880  hypothetical protein  39.61 
 
 
425 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.798821  normal  0.217943 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1151  hypothetical protein  41.73 
 
 
399 aa  286  4e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.782988  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1103  hypothetical protein  40.34 
 
 
400 aa  285  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.156195 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3822  hypothetical protein  38.83 
 
 
423 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0115673  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1430  putative transmembrane protein  38.89 
 
 
405 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.3347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0357  hypothetical protein  39.76 
 
 
405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.155454 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1119  hypothetical protein  38.44 
 
 
405 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.697257 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02521  predicted membrane protein  36.6 
 
 
426 aa  273  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.216294  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0780  hypothetical protein  38.92 
 
 
408 aa  269  8e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0430239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1048  protein of unknown function DUF989  40.44 
 
 
401 aa  268  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1128  hypothetical protein  40.2 
 
 
401 aa  266  5e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.143546  normal  0.514398 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1781  protein of unknown function DUF989  36.59 
 
 
438 aa  260  3e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.201182 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1391  hypothetical protein  35.51 
 
 
438 aa  245  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.196967  normal  0.0829452 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1897  hypothetical protein  25.65 
 
 
202 aa  54.7  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.169609  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2128  hypothetical protein  33.33 
 
 
443 aa  53.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.3228 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1372  hypothetical protein  24.03 
 
 
174 aa  51.2  0.00003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0576  hypothetical protein  30.23 
 
 
197 aa  44.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1384  hypothetical protein  31.78 
 
 
197 aa  44.7  0.003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2966  hypothetical protein  35 
 
 
236 aa  43.9  0.005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.280918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>