46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_0690 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013203  Apar_0690  16S rRNA-processing protein  100 
 
 		 152 aa  300  6.000000000000001e-81  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000088438  hitchhiker  0.000440701 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10990  16S rRNA processing protein RimM  41.61 
 
 		 185 aa  95.1  3e-19  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000722638  unclonable  0.00000000154535 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00330  16S rRNA processing protein RimM  41.45 
 
 		 234 aa  90.5  7e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000114022  hitchhiker  0.0000000000400055 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1380  PRC-barrel domain protein  36.99 
 
 		 173 aa  73.6  0.0000000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.00000000425186  normal  0.828358 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0712  16S rRNA-processing protein RimM  28.87 
 
 		 169 aa  51.2  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000237491  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1523  16S rRNA processing protein RimM  32.32 
 
 		 167 aa  50.8  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000298148  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1535  16S rRNA processing protein RimM  29.31 
 
 		 166 aa  50.1  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00265207  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3693  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.00000000000284682  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3890  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000177338  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1491  16S rRNA processing protein RimM  31.11 
 
 		 173 aa  48.5  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0241337  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3884  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000398495  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3761  16S rRNA processing protein RimM  29.73 
 
 		 173 aa  48.9  0.00003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000217474  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0118  16S rRNA processing protein RimM  25 
 
 		 184 aa  48.5  0.00003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.561423 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3583  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  3.00886e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3980  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000074804  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3601  16S rRNA-processing protein RimM  31.5 
 
 		 171 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000000000000401419  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1096  16S rRNA processing protein RimM  28.83 
 
 		 152 aa  47  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0393461  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2222  16S rRNA processing protein  28.85 
 
 		 175 aa  46.2  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.646e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1293  16S rRNA processing protein RimM  31.43 
 
 		 169 aa  45.8  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000894981  normal  0.803159 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2494  16S rRNA-processing protein RimM  31.48 
 
 		 171 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000966692  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3855  16S rRNA processing protein RimM  32.08 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.46605e-63 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3429  16S rRNA processing protein RimM  26.4 
 
 		 172 aa  44.3  0.0005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000572848  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1803  16S rRNA processing protein RimM  27.52 
 
 		 178 aa  44.3  0.0005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000356142  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2581  16S rRNA processing protein RimM  27.68 
 
 		 186 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00383976  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3491  16S rRNA processing protein RimM  26.4 
 
 		 172 aa  43.9  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.92497e-30 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2051  16S rRNA processing protein RimM  29.51 
 
 		 167 aa  43.9  0.0007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0800  16S rRNA processing protein RimM  28.3 
 
 		 166 aa  43.9  0.0008  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0383963  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1323  16S rRNA-processing protein RimM  29.36 
 
 		 167 aa  43.9  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000721778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1298  16S rRNA-processing protein RimM  29.36 
 
 		 167 aa  43.9  0.0008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000105261  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1016  16S rRNA processing protein RimM  30.39 
 
 		 169 aa  43.9  0.0009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000810353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1397  16S rRNA processing protein RimM  31.13 
 
 		 168 aa  43.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000193621  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3941  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 		 171 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000195727  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1302  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 		 171 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000535622  unclonable  1.06066e-25 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0104  16S rRNA processing protein RimM  30.56 
 
 		 177 aa  42.7  0.002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2406  16S rRNA-processing protein RimM  27.93 
 
 		 169 aa  42.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000189149  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1710  16S rRNA-processing protein RimM  29.91 
 
 		 167 aa  42.4  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000120991  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1300  16S rRNA processing protein RimM  28.04 
 
 		 174 aa  42.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3665  16S rRNA-processing protein RimM  29.63 
 
 		 171 aa  41.6  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000001599  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_17931  16S rRNA-processing protein RimM  28.24 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1390  16S rRNA processing protein RimM  33.64 
 
 		 163 aa  41.2  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0279558  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2869  16S rRNA processing protein RimM  28.57 
 
 		 173 aa  41.2  0.005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000257467  hitchhiker  0.000000637329 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1094  16S rRNA processing protein RimM  27.47 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000169759  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0767  16S rRNA-processing protein RimM  25 
 
 		 174 aa  41.2  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000495507  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3041  16S rRNA processing protein RimM  27.18 
 
 		 176 aa  41.2  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0000787897  normal  0.907916 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2999  16S rRNA processing protein RimM  27.18 
 
 		 176 aa  41.2  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.00000783686  normal  0.831438 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1152  16S rRNA-processing protein RimM  27.36 
 
 		 168 aa  40.4  0.008  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355761  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>