More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2853 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2853  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
293 aa  573  1.0000000000000001e-163  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  82.94 
 
 
293 aa  480  1e-134  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  78.52 
 
 
288 aa  437  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0298943  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6468  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  72.93 
 
 
285 aa  397  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.787474  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.96 
 
 
307 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2696  ABC transporter membrane spanning protein (agrocinopine)  50.72 
 
 
288 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.62 
 
 
283 aa  240  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.28217  normal  0.161189 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.17 
 
 
293 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
309 aa  185  7e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  38.28 
 
 
279 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.2 
 
 
282 aa  181  1e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.39 
 
 
284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5065  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
284 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.63 
 
 
285 aa  176  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
280 aa  176  3e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
280 aa  175  7e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
497 aa  174  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.49 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4965  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.97 
 
 
309 aa  174  9.999999999999999e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.031791  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
495 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  39.76 
 
 
302 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.26 
 
 
298 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  37.36 
 
 
301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.13 
 
 
299 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  34.13 
 
 
299 aa  172  5e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  34.13 
 
 
299 aa  172  5e-42  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.05 
 
 
294 aa  172  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  34.13 
 
 
299 aa  172  5e-42  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  34.13 
 
 
299 aa  172  5.999999999999999e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1188  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
284 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.317489  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.27 
 
 
284 aa  171  1e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
308 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
305 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2265  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.18 
 
 
302 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0825509  normal  0.518355 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
285 aa  171  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.54 
 
 
298 aa  170  2e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7518  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  37.64 
 
 
295 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5291  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  41.09 
 
 
282 aa  170  3e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
297 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3031  ABC peptide/opine transporter, inner membrane subunit  38.83 
 
 
297 aa  170  3e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.09 
 
 
293 aa  170  3e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
287 aa  170  3e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  37.25 
 
 
282 aa  169  4e-41  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
312 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
302 aa  169  4e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
304 aa  169  4e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
285 aa  169  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
278 aa  169  7e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0280808  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4457  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
283 aa  168  8e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.509677  hitchhiker  0.000000145682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
310 aa  168  8e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.361284  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.45 
 
 
473 aa  168  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
485 aa  168  1e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
299 aa  167  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.32 
 
 
494 aa  168  1e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.91 
 
 
479 aa  167  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
318 aa  167  2e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.4 
 
 
299 aa  167  2e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.84 
 
 
300 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.87 
 
 
299 aa  166  5e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  36.94 
 
 
301 aa  165  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.41 
 
 
317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158741  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
274 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.15 
 
 
284 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
310 aa  165  6.9999999999999995e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.04 
 
 
307 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  37.04 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5411  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.06 
 
 
300 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
496 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.06 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5540  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.988714  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
300 aa  163  3e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.407507  hitchhiker  0.0072251 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 
307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
299 aa  163  4.0000000000000004e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.8 
 
 
307 aa  162  6e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
300 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.84 
 
 
319 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
304 aa  162  7e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0220  oligopeptide ABC transporter permease  36.06 
 
 
307 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  34.58 
 
 
307 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0811  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.23 
 
 
308 aa  161  1e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.261533  normal  0.347061 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0233  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.06 
 
 
307 aa  161  1e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.24 
 
 
311 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.23044 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.65 
 
 
309 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0133436 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0839  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.36 
 
 
300 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2053  peptide ABC transporter permease  37.8 
 
 
303 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.942235  normal  0.455607 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
280 aa  161  2e-38  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.41 
 
 
304 aa  160  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.8 
 
 
301 aa  160  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
303 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.551804 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1536  oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  39.75 
 
 
300 aa  160  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.42 
 
 
293 aa  160  3e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>