More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4214 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4214  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
287 aa  567  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4537  peptide ABC transporter, permease protein  95.12 
 
 
287 aa  489  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6193  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.31 
 
 
283 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.843996 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.66 
 
 
282 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.962921 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3250  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  75.98 
 
 
275 aa  358  8e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0284368  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.98 
 
 
275 aa  358  8e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
300 aa  223  3e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.5 
 
 
273 aa  219  5e-56  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.59 
 
 
287 aa  218  1e-55  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
299 aa  216  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0805  ABC dipeptide transporter, inner membrane subunit DppC  44 
 
 
300 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2463  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
300 aa  215  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.342595  normal  0.319214 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
309 aa  215  8e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
307 aa  213  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  41.82 
 
 
285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2716  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.4 
 
 
301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.6 
 
 
303 aa  212  5.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
313 aa  211  7.999999999999999e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.34 
 
 
287 aa  211  1e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.144364 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.79 
 
 
293 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
299 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.82 
 
 
289 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 
300 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.284254  normal  0.579699 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.77 
 
 
301 aa  209  5e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.61 
 
 
495 aa  209  5e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
307 aa  208  9e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.52 
 
 
319 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.98941 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.67 
 
 
296 aa  207  1e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18770  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  42.7 
 
 
317 aa  206  2e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0353582  normal  0.252754 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.75 
 
 
307 aa  207  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
304 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.637669  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.86 
 
 
291 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.81 
 
 
479 aa  206  5e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2922  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.7 
 
 
285 aa  205  6e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
305 aa  205  6e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0186771  normal  0.317689 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
304 aa  205  7e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
494 aa  205  7e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0349  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  42.68 
 
 
283 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
497 aa  205  8e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
485 aa  204  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  40.36 
 
 
301 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  40 
 
 
301 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  40.15 
 
 
284 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.03 
 
 
309 aa  203  3e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.34 
 
 
310 aa  203  3e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
300 aa  202  6e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.641847 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  45.37 
 
 
473 aa  201  9e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 
282 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  41.46 
 
 
300 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.43 
 
 
284 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.16 
 
 
310 aa  201  9.999999999999999e-51  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
280 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1250  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
301 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.02 
 
 
312 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
303 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  38.85 
 
 
867 aa  200  3e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5086  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
296 aa  199  3e-50  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.206147 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
305 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
277 aa  199  5e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.29 
 
 
285 aa  199  6e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4051  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.15 
 
 
306 aa  199  7e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.722195  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2115  peptide ABC transporter membrane protein  41.56 
 
 
286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
301 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
496 aa  197  1.0000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
286 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.15122  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
359 aa  198  1.0000000000000001e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1080  peptide ABC transporter, permease protein  41.83 
 
 
281 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0826305  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.92 
 
 
280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0162  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.18 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
295 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
287 aa  194  1e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
274 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.37 
 
 
321 aa  194  2e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
293 aa  194  2e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
300 aa  194  2e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0643  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.5 
 
 
292 aa  193  3e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
293 aa  193  3e-48  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  38.24 
 
 
288 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
287 aa  193  3e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  41.86 
 
 
300 aa  193  3e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.55 
 
 
300 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.31 
 
 
285 aa  192  4e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.86 
 
 
300 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.86 
 
 
300 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4047  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.63 
 
 
300 aa  192  5e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2058  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
290 aa  192  7e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.395378  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0718  putative dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 
298 aa  191  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.724633  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3383  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.51 
 
 
285 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.247848 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41 
 
 
304 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.15 
 
 
284 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  38.77 
 
 
276 aa  190  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
304 aa  190  2e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
289 aa  189  5e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0801  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.13 
 
 
296 aa  188  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.232197  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.82 
 
 
308 aa  188  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5440  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.24 
 
 
310 aa  188  9e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00362913 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1570  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  38.65 
 
 
298 aa  188  9e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0805  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
283 aa  187  1e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.789025  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4119  ATP-dependent peptide transporter membrane subunit  41.01 
 
 
282 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.143493 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>