More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2696 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_2696  ABC transporter membrane spanning protein (agrocinopine)  100 
 
 
288 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
293 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.08 
 
 
293 aa  257  2e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6468  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  49.65 
 
 
285 aa  256  4e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.787474  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 
288 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0298943  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
307 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.4 
 
 
283 aa  226  3e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.28217  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.06 
 
 
310 aa  208  9e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.79 
 
 
284 aa  192  6e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.63 
 
 
312 aa  191  9e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
293 aa  189  5e-47  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.49 
 
 
284 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.48 
 
 
322 aa  188  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.15 
 
 
321 aa  185  6e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
293 aa  185  6e-46  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
313 aa  185  7e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.8 
 
 
290 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.49 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
300 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.85 
 
 
301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.63 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
295 aa  183  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  42.46 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
304 aa  182  4.0000000000000006e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.53 
 
 
309 aa  181  1e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.5 
 
 
285 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
497 aa  180  2e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
280 aa  180  2e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.6 
 
 
282 aa  179  4e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
280 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
495 aa  178  8e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.51 
 
 
283 aa  178  8e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  hitchhiker  0.000000145682 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.29 
 
 
293 aa  178  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.08 
 
 
307 aa  178  8e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.55 
 
 
284 aa  178  9e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317489  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.21 
 
 
496 aa  178  9e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.22 
 
 
294 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0874  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
310 aa  177  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
315 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
273 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.609485 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2420  dipeptide ABC transport system inner membrane binding component DppC  38.67 
 
 
288 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000767733 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
485 aa  176  3e-43  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
299 aa  176  3e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
304 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
307 aa  176  4e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1799  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
285 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.160899  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
307 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
296 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  39.3 
 
 
479 aa  176  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
494 aa  175  6e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 
302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.76 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
303 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
287 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.78 
 
 
304 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.32 
 
 
344 aa  174  9.999999999999999e-43  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.23 
 
 
291 aa  174  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.17 
 
 
297 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  38.67 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  38.4 
 
 
473 aa  173  1.9999999999999998e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.67 
 
 
300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.69 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 
298 aa  173  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  39.46 
 
 
295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
310 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.17 
 
 
296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
280 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
296 aa  172  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  37.65 
 
 
284 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  39.02 
 
 
300 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.59 
 
 
288 aa  172  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
300 aa  172  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.21 
 
 
339 aa  172  5.999999999999999e-42  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
308 aa  172  5.999999999999999e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.17 
 
 
284 aa  172  5.999999999999999e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
304 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
302 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4214  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.96 
 
 
287 aa  171  9e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
300 aa  171  9e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.08 
 
 
282 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.962921 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
310 aa  171  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
308 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
301 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  38.04 
 
 
301 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4537  peptide ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
287 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
283 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.843996 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
326 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230342  normal  0.0495653 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.84 
 
 
867 aa  171  2e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
303 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.46 
 
 
305 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.58779  normal  0.456296 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.46 
 
 
284 aa  170  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
274 aa  169  3e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5233  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.43 
 
 
283 aa  170  3e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.85 
 
 
279 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0684403  hitchhiker  0.00159675 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.6 
 
 
302 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.59 
 
 
300 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  40.78 
 
 
276 aa  169  5e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>